-
Sekvenciranje enojedrne RNA
Napredek pri zajemanju posamezne celice in tehniki gradnje posamezne knjižnice v kombinaciji z visoko zmogljivim sekvenciranjem omogoča študije izražanja genov na podlagi celice za celico.Omogoča globljo in popolno sistemsko analizo na kompleksnih celičnih populacijah, pri čemer se v veliki meri izogne maskiranju njihove heterogenosti z jemanjem povprečja vseh celic.
Nekatere celice pa niso primerne za pripravo enocelične suspenzije, zato so potrebne druge metode priprave vzorcev – ekstrakcija jedra iz tkiv, to pomeni, da se jedro ekstrahira neposredno iz tkiva ali celice in se pripravi v enojedrno suspenzijo za enojedrno suspenzijo. sekvenciranje celic.
BMK zagotavlja 10× storitev zaporedja enocelične RNA na podlagi Genomics ChromiumTM.Ta storitev se pogosto uporablja v študijah o študijah, povezanih z boleznijo, kot je diferenciacija imunskih celic, heterogenost tumorja, razvoj tkiva itd.
Čip prostorskega transkriptoma: 10 × Genomics
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje celotnega genoma rastline/živali
Ponovno zaporedje celotnega genoma, znano tudi kot WGS, omogoča odkrivanje pogostih in redkih mutacij na celotnem genomu, vključno s polimorfizmom enega nukleotida (SNP), vstavljeno delecijo (InDel), variacijo strukture (SV) in variacijo števila kopij (CNV). ).SV predstavljajo večji del variacijske baze kot SNP in imajo večji vpliv na genom, kar pomembno vpliva na žive organizme.Ponovno zaporedje dolgega branja omogoča natančnejšo identifikacijo velikih fragmentov in zapletenih variacij, ker dolga branja olajšajo kromosomsko prečkanje zapletenih regij, kot so tandemske ponovitve, regije, bogate z GC/AT, in hiper-variabilne regije.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 prostorski transkriptom
Prostorska transkriptomika je v ospredju znanstvenih inovacij in omogoča raziskovalcem, da se poglobijo v zapletene vzorce izražanja genov v tkivih, hkrati pa ohranjajo njihov prostorski kontekst.Med različnimi platformami je BMKGene razvil prostorski transkriptomski čip BMKManu S1000, ki se ponaša zizboljšana ločljivost5 µM, doseganje podceličnega območja in omogočanjevečnivojske nastavitve ločljivosti.Čip S1000, ki ima približno 2 milijona točk, uporablja mikrovdolbinice, prekrite s kroglicami, naloženimi s prostorsko črtno kodiranimi sondami za zajemanje.Knjižnica cDNA, obogatena s prostorskimi črtnimi kodami, je pripravljena iz čipa S1000 in nato sekvencirana na platformi Illumina NovaSeq.Kombinacija prostorsko kodiranih vzorcev in UMI zagotavlja točnost in specifičnost generiranih podatkov.Edinstvena lastnost čipa BMKManu S1000 je v njegovi vsestranskosti, ki ponuja nastavitve ločljivosti na več ravneh, ki jih je mogoče natančno prilagoditi različnim tkivom in stopnjam podrobnosti.Ta prilagodljivost postavlja čip kot izjemno izbiro za raznolike študije prostorske transkriptomike, kar zagotavlja natančno prostorsko združevanje v gruče z minimalnim šumom.
Z uporabo čipa BMKManu S1000 in drugih tehnologij prostorske transkriptomike lahko raziskovalci bolje razumejo prostorsko organizacijo celic in kompleksne molekularne interakcije, ki se pojavljajo v tkivih, kar zagotavlja neprecenljiv vpogled v mehanizme, na katerih temeljijo biološki procesi na številnih področjih, vključno z onkologija, nevroznanost, razvojna biologija, imunologija in botanične študije.
