Asociacijska analiza celotnega genoma
1.Service Prednosti
● Številni primeri projektov: od svoje ustanovitve leta 2009 je BMKGENE zaključil na stotine projektov vrst v populacijskih raziskavah GWAS, pomagal raziskovalcem pri objavi več kot 100 člankov, kumulativni faktor vpliva pa je dosegel 500.
● Profesionalni analitiki.
● Kratek cikel analize.
● Natančno rudarjenje podatkov.
2. Specifikacije storitve
| Vrsta | Lestvica prebivalstva | Strategija zaporedja in globina |
| SLAF-GWAS | Število vzorcev ≥200 | Velikost genoma < 400M, z ref-genomom, priporočamo WGS |
| Velikost genoma ≤ 1G, 100K oznak in 10X | ||
| 1G ≤ velikost genoma ≤ 2G, 200K oznak in 10X | ||
| Velikost genoma > 2G, 300K oznak in 10X | ||
| WGS-GWAS | Število vzorcev ≥200 | 10X za vsak vzorec |
3. Izbira materiala
Različne sorte, podvrste, domače sorte/genske banke/mešane družine/divji viri
Različne sorte, podvrste, domače sorte
Družina s polsorojenci/družina s polnimi sorodniki/divji viri
4. Bioinformacijska analiza
● Analiza povezav celotnega genoma
● Analiza in presejanje pomembnih SNP
● Funkcionalna oznaka kandidata za gen
5. Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
a.Fenotip QC
Histogram frekvenčne porazdelitve
Statistika fenotipa
b.Analiza povezav (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ Plot
Manhattanska parcela
| leto | Dnevnik | IF | Naslov |
| 2022 | NC | 17.69 | Genomska osnova gigakromosomov in gigagenoma drevesne potonike Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Odtisi udomačitve zasidrajo genomske regije agronomskega pomena v soji |
| 2018 | MP | 9.32 | Ponovno zaporedje celotnega genoma svetovne zbirke pristopov oljne ogrščice razkriva genetsko osnovo njihove ekotipske divergence |
| 2022 | HR | 7.29 | Analiza asociacij na celotnem genomu zagotavlja molekularni vpogled v naravno variacijo velikosti semena lubenice |
