-
PacBio-sekvenciranje amplikonov polne dolžine 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je razvita z dolgoletnimi izkušnjami pri projektni analizi mikrobne raznovrstnosti, ki vsebuje standardizirano osnovno analizo in personalizirano analizo: osnovna analiza pokriva glavno vsebino analize trenutnih mikrobnih raziskav, vsebina analize je bogata in celovita, rezultati analiz pa so predstavljeni v obliki projektnih poročil;Vsebina personalizirane analize je raznolika.Vzorce je mogoče izbrati in parametre prilagodljivo nastaviti v skladu z osnovnim poročilom o analizi in raziskovalnim namenom, da se uresničijo prilagojene zahteve.Operacijski sistem Windows, enostaven in hiter.
-
PacBio-transkriptom celotne dolžine (brez reference)
Če kot vhod vzame podatke o zaporedju izoform Pacific Biosciences (PacBio), lahko ta aplikacija identificira zaporedja transkriptov polne dolžine (brez sestavljanja).S preslikavo sekvenc polne dolžine glede na referenčni genom je mogoče transkripte optimizirati z znanimi geni, transkripti, kodirnimi regijami itd. V tem primeru je mogoče doseči natančnejšo identifikacijo struktur mRNA, kot je alternativno spajanje itd.Skupna analiza s podatki o sekvenciranju transkriptoma NGS omogoča celovitejšo opombo in natančnejšo kvantifikacijo v izražanju na ravni transkripta, kar v veliki meri koristi diferencialnemu izražanju in funkcionalni analizi.
-
Kompleti orodij
BMKCloud je vodilna bioinformatska platforma, ki ponuja rešitev na enem mestu za genomske programe, ki ji zelo zaupajo raziskovalci na različnih področjih, vključno z medicino, kmetijstvom, okoljem itd. BMKCloud je zavezan zagotavljanju integriranih, zanesljivih in učinkovitih storitev, vključno s platformami in orodji za bioinformatične analize , računalniški viri, javna zbirka podatkov, bioinformatični spletni tečaji itd. BMKCloud ima različna pogosto uporabljena bioinformatska orodja, vključno z označevanjem genov, evolucijskimi genetskimi orodji, ncRNA, nadzorom kakovosti podatkov, sestavljanjem, poravnavo, ekstrakcijo podatkov, mutacijami, statistiko, generatorjem številk, zaporedjem analiza itd.
-
majhna RNA
Majhne RNA so vrsta kratke nekodirajoče RNA s povprečno dolžino 18-30 nt, vključno z miRNA, siRNA in piRNA.O teh majhnih RNA so množično poročali, da so vključene v različne biološke procese, kot so razgradnja mRNA, inhibicija translacije, tvorba heterokromatina itd. Analiza sekvenciranja malih RNA je bila široko uporabljena v študijah razvoja živali/rastlin, bolezni, virusov itd. Mala RNA platformo za analizo zaporedja sestavljata standardna analiza in napredno rudarjenje podatkov.Na podlagi podatkov RNA-seq lahko s standardno analizo dosežemo identifikacijo in napovedovanje miRNA, napoved ciljnega gena miRNA, analizo označevanja in izražanja.Napredna analiza omogoča prilagojeno iskanje in ekstrakcijo miRNA, generiranje Vennovega diagrama, miRNA in gradnjo mreže ciljnih genov.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma za analizo ponovnega zaporedja celotnega genoma, ki je razvita na podlagi bogatih izkušenj v Biomarker Technologies.Ta platforma, ki je enostavna za uporabo, omogoča hitro oddajo integriranega poteka analize s preprosto nastavitvijo nekaj osnovnih parametrov, ki so primerni za podatke o zaporedju DNK, ustvarjene iz platforme Illumina in platforme za sekvenciranje BGI.Ta platforma je nameščena na visoko zmogljivem računalniškem strežniku, ki omogoča visoko učinkovito analizo podatkov v zelo omejenem času.Prilagojeno rudarjenje podatkov je na voljo na podlagi standardne analize, vključno s poizvedbo mutiranega gena, zasnovo primerja PCR itd.
-
mRNA (referenca)
Transkriptom je povezava med genomsko genetsko informacijo in proteomom biološke funkcije.Regulacija ravni transkripcije je najpomembnejši in najbolj raziskan način regulacije organizmov.Sekvenciranje transkriptoma lahko sekvencira transkriptom kadar koli v času ali pod kakršnimi koli pogoji, z ločljivostjo, natančno na en nukleotid. Lahko dinamično odraža raven transkripcije gena, hkrati identificira in kvantificira redke in normalne transkripte ter zagotovi strukturne informacije o vzorce posebnih prepisov.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma pogosto uporablja v agronomiji, medicini in na drugih raziskovalnih področjih, vključno z regulacijo razvoja živali in rastlin, prilagajanjem okolja, imunsko interakcijo, lokalizacijo genov, genetsko evolucijo vrst ter odkrivanjem tumorjev in genetskih bolezni.
