●Platforme:Illumina NovaSeq 6000, NovaSeq, HiSeq X Ten in BGI-DNB-T7
●Načini zaporedja:PE50, PE100, PE150, PE250
●Kontrola kakovosti knjižnic pred sekvenciranjem
●Zaporedje dostave podatkov in QC:dostava poročila QC in neobdelanih podatkov v formatu fastq po demultipleksiranju in filtriranju odčitkov Q30.
●Vsestranskost storitev sekvenciranja:stranka se lahko odloči za zaporedje po pasu, pretočni celici ali količini podatkov.
●Vsestranskost platform:Knjižnice DNB je mogoče prenesti na platforme Illumina
●Bogate izkušnje na platformi za sekvenciranje Illumina:s tisoči zaprtih projektov z različnimi vrstami.
●Dostava poročila o sekvenciranju QC:z merili kakovosti, točnostjo podatkov in splošno uspešnostjo projekta zaporedja.
●Proces zrelega zaporedja:s kratkim časom obračanja.
●Stroga kontrola kakovosti: izvajamo stroge zahteve QC, da zagotovimo zagotavljanje dosledno visokokakovostnih rezultatov.
Količina podatkov (X) | Koncentracija (qPCR/nM) | Glasnost |
X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
50 Gb ≤ X < 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 20 μl |
X ≥ 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 20 μl |
Platforma | Koncentracija (qPCR/nM) | Glasnost |
HiSeq X Ten | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
NovaSeq 6000 SP | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq 6000 S4 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq X | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
BGI-DNBSEQ-T7 | ≥ 1,5 nM | ≥ 25 μl |
Poleg koncentracije in skupne količine je potreben tudi ustrezen vzorec vrhov.
Poročilo o kakovosti knjižnice je zagotovljeno pred zaporedjem, oceno količine knjižnice in razdrobljenosti.
Tabela 1. Statistika podatkov o zaporedju.
ID vzorca | BMKID | Surovo bere | Neobdelani podatki (bp) | Čisto branje (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Slika 1. Porazdelitev kakovosti vzdolž odčitkov v vsakem vzorcu
Slika 2. Porazdelitev osnovne vsebine
Slika 3. Porazdelitev prebranih vsebin v podatkih zaporedja