Izdelki

Sekvenciranje DNA/RNA – Nanopore sekvencer

Sekvenciranje DNA/RNA – Predstavljena slika sekvencerja nanopor

ONT sekvenciranje je tehnologija sekvenciranja električnega signala ene same molekule v realnem času, ki temelji na nanoporah, načelo sekvenciranja vsake platforme je enako.Dvoverižna DNA/RNA se bo vezala na nanoporozno beljakovino, ki je vdelana v biofilm in se odvija pod vodstvom motorične beljakovine, pod delovanjem napetostne razlike na obeh straneh biofilma preidejo verige DNA/RNA skozi protein kanala nanopore pri določeni oceniti.Zaradi razlik v kemijskih lastnostih različnih baz na verigi DNA/RNA, ko ena sama baza ali molekula DNA prehaja skozi kanal nanopor, povzroči spremembo različnih električnih signalov.Z zaznavanjem in prilagajanjem teh signalov je mogoče izračunati ustrezne osnovne tipe in dokončati zaznavanje zaporedja v realnem času.

Kontaktiraj nas

Podrobnosti storitve

Demo rezultat

Storitev Podrobnosti Lastnosti

Platforma	Velikost knjižnice	Teoretični izkoristek podatkov (na celico)	Ena bazna natančnost	Aplikacije
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR	70-90Gb/celico	85-92 %	Klicanje SV, De novo, Celotno sekvenciranje, Iso-Seq, Gene anotation, Detekcija metilacije DNA

Prednosti storitve

● Več kot 5 let izkušenj na platformi za sekvenciranje PacBio s tisoči zaključenih projektov z različnimi vrstami.
● BMKGENE je uradni partner Oxford Nanopore z dvojno platformo RNA/DNA certificiranja.
● Obstajajo glavni modeli sekvencerjev s popolno opremo in zadostno zmogljivostjo sekvenciranja.
● Na podlagi platforme Nanopore je bilo v mednarodno priznanih revijah objavljenih več kot 10 raziskav Denovo na živalih in rastlinah.

Vzorčne zahteve

Vrsta vzorca

Znesek

Koncentracija (Qubit®)

Glasnost

Čistost

drugi

Genomska DNK

Odvisno od podatkovne zahteve

≥20 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Jasen vrh pri 260 nm, brez kontaminacije

Koncentracijo je treba izmeriti s Qubit in Qubit/Nanopore ≤ 2

Skupna RNA

≥1,2 μg

≥100μg/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5；brez kontaminacije

Vrednost RIN ≥7,5

Potek dela storitve

Priprava vzorca

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Analiza podatkov

Izvedba projekta

Prejšnja: Sekvenciranje DNA/RNA – Sekvencer Illumina

Naslednji: Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

Ocena kakovosti podatkov vzorca DNK

Tabela 1. Statistika čistih podatkov.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	cleanN50Len	cleanN90Len	cleanMeanLen	cleanMaxLen	cleanMeanQual
DNK_BMK01	1.218.239	26.37	1.121.736	25.90	28.014	15.764	23.090	143.181	9