Malé RNA sú typom krátkej nekódujúcej RNA s priemernou dĺžkou 18-30 nt, vrátane miRNA, siRNA a piRNA.Uvádza sa, že tieto malé RNA sa masívne podieľajú na rôznych biologických procesoch, ako je degradácia mRNA, inhibícia translácie, tvorba heterochromatínu atď. Analýza sekvenovania malých RNA sa široko používa v štúdiách vývoja zvierat/rastlín, chorôb, vírusov atď. Malá RNA platforma sekvenčnej analýzy pozostáva zo štandardnej analýzy a pokročilého dolovania údajov.Na základe údajov RNA-seq môže štandardná analýza dosiahnuť identifikáciu a predikciu miRNA, predikciu cieľového génu miRNA, anotáciu a analýzu expresie.Pokročilá analýza umožňuje prispôsobené vyhľadávanie a extrakciu miRNA, generovanie Vennovho diagramu, vytváranie miRNA a cieľových génových sietí.