-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom se nanaša na zbirko celotnega genskega materiala mešane skupnosti organizmov, kot je okoljski metagenom, človeški metagenom itd. Vsebuje genome mikroorganizmov, ki jih je mogoče gojiti in jih ni mogoče gojiti.Metagenomsko sekvenciranje je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, ekstrahiranih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, populacijski strukturi, filogenetskem razmerju, funkcionalnih genih in korelacijski mreži z okoljskimi dejavniki.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Metagenomika je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, ekstrahiranih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, populacijski strukturi, filogenetskem razmerju, funkcionalnih genih in korelacijskem omrežju z okoljskimi dejavniki itd. Platforme za sekvenciranje nanopor so nedavno predstavile na metagenomske študije.Njegova izjemna zmogljivost pri dolžini branja je v veliki meri izboljšala metagenomsko analizo na koncu toka, zlasti sestavljanje metagenoma.Z izkoriščanjem prednosti dolžine branja lahko metagenomska študija na podlagi Nanopore doseže bolj neprekinjeno sestavljanje v primerjavi z metagenomiko puške.Objavljeno je bilo, da je metagenomika na osnovi nanopore uspešno ustvarila popolne in zaprte bakterijske genome iz mikrobiomov (Moss, EL, et. al,Narava Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podenota na 16S in 18S rRNA, ki vsebuje visoko ohranjene in hipervariabilne regije, je popoln molekularni prstni odtis za identifikacijo prokariontskih in evkariontskih organizmov.Z izkoriščanjem prednosti sekvenciranja je mogoče te amplikone ciljati na podlagi ohranjenih delov in hiper-variabilne regije je mogoče v celoti karakterizirati za identifikacijo mikrobov, kar prispeva k študijam, ki zajemajo analizo mikrobne raznolikosti, taksonomijo, filogenijo itd. Ena molekula v realnem času (SMRT) ) sekvenciranje platforme PacBio omogoča pridobivanje zelo natančnih dolgih odčitkov, ki bi lahko zajeli amplikone polne dolžine (cca. 1,5 Kb).Širši pogled na genetsko polje je močno povečal ločljivost pri označevanju vrst v skupnosti bakterij ali gliv.
Platforma:PacBio Nadaljevanje II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Cilj sekvenciranja pomnožev 16S/18S/ITS je razkriti filogenijo, taksonomijo in številčnost vrst v mikrobni skupnosti s preiskovanjem produktov PCR gospodinjskih genetskih označevalcev, ki vsebujejo tako visoko spremenjene kot hipervariabilne dele.Uvedba teh popolnih molekularnih prstnih odtisov Woeses et al (1977) omogoča profiliranje mikrobioma brez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (glive) in notranji transkribirani distančnik (ITS, glive) omogoča identifikacijo tako razširjenih vrst kot tudi redkih in neidentificiranih vrst.Ta tehnologija je postala široko uporabljeno in glavno orodje za identifikacijo diferencialne mikrobne sestave v različnih okoljih, kot so človeška usta, črevesje, blato itd.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Ponovno sekvenciranje celotnega genoma bakterij in gliv
Ponovno zaporedje celotnega genoma bakterij in gliv je ključno orodje za dokončanje genomov znanih bakterij in gliv, pa tudi za primerjavo več genomov ali kartiranje genomov novih organizmov.Zelo pomembno je zaporedje celotnih genomov bakterij in gliv, da se ustvarijo natančni referenčni genomi, izvede mikrobna identifikacija in druge primerjalne študije genoma.
Platforma: platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje metatranskriptoma
Sekvenciranje metatranskriptoma identificira gensko izražanje mikrobov (tako evkariontov kot prokariontov) v naravnih okoljih (tj. prst, voda, morje, iztrebki in črevesje). Natančneje, te storitve vam omogočajo, da pridobite celotno profiliranje genskega izražanja kompleksnih mikrobnih skupnosti, taksonomsko analizo vrst, analizo funkcionalne obogatitve različno izraženih genov in drugo.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Gljivični genom
Biomarker Technologies zagotavlja raziskavo genoma, natančen genom in popoln genom glive, odvisno od specifičnega raziskovalnega cilja.Sekvenciranje genoma, sestavljanje in funkcionalno označevanje je mogoče doseči s kombinacijo sekvenciranja naslednje generacije + sekvenciranja tretje generacije, da se doseže sestavljanje genoma na visoki ravni.Tehnologijo Hi-C je mogoče uporabiti tudi za olajšanje sestavljanja genoma na ravni kromosoma.
Platforma:PacBio Nadaljevanje II
Nanopore PromethION P48
Platforma Illumina NovaSeq
-
Celoten genom bakterije
Biomarker Technologies zagotavlja storitev sekvenciranja pri konstruiranju celotnega genoma bakterij z ničelno vrzeljo.Glavni delovni tok konstruiranja celotnega genoma bakterij vključuje sekvenciranje tretje generacije, sestavljanje, funkcionalno opombo in napredno bioinformatično analizo, ki izpolnjuje posebne raziskovalne cilje.Bolj celovito profiliranje genoma bakterij omogoča razkrivanje temeljnih mehanizmov, na katerih temeljijo njihovi biološki procesi, kar bi lahko zagotovilo tudi dragoceno referenco za genomske raziskave višjih evkariontskih vrst
Platforma:Nanopore PromethION P48 + platforma Illumina NovaSeq
PacBio Nadaljevanje II