Platforma: BMKManu S1000 čip in Illumina NovaSeq
-
10x prostorski transkriptom Genomics Visium
Prostorska transkriptomika je vrhunska tehnologija, ki raziskovalcem omogoča raziskovanje vzorcev izražanja genov v tkivih, hkrati pa ohranja njihov prostorski kontekst.Ena zmogljiva platforma na tem področju je 10x Genomics Visium skupaj s sekvenciranjem Illumina.Načelo 10X Visium temelji na specializiranem čipu z določenim območjem za zajemanje, kjer so nameščeni deli tkiva.To območje zajemanja vsebuje točke s črtno kodo, od katerih vsaka ustreza edinstveni prostorski lokaciji v tkivu.Zajete molekule RNA iz tkiva so nato med procesom reverzne transkripcije označene z edinstvenimi molekulskimi identifikatorji (UMI).Te točke s črtno kodo in UMI omogočajo natančno prostorsko kartiranje in kvantifikacijo izražanja genov pri ločljivosti ene celice.Kombinacija prostorsko kodiranih vzorcev in UMI zagotavlja točnost in specifičnost generiranih podatkov.Z uporabo te tehnologije Spatial Transcriptomics lahko raziskovalci pridobijo globlje razumevanje prostorske organizacije celic in zapletenih molekularnih interakcij, ki se pojavljajo v tkivih, kar ponuja neprecenljiv vpogled v mehanizme, na katerih temeljijo biološki procesi na več področjih, vključno z onkologijo, nevroznanostjo, razvojno biologijo, imunologijo , in botanične študije.
Platforma: 10X Genomics Visium in Illumina NovaSeq
-
Celotna dolžina mRNA Sekvenciranje-Nanopore
Medtem ko sekvenciranje mRNA na osnovi NGS služi kot vsestransko orodje za kvantifikacijo izražanja genov, njegovo zanašanje na kratke odčitke omejuje njegovo učinkovitost pri kompleksnih transkriptomskih analizah.Po drugi strani pa nanopore sekvenciranje uporablja tehnologijo dolgega branja, ki omogoča sekvenciranje transkriptov mRNA polne dolžine.Ta pristop omogoča celovito raziskovanje alternativnega spajanja, fuzije genov, poliadenilacije in kvantifikacije izooblik mRNA.
Sekvenciranje nanopor temelji na električnih signalih ene molekule nanopor v realnem času.Vodena z motoričnimi proteini se dvoverižna DNK veže na proteine nanopor, vdelane v biofilm, ki se odvijajo, ko gre skozi kanal nanopor pod napetostno razliko.Značilni električni signali, ki jih ustvarijo različne baze na verigi DNK, so zaznani in razvrščeni v realnem času, kar omogoča natančno in neprekinjeno zaporedje nukleotidov.Ta inovativni pristop premaguje omejitve kratkega branja in zagotavlja dinamično platformo za zapleteno genomsko analizo, vključuje kompleksne transkriptomske študije.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekvenciranje mRNA v polni dolžini -PacBio
Medtem ko je sekvenciranje mRNA na osnovi NGS vsestransko orodje za kvantifikacijo izražanja genov, njegovo zanašanje na kratke odčitke omejuje njegovo uporabo v kompleksnih transkriptomskih analizah.Sekvenciranje PacBio (Iso-Seq) na drugi strani uporablja tehnologijo dolgega branja, ki omogoča sekvenciranje transkriptov mRNA v polni dolžini.Ta pristop omogoča celovito raziskovanje alternativnega spajanja, genskih fuzij in poliadenilacije, čeprav ni primarna izbira za kvantifikacijo genske ekspresije zaradi velike količine potrebnih podatkov.
