BMKMANU S1000 prostorski transkriptom
Tehnična shema prostorskega transkriptoma BMKMANU S1000
Prednosti BMKMANU S1000
1) Podcelična ločljivost: Vsako območje zajema je vsebovalo > 2 milijona prostorskih črtno kodiranih točk s premerom 2,5 µm in razmikom 5 µm med središči točk, kar je omogočilo analizo prostorskega transkriptoma s podcelično ločljivostjo (5 µm).
2) Večnivojska analiza ločljivosti: Prilagodljiva večnivojska analiza v razponu od 100 μm do 5 μm za razrešitev različnih značilnosti tkiva pri optimalni ločljivosti.
3) Celovito profiliranje transkriptoma: Analizirati je mogoče transkripte, zajete iz celotnega tkivnega preparata, brez omejitev glede števila ciljnih genov in ciljnega območja.
Specifikacije storitve
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočen izhod podatkov |
| Knjižnica cDNA S1000 | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60 Gb/vzorec |
Vzorčne zahteve
| Vzorec | številka | Velikost | Kakovost RNA |
| OCT vgrajen tkivni blok | 2-3 bloki/vzorec | Pribl.6,8x6,8x6,8 mm3 | RIN≥7 |
Za več podrobnosti o navodilih za pripravo vzorcev in poteku storitev se obrnite na aBMKGENE strokovnjak
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Predposkus
Prostorsko črtno kodiranje
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Podatki, ki jih ustvari BMKMANU S1000, se analizirajo s programsko opremo "BSTMatrix", ki jo je neodvisno oblikoval BMKGENE, vključno z:
1) Generiranje matrike za izražanje genov
2) HE obdelava slike
3) Združljivo z nadaljnjo programsko opremo tretjih oseb za analizo
4) Spletni »BSTViewer« pomaga pridobiti rezultate vizualizacije pri različnih ločljivostih.
1.Točkovno združevanje
2.Prostorska razporeditev
Note: Resolucijaraven=13 (100 µm, levo); 7 (50 µm, prav)
3.Toplotni zemljevid gručenja številčnosti izraza označevalca
4. Analiza podatkov med vzorci
