Transkriptom je povezava med genomsko genetsko informacijo in proteomom biološke funkcije.Regulacija ravni transkripcije je najpomembnejši in najbolj raziskan način regulacije organizmov.Sekvenciranje transkriptoma lahko sekvencira transkriptom kadar koli v času ali pod kakršnimi koli pogoji, z ločljivostjo, natančno na en nukleotid. Lahko dinamično odraža raven transkripcije gena, hkrati identificira in kvantificira redke in normalne transkripte ter zagotovi strukturne informacije o vzorce specifičnih prepisov.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma pogosto uporablja v agronomiji, medicini in na drugih raziskovalnih področjih, vključno z regulacijo razvoja živali in rastlin, prilagajanjem okolja, imunsko interakcijo, lokalizacijo genov, genetsko evolucijo vrst ter odkrivanjem tumorjev in genetskih bolezni.
