sekvenciranje circRNA-Illumina
Lastnosti
● Izčrpanost rRNA, ki ji sledi priprava usmerjene knjižnice, kar omogoča podatke o zaporedju, ki so specifični za verigo.
● Bioinformacijski potek dela omogoča napovedovanje circRNA in kvantifikacijo izražanja
Prednosti storitve
●Bolj obsežne knjižnice RNA:v naši pripravi pred knjižnico uporabljamo deplecijo rRNA namesto linearne deplecije RNA, kar zagotavlja, da podatki o zaporedju ne vključujejo samo circRNA, ampak tudi mRNA in lncRNA, kar omogoča skupno analizo teh nizov podatkov
●Izbirna analiza konkurenčnih endogenih mrež RNA (ceRNA).: zagotavljanje globljega vpogleda v celične regulacijske mehanizme
●Obsežno strokovno znanje: z zgodovino obdelave več kot 20.000 vzorcev pri BMK, ki obsegajo različne vrste vzorcev in projekte lncRNA, naša ekipa v vsak projekt vnese bogate izkušnje.
●Stroga kontrola kakovosti: izvajamo ključne kontrolne točke v vseh fazah, od priprave vzorca in knjižnice do sekvenciranja in bioinformatike.To natančno spremljanje zagotavlja zagotavljanje dosledno visokokakovostnih rezultatov.
● Poprodajna podpora: Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev.V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Platforma | Priporočeni podatki | QC podatkov |
| Poly A obogaten | Ilumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥6,5; Za živali: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
● Rastline:
Korenina, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
Srce ali črevesje: 450 mg
Notranje telo ali možgani: 240 mg
Mišice: 600 mg
Kosti, lasje ali koža: 1,5 g
● Členonožci:
Insekti: 9g
Raki: 450 mg
● Polna kri:2 cevi
● Celice: 106 celice
● Serum in plazma: 6 ml
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. RNAstable epruvete: vzorce RNA lahko posušite v RNA stabilizacijski epruveti (npr. RNAstable®) in pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
napoved circRNA: kromosomska porazdelitev
Diferencialno izražene circRNA – graf vulkana
Diferencialno izražene circRNA – hierarhično združevanje
Funkcionalna obogatitev gostiteljskih genov circRNA
Raziščite raziskovalni napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja circRNA BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 uravnava tvorbo circRNA in utišanje genov, posredovano z mikroRNA, pri hepatocelularnem karcinomu', Oncogene 2021 40:25, 40(25), str. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-odzivni transkriptom razkriva vlogo krožne RNA133 pri odpornosti proti boleznim z uravnavanjem izražanja OsARAB v rižu', Phytopathology Research, 5(1), str. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/SLIKE/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulira ravnotežje krožnih in linearnih transkriptov v hepatocelularnem karcinomu'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) "Celovita ocena circRNA pri cirozni kardiomiopatiji pred in po presaditvi jeter", Mednarodna imunofarmakologija, 114, str.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
