Novice

Pomnoževanje prenosljivih elementov (TE) je bilo priznano kot gonilna sila, ki posreduje pri širjenju velikosti genoma in evoluciji, vendar posledice za oblikovanje 3D genomske arhitekture ostajajo v rastlinah večinoma neznane.Tukaj poročamo o sklopih genoma referenčne stopnje za tri vrste bombaža, ki segajo trikrat po velikosti genoma, in sicerGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) inG. raimondii(D5), z uporabo Oxford Nanopore Technologies.Primerjalne analize genoma dokumentirajo podrobnosti pomnoževanja TE, specifičnega za linijo, ki prispeva k velikim razlikam v velikosti genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), in kažejo na razmeroma ohranjeno vsebnost genov in sintenična razmerja med genomi.Ugotovili smo, da približno 17 % sintetičnih genov izkazuje spremembo statusa kromatina med aktivnimi ("A") in neaktivnimi ("B") predelki, pomnoževanje TE pa je bilo povezano s povečanjem deleža predelka A v genskih regijah (~ 7000 genov ) v K2 in A2 glede na D5.Med tremi genomi je bilo ohranjenih le 42 % meja topološko povezovalne domene (TAD).Naši podatki nakazujejo nedavno ojačanje TE po oblikovanju meja TAD, specifičnih za rod.Ta študija osvetljuje vlogo širjenja genoma, ki ga posreduje transpozon, v razvoju strukture kromatina višjega reda v rastlinah.