Izdelki

Sekvenciranje mRNA v polni dolžini -PacBio

Sekvenciranje mRNA v polni dolžini - predstavljena slika PacBio

De novosekvenciranje transkriptoma polne dolžine, znano tudi kotDe novoIso-Seq izkorišča prednosti sekvencerja PacBio v dolžini branja, ki omogoča sekvenciranje cDNA molekul polne dolžine brez prekinitev.S tem se popolnoma izognemo kakršnim koli napakam, ustvarjenim v korakih sestavljanja prepisa, in konstruiramo nize unigene z ločljivostjo na ravni izoforme.Ta komplet unigene zagotavlja močne genetske informacije kot "referenčni genom" na ravni transkriptoma.Poleg tega ta storitev v kombinaciji s podatki o sekvenciranju naslednje generacije omogoča natančno kvantifikacijo izražanja na ravni izoforme.

Platforma: PacBio Sequel II

Knjižnica: knjižnica zvoncev SMRT

Kontaktiraj nas

Podrobnosti storitve

Demo rezultati

Študija primera

Prednosti storitve

● Neposredno branje molekule cDNA celotne dolžine od 3'- konca do 5'- konca

● Ločljivost ravni izo-oblike v strukturi zaporedja

● Prepisi z visoko natančnostjo in celovitostjo

● Zelo združljiv z različnimi vrstami

● Velika zmogljivost zaporedja s 4 opremljenimi platformami za zaporedje PacBio Sequel II

● Veliko izkušenj z več kot 700 projekti sekvenciranja RNA, ki temeljijo na Pacbio

● Dostava rezultatov na podlagi BMKCloud: prilagojeno podatkovno rudarjenje je na voljo na platformi.

● Poprodajne storitve veljajo 3 mesece po zaključku projekta

Specifikacije storitve

Platforma: PacBio Sequel II

Knjižnica sekvenciranja: knjižnica mRNA, obogatena s poli A

Priporočeni donos podatkov: 20 Gb/vzorec (odvisno od vrste)

FLNC（%）： ≥75 %

*FLNC: Nehimerični transkripti v polni dolžini

Bioinformatske analize

● Obdelava neobdelanih podatkov

● Identifikacija prepisa

● Struktura zaporedja

● Kvantifikacija izražanja

● Opomba funkcije

Zahteve za vzorce in dostava

Vzorčne zahteve:

Nukleotidi:

Konc. (ng/μl)

Količina (μg)

Čistost

Integriteta

≥ 120

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK.

Za rastline: RIN≥7,5;

Za živali: RIN≥8,0;

5,0≥ 28S/18S≥1,0;

omejena ali brez osnovne višine

Tkivo: Teža (suho):≥1 g
*Za tkivo, manjše od 5 mg, priporočamo pošiljanje hitro zamrznjenega (v tekočem dušiku) vzorca tkiva.

Suspenzija celic:Število celic = 3×10⁶- 1×10⁷
*Priporočamo pošiljanje zamrznjenega celičnega lizata.V primeru, da je ta celica manjša od 5×10⁵, priporočamo hitro zamrzovanje v tekočem dušiku, kar je prednostno za mikro ekstrakcijo.

Vzorci krvi:Volumen≥1 ml

Mikroorganizem:Masa ≥ 1 g

Priporočena dostava vzorcev

Vsebnik:
2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Pošiljka:

1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. RNAstable epruvete: vzorce RNA lahko posušite v RNA stabilizacijski epruveti (npr. RNAstable®) in pošljete pri sobni temperaturi.

Potek storitvenega dela

Oblikovanje eksperimenta

Dostava vzorcev

Ekstrakcija RNA

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Analiza podatkov

Poprodajne storitve

Prejšnja: Sekvenciranje evkariontske mRNA-Illumina

Naslednji: Celotna dolžina mRNA Sekvenciranje-Nanopore

1. Porazdelitev dolžine FLNC

Dolžina nehimernega branja polne dolžine (FLNC) označuje dolžino cDNA v konstrukciji knjižnice.Porazdelitev dolžine FLNC je ključni kazalec pri ocenjevanju kakovosti gradnje knjižnice.

mRNA-FLNC-porazdelitev-dolžine-branja

Porazdelitev dolžine branja FLNC

2. Popolna porazdelitev dolžine regije ORF

TransDecoder uporabljamo za napovedovanje regij kodiranja beljakovin in ustreznih aminokislinskih sekvenc za generiranje nizov unigene, ki vsebujejo popolne neredundantne informacije o prepisu v vseh vzorcih.

mRNA-Popolna-ORF-dolžinska porazdelitev

Popolna porazdelitev dolžine regije ORF

3. Analiza obogatitve poti KEGG

Diferencialno izražene transkripte (DET) je mogoče identificirati s poravnavo podatkov o zaporedju RNK, ki temeljijo na NGS, na naborih transkriptov polne dolžine, ustvarjenih s podatki o zaporedju PacBio.Te DET-je je mogoče nadalje obdelati za različne funkcionalne analize, npr. analizo obogatitve poti KEGG.

mRNA-DEG-KEGG-obogatitev poti

Obogatitev poti DET KEGG - Točkovni prikaz

Zadeva BMK

Razvojna dinamika transkriptoma stebla Populus

Objavljeno: Plant Biotechnology Journal, 2019

Strategija zaporedja:
Zbirka vzorcev:regije stebla: vrh, prvi internodij (IN1), drugi internodij (IN2), tretji internodij (IN3), internodij (IN4) in internodij (IN5) iz Nanlin895
NGS-zaporedje:RNA 15 posameznikov je bila združena v en biološki vzorec.Tri biološke ponovitve vsake točke so bile obdelane za zaporedje NGS
TGS-zaporedje:Regije stebla smo razdelili na tri regije, tj. vrh, IN1-IN3 in IN4-IN5.Vsaka regija je bila obdelana za PacBio sekvenciranje s štirimi vrstami knjižnic: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb in 3-10 kb.

Ključni rezultati

1.Identificiranih je bilo skupno 87150 transkriptov polne dolžine, v katerih je bilo identificiranih 2081 novih izooblik in 62058 novih alternativnih spojenih izoform.
Identificiranih je bilo 2,1187 lncRNA in 356 fuzijskih genov.
3. Od primarne rasti do sekundarne rasti je bilo identificiranih 15838 različno izraženih transkriptov iz 995 različno izraženih genov.V vseh DEG je bilo 1216 transkripcijskih faktorjev, od katerih o večini še niso poročali.
Analiza obogatitve 4.GO je razkrila pomen celične delitve in oksidacijsko-redukcijskega procesa pri primarni in sekundarni rasti.