Poglobite se v potencial proučevanja divjih različnih raziskovalnih vrst, ki jih ponazarja ključni primer strank BMKGENE.Nedavno objavljen v letošnji izdaji revije Plant Biotechnology Journal, je članek z naslovom »Genom divje Hevee brasiliensis na ravni kromosoma: Opolnomočenje razmnoževanja s pomočjo genoma in odkrivanje vitalnih lokusov za povečan izkoristek gume« dragocena referenca.
Brazilski kavčukovec (Hevea brasiliensis) je osrednji vir naravnega kavčuka.V zadnjem stoletju so tradicionalne metodologije vzreje povzročile izjemen šestkratni porast proizvodnje gume.Kljub temu osnovna genetska podlaga, ki je odgovorna za potencialno povečanje donosa gume, ostaja skrivnostna.
Ta študija se je lotila konstruiranja genoma na ravni kromosoma za divje kavčukovce, pri čemer je uporabila sinergijo Nanoporeovega zaporedja dolgega branja, Illumina NGS sekvenciranja in tehnologije Hi-C.
Vzporedno je bila zbrana zbirka 147 virov zarodne plazme, ki zajemajo variacije z visokim izkoristkom, divje seve in sorodne vrste, za celovito ponovno sekvenciranje celotnega genoma (WGS) z uporabo platforme Illumina.Podatki o zaporedju, ki so sledili, so bili podvrženi strogi populacijski genetski analizi, kar je omogočilo razčlenitev populacijske strukture, raznolikosti in neravnovesja povezav.Ta analiza je osvetlila variacije udomačitve med populacijami.
Nadaljnje preiskave so vključevale analizo, ki je zajemala Fst, π, Tajimino D in LD, s ciljem razkriti selekcijske signale, ki izhajajo iz izboljšanega izkoristka lateksa, predvsem s poudarkom na Wickhamovih klonih.
Vrhunec v analizi asociacije celotnega genoma (GWAS) so bili natančno določeni markerji, povezani z lastnostmi pridelka in nato geni, povezanimi z donosom.Začetna validacija je razkrila značilne transkripcijske dejavnosti med različnimi mutanti za dva gena ERF, kar je zagotovilo predhodni vpogled v njun funkcionalni pomen.Nadaljnja potrditev je predvidena v okviru prihodnjih raziskav.
BMKGENE je ponosen, da prispeva k obsežnemu ponovnemu zaporedju celotnega genoma te velike populacije, skupaj s pomembno vlogo v bioinformatični analizi.Naše bogate izkušnje zajemajo sekvenciranje NGS/TGS in bioinformatične analize multiomike v nizu več kot 1000 vrst.Veselimo se možnosti sodelovanja z vami pri vaših prihajajočih projektih.
Kliknite tukaj zaizvedeti več o tej študiji
Čas objave: 29. avgusta 2023