Sekvenovanie celého transkriptómu – Illumina
Vlastnosti
● Duálna knižnica na sekvenovanie kompletného transkriptómu: deplécia rRNA nasledovaná prípravou knižnice PE150 a výberom veľkosti, po ktorej nasleduje príprava knižnice SE50
● Kompletná bioinformatická analýza mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA v samostatných bioinformatických správach
● Spoločná analýza všetkých expresií RNA v kombinovanej správe, vrátane analýzy sietí ceRNA.
Výhody služby
●Hĺbková analýza regulačných sietí: Analýza siete ceRNA je umožnená spoločným sekvenovaním mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA a vyčerpávajúcim bioinformatickým pracovným postupom.
●Komplexná anotácia: používame viaceré databázy na funkčnú anotáciu diferenciálne vyjadrených génov (DEG) a na vykonanie zodpovedajúcej analýzy obohatenia, ktorá poskytuje pohľad na bunkové a molekulárne procesy, ktoré sú základom transkriptómovej odpovede.
●Rozsiahla odbornosť: so záznamom úspešného ukončenia viac ako 2000 celých transkriptómových projektov v rôznych oblastiach výskumu, náš tím prináša do každého projektu bohaté skúsenosti.
●Prísna kontrola kvality: implementujeme kľúčové kontrolné body vo všetkých fázach, od prípravy vzorky a knižnice až po sekvenovanie a bioinformatiku.Toto starostlivé monitorovanie zaisťuje neustále vysokokvalitné výsledky.
● Komplexná anotácia: používame viaceré databázy na funkčnú anotáciu diferenciálne vyjadrených génov (DEG) a na vykonanie zodpovedajúcej analýzy obohatenia, ktorá poskytuje pohľad na bunkové a molekulárne procesy, ktoré sú základom transkriptómovej odpovede.
●Podpora po predaji: Náš záväzok presahuje dokončenie projektu s 3-mesačným obdobím popredajného servisu.Počas tohto obdobia ponúkame sledovanie projektu, pomoc pri riešení problémov a stretnutia otázok a odpovedí na riešenie akýchkoľvek otázok súvisiacich s výsledkami
Vzorové požiadavky a doručenie
| Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| rRNA vyčerpaná | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30 ≥ 85 % |
| Zvolená veľkosť | Illumina SE50 | 10-20 miliónov čítaní |
Vzorové požiadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množstvo (μg) | Čistota | bezúhonnosť |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli. | Rastliny: RIN≥6,5 Zviera: RIN ≥ 7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; obmedzená alebo žiadna základná elevácia |
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba:
2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
1. Suchý ľad: Vzorky je potrebné zabaliť do vriec a pochovať v suchom ľade.
2. Skúmavky RNAstable: Vzorky RNA možno vysušiť v skúmavke na stabilizáciu RNA (napr. RNAstable®) a odoslať pri izbovej teplote.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia RNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
Bioinformatika
Prehľad expresie RNA
Rozdielne exprimované gény
analýza ceRNA
Diferenciálne exprimované miRNA a príbuzné RNA
Preskúmajte pokroky vo výskume, ktoré umožňujú služby sekvenovania celého transkriptómu BMKGene prostredníctvom kurátorskej zbierky publikácií.
Dai, Y. a kol.(2022) 'Komplexné profily expresie mRNA, lncRNA a miRNA pri Kashin-Beckovej chorobe identifikovanej pomocou sekvenovania RNA', Molecular Omics, 18 (2), str. 154-166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan a kol.(2022) „Analýza úplných transkriptomov odolnosti proti chladu Apis cerana v pohorí Changbai počas obdobia prezimovania.“, Gene, 830, str. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ a kol.(2022) „Uprednostňovanie konkurenčných endogénnych regulačných sietí endogénnej RNA pri malobunkovom karcinóme pľúc na základe integrácie multiomiksov: Molekulárne charakteristiky a kandidáti na lieky“, Frontiers in Oncology, 12, s.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. a kol.(2022) „Integrovaná analýza profilov expresie lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA odhaľuje nové poznatky o potenciálnych mechanizmoch v reakcii na koreňové háďatká v arašidoch“, BMC Genomics, 23 (1), s. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. a kol.(2022) „Sekvenovanie celotranskriptómovej RNA zvýrazňuje molekulárne mechanizmy spojené s udržiavaním kvality po zbere brokolice pomocou ožiarenia červenou LED“, Postharvest Biology and Technology, 188, s.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
