Rastlinsko/živalsko de novo sekvenciranje genoma
Prednosti storitve
Razvoj platform za sekvenciranje in bioinformatike vde novosestavljanje genoma
(Amarasinghe SL et al.,Biologija genoma, 2020)
● Konstruiranje novih genomov in izboljšanje obstoječih referenčnih genomov za zanimive vrste.
● Večja natančnost, kontinuiteta in popolnost pri montaži
● Konstruiranje temeljnega vira za raziskave polimorfizma zaporedja, QTL, urejanja genov, žlahtnjenja itd.
● Opremljen s celotnim spektrom platform za sekvenciranje tretje generacije: rešitev za sestavljanje genoma na enem mestu
● Prilagodljivo zaporedje in strategije sestavljanja, ki izpolnjujejo različne genome z različnimi lastnostmi
● Visoko usposobljena ekipa bioinformatikov z veliko izkušnjami na področju kompleksnih sestavov genomov, vključno s poliploidi, velikanskimi genomi itd.
● Več kot 100 uspešnih primerov s skupnim objavljenim faktorjem vpliva nad 900
● Obratovalni čas kar 3 mesece za sestavljanje genoma na ravni kromosoma.
● Trdna tehnična podpora z vrsto patentov in avtorskih pravic za programsko opremo na eksperimentalni strani in bioinformatiki.
Specifikacije storitve
|
Vsebina
|
Platforma
|
Preberi dolžino
|
Pokritost
|
| Raziskava genoma
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Sekvenciranje genoma
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi branja
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Potek dela
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
| Vrsta | Tkivo | Za PacBio | Za Nanopore |
| Živali | Visceralni organi (jetra, vranica itd.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Mišice | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Kri sesalcev | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Kri rib ali ptic | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Rastline | Sveži listi | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Cvetni list ali steblo | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Korenine ali semena | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Celice | Kultura celic | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Za večino vzorcev ne priporočamo konzerviranja v etanolu.
Označevanje vzorcev: Vzorci morajo biti jasno označeni in enaki predloženemu obrazcu z informacijami o vzorcu.
Pošiljka: suhi led: vzorce je treba najprej zapakirati v vreče in jih zakopati v suhi led.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija DNK
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
*Tukaj prikazani predstavitveni rezultati so vsi iz genomov, objavljenih s tehnologijo Biomarker Technologies
1. Circos o sestavi genoma na ravni kromosomaG. rotundifoliums platformo za sekvenciranje Nanopore
Wang M et al.,Molekularna biologija in evolucija, 2021
2. Statistika sestavljanja genoma rži Weining in označevanje
Li G et al.,Naravna genetika, 2021
3.Genska napovedSechium edulegenoma, ki izhaja iz treh metod napovedovanja:De novonapoved, napoved na podlagi homologije in napoved na podlagi podatkov RNA-Seq
Fu A et al.,Hortikulturne raziskave, 2021
4. Identifikacija nedotaknjenih dolgih končnih ponovitev v treh genomih bombaža
Wang M et al.,Molekularna biologija in evolucija, 2021
5.Hi-C toplotni zemljevidC. acuminatagenom, ki prikazuje interakcije med vsemi v celotnem genomu.Intenzivnost Hi-C interakcij je sorazmerna z linearno razdaljo med kontigi.Čista ravna črta na tem toplotnem zemljevidu kaže na zelo natančno sidranje kontigov na kromosomih.(Contig razmerje sidranja: 96,03 %)
kang M et al.,Nature Communications,2021
Zadeva BMK
Visokokakovosten sestav genoma poudarja genomske značilnosti rži in agronomsko pomembne gene
Objavljeno: Naravna genetika, 2021
Strategija zaporedja:
Sestavljanje genoma: način PacBio CLR s knjižnico 20 kb (497 Gb, pribl. 63×)
Popravek zaporedja: NGS s knjižnico DNK 270 bp (430 Gb, pribl. 54×) na platformi Illumina
Sidranje kontigov: knjižnica Hi-C (560 Gb, pribl. 71×) na platformi Illumina
Optični zemljevid: (779,55 Gb, pribl. 99×) na Bionano Irys
Ključni rezultati
1. Objavljen je bil sklop genoma rži Weining s skupno velikostjo genoma 7,74 Gb (98,74 % ocenjene velikosti genoma s pretočno citometrijo).Scaffold N50 tega sklopa je dosegel 1,04 Gb.93,67 % kontigov je bilo uspešno zasidranih na 7 psevdokromosomov.Ta sklop je bil ocenjen z zemljevidom povezav, LAI in BUSCO, kar je prineslo visoke ocene pri vseh ocenah.
2. Na podlagi tega genoma so bile izvedene nadaljnje študije o primerjalni genomiki, zemljevidu genetske povezave, študijah transkriptomike.Odkrili so vrsto genomskih značilnosti, povezanih z lastnostmi, vključno s podvajanjem genov v celotnem genomu in njihovim vplivom na gene za biosintezo škroba;fizična organizacija kompleksnih prolaminskih lokusov, značilnosti izražanja genov, ki so podlaga za zgodnjo lastnost glave in domnevno z udomačitvijo povezane kromosomske regije in lokusi v rži.
 Circosov diagram o genomskih značilnostih genoma rži Weining |  Evolucijske analize in analize kromosomske sintenije genoma rži |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Visokokakovosten sestav genoma poudarja genomske značilnosti rži in agronomsko pomembne gene.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
