-
Imunoprecipitacijsko sekvenciranje kromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq zagotavlja profiliranje tarč DNK na celotnem genomu za modifikacijo histonov, transkripcijskih faktorjev in drugih proteinov, povezanih z DNK.Združuje selektivnost imunoprecipitacije kromatina (ChIP) za obnovitev specifičnih kompleksov protein-DNA z močjo sekvenciranja naslednje generacije (NGS) za visoko zmogljivo sekvenciranje obnovljene DNA.Poleg tega, ker se kompleksi protein-DNA pridobijo iz živih celic, lahko primerjamo vezavna mesta v različnih tipih celic in tkivih ali pod različnimi pogoji.Aplikacije segajo od regulacije transkripcije do razvojnih poti do mehanizmov bolezni in več.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom se nanaša na zbirko celotnega genskega materiala mešane skupnosti organizmov, kot je okoljski metagenom, človeški metagenom itd. Vsebuje genome mikroorganizmov, ki jih je mogoče gojiti in jih ni mogoče gojiti.Metagenomsko sekvenciranje je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, ekstrahiranih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, populacijski strukturi, filogenetskem razmerju, funkcionalnih genih in korelacijski mreži z okoljskimi dejavniki.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Metagenomika je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, ekstrahiranih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, populacijski strukturi, filogenetskem razmerju, funkcionalnih genih in korelacijskem omrežju z okoljskimi dejavniki itd. Platforme za sekvenciranje nanopor so nedavno predstavile na metagenomske študije.Njegova izjemna zmogljivost pri dolžini branja je v veliki meri izboljšala metagenomsko analizo na koncu toka, zlasti sestavljanje metagenoma.Z izkoriščanjem prednosti dolžine branja lahko metagenomska študija na podlagi Nanopore doseže bolj neprekinjeno sestavljanje v primerjavi z metagenomiko puške.Objavljeno je bilo, da je metagenomika na osnovi nanopore uspešno ustvarila popolne in zaprte bakterijske genome iz mikrobiomov (Moss, EL, et. al,Narava Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Sekvenciranje bisulfita celotnega genoma
Metilacija DNA na petem mestu v citozinu (5-mC) ima temeljni vpliv na izražanje genov in celično aktivnost.Nenormalni vzorci metilacije so bili povezani z več stanji in boleznimi, kot je rak.WGBS je postal zlati standard za preučevanje metilacije celotnega genoma pri enojni osnovni ločljivosti.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Test za transpozazno dostopen kromatin z visoko zmogljivim sekvenciranjem (ATAC-seq)
ATAC-seq je visoko zmogljiva metoda sekvenciranja za analizo dostopnosti kromatina v celotnem genomu, kar je pomembno za globalni epigenetski nadzor izražanja genov.Adapterji za sekvenciranje se vstavijo v odprte regije kromatina s hiperaktivno transpozazo Tn5.Po pomnoževanju PCR se izdela knjižnica sekvenciranja.Vse odprte kromatinske regije je mogoče pridobiti pod posebnimi prostorsko-časovnimi pogoji, ki niso omejeni samo na vezavna mesta transkripcijskega faktorja ali določene histonsko spremenjene regije.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podenota na 16S in 18S rRNA, ki vsebuje visoko ohranjene in hipervariabilne regije, je popoln molekularni prstni odtis za identifikacijo prokariontskih in evkariontskih organizmov.Z izkoriščanjem prednosti sekvenciranja je mogoče te amplikone ciljati na podlagi ohranjenih delov in hiper-variabilne regije je mogoče v celoti karakterizirati za identifikacijo mikrobov, kar prispeva k študijam, ki zajemajo analizo mikrobne raznolikosti, taksonomijo, filogenijo itd. Ena molekula v realnem času (SMRT) ) sekvenciranje platforme PacBio omogoča pridobivanje zelo natančnih dolgih odčitkov, ki bi lahko zajeli amplikone polne dolžine (cca. 1,5 Kb).Širši pogled na genetsko polje je močno povečal ločljivost pri označevanju vrst v skupnosti bakterij ali gliv.
