EVOLUCIJA GENOMA
Genom De Novo
Montaža|Določanje spola Celotno sekvenciranje in delne bioinformacijske storitve je zagotovilo Biomarker Techonologies.
Povzetek
“Ikonični fenotip morskih zmajev vključuje listom podobne priveske, brezzoba cevasta usta in nosečnost samcev, ki vključuje inkubacijo oplojenih jajčec na odprtem "zalege".Na novo smo sekvencirali genome samcev in samic navadnega morskega zmaja (Phyllopteryx taeniolatus) in njegove sorodne vrste, aligatorske cevke (Syngnathoides biaculeatus).Transkripcijski profili iz evolucijske novosti, listom podobnih dodatkov, kažejo, da je bil vključen niz genov, ki so običajno vključeni v razvoj plavuti, kot tudi obogatitev transkriptov za morebitno popravilo tkiva in gene za imunsko obrambo.Ugotovljeno je bilo, da mutanti cebrice za scpp5, ki je izgubljen pri vseh singnatidah, nimajo ali imajo deformirane faringealne zobe, kar podpira hipotezo, da je izguba scpp5 prispevala k izgubi zob pri singnatidah.Identificiran je bil domnevni lokus, ki določa spol in kodira za samce specifičen gen amhr2y, ki si ga delita morski zmaj in aligator. ”
Materiali in metode:
Materiali
Fnaš navadni morski zmaj (P. taeniolatus) in dve ribi aligatorji (S. biaculeatus) vzorci.Dva osebka navadnega morskega zmaja (en samec in ena samica) in dva aligatorja (en samec in ena samica) sta bila uporabljena za sekvenciranje celotnega genoma, dva druga samca navadnega morskega zmaja pa sta bila uporabljena za ponovno sekvenciranje genoma.
Strategija sekvenciranja genoma
2Knjižnica 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) ali Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). sekvenciranje in dva druga samca navadnega morskega zmaja sta bila uporabljena za ponovno sekvenciranje genoma.
Sekvenciranje transkriptoma
Fali navadnega morskega zmaja, možgane, oko, škrge, jetra, srce, ledvice, mezenterij, črevesje, mišico, plavut, kožo, listom podobne dodatke, moda in jajčnik so bili zbrani.
Strategija sestavljanja genoma de novo
Canu (Popravek) + WTDBG2 (Sestavljanje) + Pilon (Poljščina) + Lachesis (Hi-C).
Glavni rezultati
Slika 1. Ključne značilnosti morskega zmaja (P. taeniolatus) in aligatorja (S. biaculeatus) ter njuna filogenetska položaja.
Slika 2. Morfologija in genetska sestava listnatih priveskov navadnega morskega zmaja (P. taeniolatus).
Slika 3. Domnevni gen za določanje spola pri navadnem morskem zmaju (P. taeniolatus) in aligatorju (S. biaculeatus).
Slika 4. Fenotipi faringealnih zob pri homozigotnih mutantih scpp5 cebrice.
Čas objave: 8. januarja 2022