10x prostorski transkriptom Genomics Visium
Lastnosti
● Ločljivost: 100 µM
● Premer točke: 55 µM
● Število mest: 4992
● Območje zajema: 6,5 x 6,5 mm
● Vsako mesto s črtno kodo je napolnjeno s primerji, sestavljenimi iz 4 delov:
- poli(dT) rep za pripravo mRNA in sintezo cDNA
- Enolični molekularni identifikator (UMI) za popravljanje pristranskosti pomnoževanja
- Prostorska črtna koda
- Vezavno zaporedje začetnika sekvenciranja delnega branja 1
● H&E barvanje rezin
Prednosti
●Storitev na enem mestu: združuje vse korake, ki temeljijo na izkušnjah in veščinah, vključno s krio rezi, barvanjem, optimizacijo tkiva, prostorskim črtnim kodiranjem, pripravo knjižnice, sekvenciranjem in bioinformatiko.
● Visoko usposobljena tehnična ekipa: z izkušnjami pri več kot 250 vrstah tkiv in 100+ vrstah, vključno s človekom, mišmi, sesalci, ribami in rastlinami.
●Posodobitev celotnega projekta v realnem času: s popolnim nadzorom eksperimentalnega napredka.
●Celovita standardna bioinformatika:paket vključuje 29 analiz in 100+ visokokakovostnih številk.
●Analiza in vizualizacija podatkov po meri: na voljo za različne raziskovalne zahteve.
●Izbirna skupna analiza s sekvenciranjem enocelične mRNA
Specifikacije
| Vzorčne zahteve | Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
| Kriovzorci, vgrajeni v OCT, vzorci FFPE (Optimalen premer: cca. 6x6x6 mm3) 3 bloki na vzorec | 10X Visium cDNA knjižnica | Ilumina PE150 | 50K PE branj na spot (60Gb) | RIN>7 |
Za več podrobnosti o navodilih za pripravo vzorcev in poteku storitev se obrnite na aBMKGENE strokovnjak
Potek dela storitve
V fazi priprave vzorca se izvede poskus začetne množične ekstrakcije RNA, da se zagotovi pridobitev visokokakovostne RNA.V fazi optimizacije tkiva so rezi obarvani in vizualizirani ter optimizirani so pogoji permeabilizacije za sproščanje mRNA iz tkiva.Optimizirani protokol se nato uporabi med gradnjo knjižnice, čemur sledita zaporedje in analiza podatkov.
Celoten delovni tok storitve vključuje posodobitve v realnem času in potrditve odjemalcev za vzdrževanje odzivne povratne zanke, kar zagotavlja nemoteno izvajanje projekta.
Vključuje naslednjo analizo:
Nadzor kakovosti podatkov:
o Izhod podatkov in porazdelitev ocene kakovosti
o Odkrivanje genov na mesto
o Pokritost tkiva
Analiza notranjega vzorca:
o Bogastvo genov
o Združevanje točk, vključno z analizo zmanjšanih dimenzij
o Diferencialna analiza izražanja med grozdi: identifikacija markerskih genov
o Funkcionalno označevanje in obogatitev markerskih genov
Analiza med skupinami
o Ponovna kombinacija madežev iz obeh vzorcev (npr. bolnega in kontrolnega) in ponovno združevanje
o Identifikacija markerskih genov za vsako skupino
o Funkcionalno označevanje in obogatitev markerskih genov
o Diferencialni izraz istega grozda med skupinami
Analiza notranjega vzorca
Združevanje točk
Identifikacija markerskih genov in prostorska porazdelitev
Analiza med skupinami
Kombinacija podatkov iz obeh skupin in ponovna gruča
Označevalni geni novih grozdov
Raziščite napredek, ki ga omogoča storitev prostorske transkriptomije BMKGene s strani 10X Visium V teh predstavljenih publikacijah:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, potencialni homolog Drosophile adhezijskih GPCR pri sesalcih, je vključen v protitumorske reakcije na vbrizgane onkogene celice pri muhah', Zbornik Nacionalne akademije znanosti Združenih držav Amerike, 120(30), str.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL omogoča razmejitev prostorsko-časovnih transkriptomskih podatkov z visoko ločljivostjo', Briefings in Bioinformatics, 24(2), str. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Prostorsko-časovni atlas organogeneze pri razvoju cvetov orhidej', Nucleic Acids Research, 50(17), str. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrating Spatial Transcriptomics and Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), str. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
