16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Prednosti storitve
● Dolgo branje, ki razkriva celotno zaporedje 16S/18S/ITS
● Zelo natančno osnovno klicanje s sekvenciranjem načina PacBio CCS
● Ločljivost na ravni vrste v opombi OTU/ASV
● Najnovejši tok analiziranja QIIME2 z različnimi analizami v smislu baze podatkov, opombe, OTU/ASV.
● Uporabno za različne študije mikrobne skupnosti
● BMK ima bogate izkušnje z več kot 100.000 vzorci na leto, ki zajemajo zemljo, vodo, plin, blato, iztrebke, črevesje, kožo, fermentacijsko juho, žuželke, rastline itd.
● BMKCloud olajša interpretacijo podatkov, ki vsebuje 45 personaliziranih orodij za analizo
Specifikacije storitve
| ZaporedjePlatforma | Knjižnica | Priporočeni podatki | Čas obračanja |
| PacBio Nadaljevanje II | SMRT-zvonec | Oznake 5K/10K/20K | 44 delovnih dni |
Bioinformatske analize
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● OTU združevanje/de-noise (ASV)
● Opomba OTU
● Alfa raznolikost
● Beta raznolikost
● Medskupinska analiza
● Asociacijska analiza glede na eksperimentalne dejavnike
● Predvidevanje delovanja gena
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
Zaizvlečki DNK:
| Vrsta vzorca | Znesek | koncentracija | Čistost |
| izvlečki DNK | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za okoljske vzorce:
| Vrsta vzorca | Priporočeni postopek vzorčenja |
| Prst | Količina vzorca: pribl.5 g;Preostanek ovenele snovi je treba odstraniti s površine;Velike kose zmeljemo in preidemo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali ciroepruveti za rezervacijo. |
| Iztrebki | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorce v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo. |
| Črevesna vsebina | Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo sperite s PBS;Centrifugirajte PBS in zberite usedlino v EP-epruvete. |
| Blato | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo |
| Vodno telo | Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot je voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in jo prepustite skozi filter 0,22 μm, da obogatite mikrobe na membrani.Membrano shranjujte v sterilni epruveti. |
| koža | S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto. |
Priporočena dostava vzorcev
Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Zahtevano je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1. Stopnja pripomb za profiliranje mikrobne skupnosti na osnovi V3+V4(Illumina) v primerjavi s profiliranjem na podlagi celotne dolžine (PacBio).
(Za statistiko so bili uporabljeni podatki 30 naključno izbranih projektov)
2. Stopnja oznak sekvenciranja pomnožev polne dolžine na ravni vrste v različnih vrstah vzorcev
3. Razširjenost vrst
4.Filogenetsko drevo
Zadeva BMK
Izpostavljenost arzenu povzroči poškodbo črevesne pregrade in posledično aktivacijo osi črevesje-jetra, kar povzroči vnetje in piroptozo jeter pri racah
Objavljeno:Znanost o celotnem okolju,2021
Strategija zaporedja:
Vzorci: kontrola v primerjavi s skupino, izpostavljeno 8 mg/kg ATO
Donos podatkov o sekvenciranju: skupaj 102.583 neobdelanih zaporedij CCS
Kontrola: 54.518 ± 747 efektivnih CCS
Izpostavljenost ATO: 45.050 ± 1675 efektivnih CCS
Ključni rezultati
Alfa raznolikost:Izpostavljenost ATO je znatno spremenila bogastvo in raznolikost črevesnih mikrobov pri racah.
Analiza metastatov:
Na nivoju vrste: 2 vrsti bakterij, odkriti samo v kontrolnih skupinah
Na ravni rodu: 6 rodov je bilo ugotovljeno, da se bistveno razlikujejo po relativni številčnosti
Na ravni vrste: skupaj je bilo identificiranih 36 vrst, od katerih se jih 6 bistveno razlikuje po relativni številčnosti
Referenca
Thingholm, LB, et al."Debeli posamezniki s sladkorno boleznijo tipa 2 in brez nje kažejo različno funkcionalno zmogljivost in sestavo črevesnih mikrobov."Celični gostitelj in mikrob26.2 (2019).