Platforma:PacBio Nadaljevanje II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Cilj sekvenciranja pomnožev 16S/18S/ITS je razkriti filogenijo, taksonomijo in številčnost vrst v mikrobni skupnosti s preiskovanjem produktov PCR gospodinjskih genetskih označevalcev, ki vsebujejo tako visoko spremenjene kot hipervariabilne dele.Uvedba teh popolnih molekularnih prstnih odtisov Woeses et al (1977) omogoča profiliranje mikrobioma brez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (glive) in notranji transkribirani distančnik (ITS, glive) omogoča identifikacijo tako razširjenih vrst kot tudi redkih in neidentificiranih vrst.Ta tehnologija je postala široko uporabljeno in glavno orodje za identifikacijo diferencialne mikrobne sestave v različnih okoljih, kot so človeška usta, črevesje, blato itd.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ponovno sekvenciranje celotnega genoma bakterij in gliv
Ponovno zaporedje celotnega genoma bakterij in gliv je ključno orodje za dokončanje genomov znanih bakterij in gliv, pa tudi za primerjavo več genomov ali kartiranje genomov novih organizmov.Zelo pomembno je zaporedje celotnih genomov bakterij in gliv, da se ustvarijo natančni referenčni genomi, izvede mikrobna identifikacija in druge primerjalne študije genoma.
Platforma: platforma Illumina NovaSeq
-
PacBio-sekvenciranje amplikonov polne dolžine 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je razvita z dolgoletnimi izkušnjami pri projektni analizi mikrobne raznovrstnosti, ki vsebuje standardizirano osnovno analizo in personalizirano analizo: osnovna analiza pokriva glavno vsebino analize trenutnih mikrobnih raziskav, vsebina analize je bogata in celovita, rezultati analiz pa so predstavljeni v obliki projektnih poročil;Vsebina personalizirane analize je raznolika.Vzorce je mogoče izbrati in parametre prilagodljivo nastaviti v skladu z osnovnim poročilom o analizi in raziskovalnim namenom, da se uresničijo prilagojene zahteve.Operacijski sistem Windows, enostaven in hiter.
-
PacBio-transkriptom celotne dolžine (brez reference)
Če kot vhod vzame podatke o zaporedju izoform Pacific Biosciences (PacBio), lahko ta aplikacija identificira zaporedja transkriptov polne dolžine (brez sestavljanja).S preslikavo sekvenc polne dolžine glede na referenčni genom je mogoče transkripte optimizirati z znanimi geni, transkripti, kodirnimi regijami itd. V tem primeru je mogoče doseči natančnejšo identifikacijo struktur mRNA, kot je alternativno spajanje itd.Skupna analiza s podatki o sekvenciranju transkriptoma NGS omogoča celovitejšo opombo in natančnejšo kvantifikacijo v izražanju na ravni transkripta, kar v veliki meri koristi diferencialnemu izražanju in funkcionalni analizi.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Raziskave metilacije DNK so bile vedno vroča tema v raziskavah bolezni in so tesno povezane z izražanjem genov in fenotipskimi lastnostmi.RRBS je natančna, učinkovita in ekonomična metoda za raziskave metilacije DNK.Obogatitev promotorskih in CpG otočnih regij z encimsko cepitvijo (Msp I) v kombinaciji z bisulfitnim sekvenciranjem zagotavlja visoko ločljivo detekcijo metilacije DNA.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje prokariontske mRNA
Sekvenciranje mRNA omogoča celovito profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod posebnimi pogoji.Ta vrhunska tehnologija služi kot močno orodje, ki razkriva zapletene profile izražanja genov, genske strukture in molekularne mehanizme, povezane z različnimi biološkimi procesi.Sekvenciranje mRNA, ki je splošno sprejeto v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki in razvoju zdravil, ponuja vpogled v zapletenost celične dinamike in genetske regulacije.Naša obdelava vzorcev prokariontske mRNA je prilagojena prokariontskim transkriptomom, vključuje izčrpavanje rRNA in pripravo usmerjene knjižnice.
Platforma: Illumina NovaSeq X
