Primerjalna genomika
Prednosti storitve
● Celovit paket analiz, ki vsebuje osem najpogosteje zahtevanih analiz
● Visoka zanesljivost analize s podrobno in lahko razumljivo interpretacijo rezultatov
● Dobro oblikovane številke, pripravljene za objavo
● Visoko usposobljena bioinformatska ekipa izpolnjuje raznolike zahteve po prilagojenih analizah
● Krajši čas obratovanja z večjo natančnostjo analize
● Bogate izkušnje z več kot 90 uspešnimi primeri s skupnim objavljenim faktorjem vpliva nad 900
Specifikacije storitve
| Predviden čas obračanja | Število vrst | Analize |
| 30 delovnih dni | 6 - 12 | Združevanje genskih družin Širjenje in krčenje družine genov Konstrukcija filogenetskega drevesa Ocena časa odstopanja (potrebna je kalibracija fosilov) Čas vstavljanja LTR (za rastline) Podvajanje celotnega genoma (za rastline) Selektivni pritisk Synteny analiza |
Bioinformatske analize
● Družina genov
● Filogenetika
● Čas odstopanja
● Selektivni pritisk
● Synteny analiza
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
Tkivo ali DNK za sekvenciranje in sestavljanje genoma
Za tkivo
| Vrsta | Tkivo | Anketa | PacBio CCS |
| žival | Visceralno tkivo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Mišično tkivo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Kri sesalcev | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Perutninska/ribja kri | |||
| Rastlina | Sveži listi | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Cvetni list/steblo | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Koren/Seme | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Celice | Kulturna celica | - | ≥ 1 x 108 |
podatki
Datoteke zaporedja genoma (.fasta) in datoteke z opombami (.gff3) tesno povezanih vrst
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
*Tu prikazani predstavitveni rezultati so vsi iz genomov, objavljenih s tehnologijo Biomarker Technologies
1. Ocena časa vstavitve LTR: slika prikazuje edinstveno bimodalno porazdelitev časov vstavitve LTR-RT v genom rži Weining v primerjavi z drugimi vrstami.Najnovejši vrh se je pojavil pred približno 0,5 milijona let.
Li Guang et al.,Naravna genetika, 2021
2. Analiza filogenije in družine genov na čajoti (Sechium edule): Z analizo čajote in drugih 13 sorodnih vrst v družini genov je bilo ugotovljeno, da je čajota najbolj povezana s kačjo bučo (Trichosanthes anguina).Čajota je bila pridobljena iz kačje buče v približno 27-45 milijonih let, podvajanje celotnega genoma (WGD) pa je bilo opaženo pri čajoti v 25 ± 4 milijonih let, kar je tretji WGD dogodek pri cucuibitaceae.
Fu A et al.,Hortikulturne raziskave, 2021
3.Synteny analiza: Nekateri geni, povezani s fitohormoni v razvoju sadja, so bili najdeni v čajoti, kačji buči in buči.Korelacija med čajoto in bučo je nekoliko večja kot med čajoto in kačjo bučo.
Fu A et al.,Hortikulturne raziskave, 2021
4. Analiza družine genov: Obogatitev KEGG na širjenje in krčenje družine genov v genomih G.thurberi in G.davidsonii je pokazala, da so bili geni, povezani z biosintezo steroidov in brasinosteroidov, razširjeni.
Yang Z et al.,Biologija BMC, 2021
5. Analiza podvajanja celotnega genoma: Analiza distribucije 4DTV in Ks je pokazala dogodek podvajanja celotnega genoma.Vrhovi dogodkov podvajanja znotraj vrste.Vrhovi medvrstnih prikazanih speciacijskih dogodkov.Analiza je pokazala, da je v primerjavi z drugimi tremi tesno sorodnimi vrstami O. europaea pred kratkim šla skozi obsežno podvajanje genov.
Rao G et al.,Hortikulturne raziskave, 2021
Zadeva BMK
Vrtnica brez bodic: genomski vpogled, povezan s prilagajanjem vlage
Objavljeno: Nacionalna znanstvena revija, 2021
Strategija zaporedja:
'Basye'sBrez trnov' (R.Wichurainan) genom:
Pribl.93 X PacBio + pribl.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ključni rezultati
1. Visokokakovosten genom R.wichuraiana je bil zgrajen z uporabo dolgotrajnih tehnik sekvenciranja, ki dajejo sklop 530,07 Mb (ocenjena velikost genoma je bila približno 525,9 Mb s pretočno citometrijo in 525,5 z raziskavo genoma； Heterozigotnost je bila okoli 1,03 %).Ocenjeni rezultat BUSCO je bil 93,9 %.V primerjavi s »starim rdečilom« (haploOB) je bila kakovost in popolnost tega genoma potrjena z osnovno enoosnovno natančnostjo in indeksom sestavljanja LTR (LAI=20,03).Genom R.wichuraiana vsebuje 32.674 genov, ki kodirajo beljakovine.
2. Skupna analiza več omike, sestavljena iz primerjalne genomike, transkriptomike, QTL analize genetske populacije, je razkrila ključno speciacijo med R. wichuraiana in Rosa chinensis.Poleg tega je bila variacija ekspresije sorodnih genov v QTL verjetno povezana z vzorčenjem bodic na steblu.
Primerjalna genomska analiza med Basye;s Thornless in Rosa chinensis, vključno z analizo sintenije, grozdom genske družine, analizo širjenja in krčenja, je razkrila veliko število variacij, ki so povezane s ključnimi lastnostmi vrtnic.Edinstvena ekspanzija v družini genov NAC in FAR1/FRS je bila zelo verjetno povezana z odpornostjo proti črni pegi.
Primerjalna genomska analiza med genomoma BT in haploOB.
Zhong, M., et al."Vrtnica brez bodic: genomski vpogled, povezan s prilagajanjem vlage"Nacionalna znanstvena revija, 2021;, nwab092.
