● Visoko izkušen: več kot 200.000 vzorcev je bilo obdelanih v BMK, ki pokrivajo različne vrste vzorcev, vključno s celično kulturo, tkivom, telesnimi tekočinami itd., in več kot 7.000 projektov mRNA-Seq je bilo zaključenih in so pokrivali različna raziskovalna področja.
● Strog sistem nadzora kakovosti: ključne točke nadzora kakovosti skozi vse korake, vključno s pripravo vzorcev, pripravo knjižnice, zaporedjem in bioinformatiko, so pod strogim nadzorom, da se zagotovijo visokokakovostni rezultati.
● Na voljo je več zbirk podatkov za opombe funkcij in študije obogatitve za izpolnjevanje različnih raziskovalnih ciljev.
● Poprodajne storitve: Poprodajne storitve, ki veljajo 3 mesece po zaključku projekta, vključno s spremljanjem projekta, odpravljanjem težav, rezultati vprašanj in odgovorov itd.
Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
Poly A obogaten | Ilumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidi:
Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥6,5; Za živali: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
Tkivo: Teža (suho):≥1 g
*Za tkivo, manjše od 5 mg, priporočamo pošiljanje hitro zamrznjenega (v tekočem dušiku) vzorca tkiva.
Suspenzija celic:Število celic = 3×106- 1×107
*Priporočamo pošiljanje zamrznjenega celičnega lizata.V primeru, da je ta celica manjša od 5×105.
Vzorci krvi:Volumen≥1 ml
Mikroorganizem:Masa ≥ 1 g
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
Bioinformatika
evkariontski Potek dela analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØNadzor kakovosti neobdelanih podatkov
ØPoravnava referenčnega genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija izražanja
ØAnaliza diferencialnih izrazov
ØAnotacija in obogatitev funkcij
1.Krivulja nasičenosti podatkov mRNA
2.Analiza diferencialnih izrazov - graf vulkana
3.Opomba KEGG na DEG
4.Razvrstitev GO na DEG