Sekvenciranje celotnega genoma rastline/živali
1.Service Prednosti
Bogate izkušnje s sekvenciranjem genoma za več kot 1000 vrst.
Več kot 800 objavljenih primerov s skupnim faktorjem vpliva nad 4000.
Celovita bioinformatska analiza variacijskega klicanja in analize funkcij.
2. Specifikacije storitve
| Platforma | Knjižnica | Priporočena globina zaporedja | |
| Illumina | PE 150 | Za SNP, InDel kliče ≥ 10x Za SV, CNY klicanje ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Za SV, CNY klicanje ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Za klice SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Vzorčne zahteve
| Platforma | Konc.(ng/μL)
| Količina (ng)
| Čistost
| Agarozni gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Jasen glavni pas brez ali omejenrazgradnja opažena na gelu. 2. Ni ali omejena kontaminacija z RNA ali beljakovinami
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Odvisno od količine podatkov 10 μg/celico | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformacijska analiza
5. Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Ekstrakcija DNK
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Dostava podatkov
1) Statistika kartiranja genoma
Tabela 1 Statistika rezultatov kartiranja
Slika 1 Porazdelitev velikosti vstavka in pokritosti branja.
2) Zaznavanje sprememb
Slika 2 Statistika in opomba SNP/INDEL/SV med vzorci
Slika 3 Porazdelitev variacij po celotnem genomu
3) Funkcionalna anotacija variacij
| 2019 | Komunikacije narave | Ponovno sekvenciranje celotnega genoma razkriva izvor Brassica napus in genetske lokuse, ki sodelujejo pri njegovem izboljšanju |
| 2020 | PNAS | Evolucijski izvor in zgodovina udomačitve zlate ribice (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Referenčni genomi dveh gojenih vrst jute |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Genomski podpisi alopoliploida rastlinskih in oljnih semen Brassicajuncea in genetski lokusi, ki nadzorujejo kopičenje glukozinolatov |
| 2019 | Molekularna rastlina | Ponovno zaporedje celotnega genoma svetovne zbirke pristopov oljne ogrščice razkriva genetsko osnovo njihove ekotipske divergence |
| 2022 | Hortikulturne raziskave | Analiza asociacij na celotnem genomu zagotavlja molekularni vpogled v naravno variacijo velikosti semena lubenice |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Študija asociacije na celotnem genomu identificira različice GhSAD1, ki dajejo bombažu odpornost na mraz |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Študija povezav celotnega genoma in primerjava transkriptomov razkrivata nove gene QTL in kandidatne gene, ki nadzorujejo velikost cvetnih listov pri ogrščici |
