Toplotni zemljevid
Matrična podatkovna datoteka se uporablja za risanje toplotne karte, ki lahko filtrira, normalizira in združuje matrične podatke.Večinoma se uporablja za skupinsko analizo stopnje izražanja genov med različnimi vzorci.
Opomba gena
Anotacija genske funkcije se izvaja s preslikavo zaporedij v datoteki FASTA v različne baze podatkov.
Opomba gena
Osnovno orodje za iskanje lokalnih poravnav
CDS_UTR_Prediction
To orodje je zasnovano za napovedovanje kodirnih regij (CDS) in nekodirajočih regij (UTR) v danih transkriptnih zaporedjih na podlagi razstreljevanja z znano podatkovno bazo beljakovin in napovedi ORF.
Manhattanska parcela
Manhattan plot omogoča prikaz podatkov z velikim številom podatkovnih točk.Običajno se uporablja v študijah povezav celotnega genoma (GWAS).
Circos
Diagram CIRCOS omogoča neposredno predstavitev porazdelitev SNP, InDeL, SV, CNV na genomu.
GO_Obogatitev
TopGO je orodje namenjeno funkcionalni obogatitvi.Paket TopGO-Bioconductor je sestavljen iz analize diferencialne ekspresije, analize obogatitve GO in vizualizacije rezultatov.Ustvaril bo mapo z izhodom z imenom "Graph", ki vsebuje rezultate za topGO_BP, topGO_CC in topGO_MF.
WGCNA
WGCNA je široko uporabljena metoda podatkovnega rudarjenja za odkrivanje modulov soizražanja genov.Uporablja se za različne nabore podatkov o izražanju, vključno s podatki mikromrež in podatki o izražanju genov, ki izvirajo iz sekvenciranja naslednje generacije.
InterProScan
Analiza in klasifikacija proteinskih sekvenc InterPro
GO_KEGG_Obogatitev
To orodje je zasnovano za ustvarjanje obogatitvenega histograma GO, obogatitvenega histograma KEGG in poti obogatitve KEGG na podlagi predloženega nabora genov in ustrezne opombe.