-
Metagenomika (NGS)
Ta analitska platforma je zasnovana za analizo metagenomskih podatkov o puškah na podlagi dolgoletnih izkušenj.Sestavljen je iz integriranega delovnega toka, ki vsebuje različne pogosto potrebne metagenomske analize, vključno z obdelavo podatkov, študijami na ravni vrst, študijami na ravni funkcij genov, združevanjem metagenomov itd. Poleg tega so prilagojena orodja za podatkovno rudarjenje na voljo pri standardnem delovnem toku analize, vključno s poizvedbo po genih in vrstah , nastavitev parametrov, generiranje osebnih številk itd.
-
LncRNA
Dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) so vrsta transkriptov z dolžino, daljšo od 200 nt, ki ne morejo kodirati beljakovin.Zbrani dokazi kažejo, da je večina lncRNA zelo verjetno funkcionalnih.Visokozmogljive tehnologije sekvenciranja in orodja za bioinformatično analizo nam omogočajo učinkovitejše odkrivanje sekvenc lncRNA in informacij o pozicioniranju ter nas vodijo do odkrivanja lncRNA s ključnimi regulativnimi funkcijami.BMKCloud s ponosom ponuja našim strankam platformo za analizo sekvenciranja lncRNA za doseganje hitre, zanesljive in prilagodljive analize lncRNA.
-
GWAS
Cilj genomske asociacijske študije (GWAS) je identificirati genetske različice (genotip), ki so povezane s posebnimi lastnostmi (fenotip).Študije GWA raziskujejo genetske označevalce, ki prečkajo celoten genom velikega števila posameznikov in napovedujejo povezave genotipa in fenotipa s statistično analizo na ravni populacije.Ponovno zaporedje celotnega genoma lahko potencialno odkrije vse genetske različice.Skupaj s fenotipskimi podatki je GWAS mogoče obdelati za identifikacijo SNP-jev, QTL-jev in kandidatnih genov, povezanih s fenotipom, kar močno podpira sodobno vzrejo živali/rastlin.SLAF je samorazvita poenostavljena strategija sekvenciranja genoma, ki odkriva označevalce, porazdeljene po celotnem genomu, SNP.Te SNP-je kot molekularne genetske markerje je mogoče obdelati za asociacijske študije s ciljnimi lastnostmi.Je stroškovno učinkovita strategija pri prepoznavanju kompleksnih lastnosti, povezanih z genetskimi variacijami.
-
Transkriptomija celotne dolžine Nanopore
Kompleksne in spremenljive alternativne izooblike v organizmih so pomembni genetski mehanizmi za uravnavanje izražanja genov in raznolikosti beljakovin.Natančna identifikacija transkriptnih struktur je osnova za poglobljeno študijo vzorcev regulacije izražanja genov.Platforma za sekvenciranje Nanopore je uspešno prenesla transkriptomsko študijo na raven izoforme.Ta platforma za analizo je zasnovana za analizo podatkov RNA-Seq, ustvarjenih na platformi Nanopore na podlagi referenčnega genoma, ki dosega kvalitativne in kvantitativne analize tako na ravni genov kot na ravni transkriptov.
-
circ-RNA
Krožna RNA (circRNA) je vrsta nekodirajoče RNA, za katero je bilo nedavno ugotovljeno, da ima ključno vlogo v regulativnih omrežjih, ki sodelujejo pri razvoju, odpornosti okolja itd. Razlikuje se od linearnih molekul RNA, npr. mRNA, lncRNA, 3' in 5'. konci circRNA so združeni, da tvorijo krožno strukturo, ki jih reši pred razgradnjo eksonukleaze in so bolj stabilni kot večina linearne RNA.Ugotovljeno je bilo, da ima CircRNA različne funkcije pri uravnavanju izražanja genov.CircRNA lahko deluje kot ceRNA, ki konkurenčno veže miRNA, znana kot goba miRNA.Platforma za analizo sekvenciranja CircRNA omogoča analizo strukture in ekspresije circRNA, predvidevanje ciljev in skupno analizo z drugimi vrstami molekul RNA
-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis je sestavljena iz standardne analize v enem koraku in napredne analize s prilagojeno nastavitvijo parametrov.BSA je tehnika, ki se uporablja za hitro identifikacijo genetskih markerjev, povezanih s fenotipom.Glavni potek dela BSA vsebuje: 1. izbiro dveh skupin osebkov z izjemno nasprotujočimi si fenotipi;2. združevanje DNK, RNK ali SLAF-seq (razvil Biomarker) vseh posameznikov, da se tvorita dve glavnini DNK;3. prepoznavanje diferencialnih zaporedij glede na referenčni genom ali vmes, 4. napovedovanje kandidatno povezanih regij z algoritmom ED in SNP-indeksa;5. Funkcionalna analiza in obogatitev genov v kandidatnih regijah itd. Na voljo je tudi naprednejše pridobivanje podatkov, vključno s presejanjem genetskih označevalcev in načrtovanjem primerjev.