Tehnologija sekvenciranja PacBio temelji na sekvenciranju ene molekule v realnem času (SMRT), kar zagotavlja izrazito prednost pri zajemanju transkriptov mRNA polne dolžine.Ta inovativni pristop vključuje uporabo valovodov ničelnega načina (ZMW), mikrofabriciranih vdolbinic, ki omogočajo opazovanje aktivnosti DNA polimeraze v realnem času med sekvenciranjem.Znotraj teh ZMW polimeraza DNA PacBio sintetizira komplementarno verigo DNA in ustvari dolge odčitke, ki zajemajo celotne transkripte mRNA.Delovanje PacBio v načinu Circular Consensus Sequencing (CCS) poveča natančnost z večkratnim sekvenciranjem iste molekule.Ustvarjeni odčitki HiFi imajo natančnost, primerljivo z NGS, kar dodatno prispeva k celoviti in zanesljivi analizi kompleksnih transkriptomskih značilnosti.Platforma: PacBio Sequel II
-
Sekvenciranje evkariontske mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogoča celovito profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod posebnimi pogoji.Ta vrhunska tehnologija služi kot močno orodje, ki razkriva zapletene profile izražanja genov, genske strukture in molekularne mehanizme, povezane z različnimi biološkimi procesi.Sekvenciranje mRNA, ki je splošno sprejeto v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki in razvoju zdravil, ponuja vpogled v zapletenost celične dinamike in genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Nereferenčno zaporedje mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogoča celovito profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod posebnimi pogoji.Ta vrhunska tehnologija služi kot močno orodje, ki razkriva zapletene profile izražanja genov, genske strukture in molekularne mehanizme, povezane z različnimi biološkimi procesi.Sekvenciranje mRNA, ki je splošno sprejeto v temeljnih raziskavah, klinični diagnostiki in razvoju zdravil, ponuja vpogled v zapletenost celične dinamike in genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Dolgo nekodirajoče sekvenciranje-Illumina
Dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) so RNA, daljše od 200 nukleotidov, ki imajo minimalen kodirni potencial in so ključni elementi znotraj nekodirajoče RNA.Te RNA, ki jih najdemo v jedru in citoplazmi, igrajo ključno vlogo pri epigenetski, transkripcijski in post-transkripcijski regulaciji, kar poudarja njihov pomen pri oblikovanju celičnih in molekularnih procesov.Sekvenciranje LncRNA je močno orodje pri diferenciaciji celic, ontogenezi in človeških boleznih.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje majhne RNA-Illumina
Majhne molekule RNA (sRNA), običajno dolge pod 200 nukleotidov, vključujejo mikroRNA (miRNA), majhne moteče RNA (siRNA) in RNA, ki delujejo s piwi (piRNA).Med temi so miRNA, dolge približno 20-24 nukleotidov, še posebej omembe vredne zaradi svojih ključnih regulativnih vlog v različnih celičnih procesih.S tkivno specifičnimi in fazno specifičnimi vzorci izražanja miRNA kažejo visoko ohranjenost pri različnih vrstah.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
sekvenciranje circRNA-Illumina
Sekvenciranje krožne RNA (circRNA-seq) je namenjeno profiliranju in analizi krožnih RNA, razreda molekul RNA, ki tvorijo zaprte zanke zaradi nekanoničnih dogodkov spajanja, kar tej RNA zagotavlja povečano stabilnost.Medtem ko je bilo dokazano, da nekatere circRNA delujejo kot spužve mikroRNA, sekvestrirajo mikroRNA in jim preprečujejo uravnavanje njihovih ciljnih mRNA, lahko druge circRNA interagirajo z beljakovinami, modulirajo izražanje genov ali imajo vlogo v celičnih procesih.analiza ekspresije circRNA zagotavlja vpogled v regulativne vloge teh molekul in njihov pomen v različnih celičnih procesih, razvojnih stopnjah in boleznih, kar prispeva k globljemu razumevanju kompleksnosti regulacije RNA v kontekstu izražanja genov.
-
Sekvenciranje celotnega transkriptoma – Illumina
Sekvenciranje celotnega transkriptoma ponuja celovit pristop k profiliranju različnih molekul RNA, ki zajema tako kodirne (mRNA) kot nekodirajoče RNA (lncRNA, circRNA in miRNA).Ta tehnika zajame celoten transkriptom specifičnih celic v danem trenutku, kar omogoča celostno razumevanje celičnih procesov.Znano tudi kot »totalno sekvenciranje RNA«, želi razkriti zapletena regulativna omrežja na ravni transkriptoma, kar omogoča poglobljeno analizo, kot je konkurenčna endogena RNA (ceRNA) in skupna analiza RNA.To označuje začetni korak k funkcionalni karakterizaciji, zlasti pri razkrivanju regulativnih mrež, ki vključujejo interakcije ceRNA na osnovi circRNA-miRNA-mRNA.
