PacBio-transkriptom celotne dolžine (brez reference)
Če kot vhod vzame podatke o zaporedju izoform Pacific Biosciences (PacBio), lahko ta aplikacija identificira zaporedja transkriptov polne dolžine (brez sestavljanja).S preslikavo sekvenc polne dolžine glede na referenčni genom je mogoče transkripte optimizirati z znanimi geni, transkripti, kodirnimi regijami itd. V tem primeru je mogoče doseči natančnejšo identifikacijo struktur mRNA, kot je alternativno spajanje itd.Skupna analiza s podatki o sekvenciranju transkriptoma NGS omogoča celovitejšo opombo in natančnejšo kvantifikacijo v izražanju na ravni transkripta, kar v veliki meri koristi diferencialnemu izražanju in funkcionalni analizi.