Skupna analiza segregacije
Prednosti storitve
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Natančna lokalizacija: mešanje skupin s 30+30 do 200+200 posameznikov za zmanjšanje hrupa v ozadju;nesinonimna napoved regije kandidatov na osnovi mutatantov.
● Celovita analiza: poglobljena opomba o funkciji gena kandidata, vključno z NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG itd.
● Hitrejši čas izvedbe: Hitra lokalizacija genov v 45 delovnih dneh.
● Obsežne izkušnje: BMK je prispeval k na tisoče lokalizaciji lastnosti, ki zajemajo različne vrste, kot so pridelki, vodni proizvodi, gozd, rože, sadje itd.
Specifikacije storitve
Prebivalstvo:
Ločevanje potomcev staršev z nasprotujočimi si fenotipi.
npr. potomstvo F2, povratno križanje (BC), rekombinantna samooplodna linija (RIL)
Mešalni bazen
Za kvalitativne lastnosti: 30 do 50 osebkov (najmanj 20)/razsuti del
Za kvantitativne lastnosti: najboljših 5 % do 10 % posameznikov z ekstremnimi fenotipi v celotni populaciji (najmanj 30+30).
Priporočena globina zaporedja
Vsaj 20X/starš in 1X/posamezen potomec (npr. za skupino za mešanje potomcev 30+30 posameznikov bo globina zaporedja 30X na skupino)
Bioinformatske analize
● Resekvenciranje celotnega genoma
● Obdelava podatkov
● Klicanje SNP/Indel
● Preverjanje regij kandidatov
● Opomba o funkciji gena kandidata
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| vzorec gDNA | Vzorec tkiva |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Rastline: 1-2 g |
| Količina: ≥2 μg (Volumna ≥15 μl) | Živali: 0,5-1 g |
| Čistost: OD260/280 = 1,6-2,5 | Polna kri: 1,5 ml |
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1. Osnova analize asociacij na evklidski razdalji (ED) za identifikacijo kandidatne regije.Na naslednji sliki
Os X: število kromosomov;Vsaka pika predstavlja vrednost ED SNP.Črna črta ustreza vgrajeni vrednosti ED.Višja vrednost ED kaže na pomembnejšo povezavo med mestom in fenotipom.Rdeča črtkana črta predstavlja prag pomembne povezave.
2.Asociacijska analiza ne temelji na indeksu SNP
Os X: število kromosomov;Vsaka pika predstavlja vrednost indeksa SNP.Črna črta pomeni prilagojeno vrednost indeksa SNP.Večja kot je vrednost, pomembnejša je povezava.
Zadeva BMK
Lokus kvantitativne lastnosti glavnega učinka Fnl7.1 kodira obilno beljakovino pozne embriogeneze, povezano z dolžino vratu ploda pri kumarah
Objavljeno: Plant Biotechnology Journal, 2020
Strategija zaporedja:
Starši (Jin5-508, YN): Ponovno sekvenciranje celotnega genoma za 34× in 20×.
Skupine DNK (50 dolgovratih in 50 kratkovratih): ponovno zaporedje za 61× in 52×
Ključni rezultati
V tej študiji je bila ločevalna populacija (F2 in F2:3) ustvarjena s križanjem linije kumar z dolgim vratom Jin5-508 in YN s kratkim vratom.Dva bazena DNK je zgradilo 50 posameznikov z ekstremno dolgim vratom in 50 posameznikov z ekstremno kratkim vratom.QTL z velikim učinkom je bil identificiran na Chr07 z analizo BSA in tradicionalnim kartiranjem QTL.Kandidatno regijo so dodatno zožili s finim preslikavo, kvantifikacijo genske ekspresije in transgenimi poskusi, ki so razkrili ključni gen pri nadzoru dolžine vratu, CsFnl7.1.Poleg tega je bilo ugotovljeno, da je polimorfizem v promotorski regiji CsFnl7.1 povezan z ustrezno ekspresijo.Nadaljnja filogenetska analiza je pokazala, da lokus Fnl7.1 zelo verjetno izvira iz Indije.
 Preslikava QTL v analizi BSA za identifikacijo kandidatne regije, povezane z dolžino vratu kumare |  LOD profili kumar QTL z dolžino vratu, identificirani na Chr07 |
Xu, X., et al."Lokus kvantitativne lastnosti glavnega učinka Fnl7.1 kodira bogate beljakovine pozne embriogeneze, povezane z dolžino vratu ploda pri kumarah."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
