Sekvenciranje transkriptoma polne dolžine na osnovi nanopor
Nanopore sekvenciranje se razlikuje od drugih platform za sekvenciranje po tem, da se nukleotidi berejo neposredno brez sinteze DNA in ustvarjajo dolga branja na desetine kilobaz.To omogoča neposredno branje celotnih transkriptov in spopadanje z izzivi v transkriptomskih študijah.
√ Nizka pristranskost, specifična za zaporedje
√ Celoten odčitek cDNA za študije strukture genov
√ Potrebnih je manj podatkov za enako število prepisov
√ Identifikacija več izoform na gen
√ Kvantifikacija izražanja na ravni izoforme
Tipičen cevovod bioinformatike
Najnovejši uspešni primeri s tehnologijami biomarkerjev
1. Primerjalne analize transkriptomov polne dolžine razkrivajo dinamiko razvoja stebla Gnetum luofuense
Journal: Frontiers in Genetics
Objavljeno: marec 2021
Ključne besede: MinION |Alternativno spajanje |APA |lncRNA |Diferencialno izraženi prepisi
Preberi celotno besedilo
2. Enosmerno gibanje majhnih RNA od poganjkov do korenin v medvrstnih heterotransplantatih
Revija: Nature Plants
Objavljeno: januar 2021
Ključne besede: Nanopore |Illumina |zaznavanje mobilne mRNA v polni dolžini
3. Celotna analiza transkriptoma korenin špargljev razkriva molekularni mehanizem tolerance soli, ki jo povzročajo arbuskularne mikorizne glive
Revija: Okoljska in eksperimentalna botanika
Objavljeno: januar 2021
Ključne besede: MinION |Diferencialno izraženi prepisi |Transkripcijski faktorji |Alternativno spajanje
4. Spremembe fizioloških značilnosti in celotni transkriptom korenin in listov vrtnice (Rosa chinensis) kot odziv na sušni stres
Revija: Rastlinska in celična fiziologija
Objavljeno: oktober 2020
Ključne besede: PromethION |Diferencialno izraženi prepisi |Funkcionalna napoved |Spojene izooblike |TF in lncRNA
5. Analiza in celovita primerjava PacBio in nanopornega zaporedja RNA transkriptoma Arabidopsis
Revija: Rastlinska metoda
Objavljeno: april 2020
Ključne besede: GridION |PromethION |Nadaljevanje PacBio |Illumina NovaSeq |Poravnava genoma |Identifikacija prepisa |Alternativno spajanje |SSR |LncRNA |Kvantifikacija izoforme
Novice in poudarki želi deliti najnovejše uspešne primere z Biomarker Technologies, zajeti nove znanstvene dosežke in vidne tehnike, uporabljene med študijo.
Čas objave: 8. januarja 2022