-
BSA
Platforma hromadnej segregačnej analýzy pozostáva z jednostupňovej štandardnej analýzy a pokročilej analýzy s prispôsobeným nastavením parametrov.BSA je technika používaná na rýchlu identifikáciu genetických markerov spojených s fenotypom.Hlavný pracovný postup BSA obsahuje: 1. výber dvoch skupín jedincov s extrémne protichodnými fenotypmi;2. spojenie DNA, RNA alebo SLAF-seq (vyvinuté Biomarkerom) všetkých jedincov za vzniku dvoch objemov DNA;3. identifikácia diferenciálnych sekvencií oproti referenčnému genómu alebo medzi nimi, 4. predikcia kandidátskych spojených oblastí pomocou ED a SNP-indexového algoritmu;5. Funkčná analýza a obohatenie génov v kandidátskych oblastiach atď. K dispozícii je aj pokročilejšia ťažba údajov vrátane skríningu genetických markerov a návrhu primérov.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinutá s dlhoročnými skúsenosťami v oblasti projektovej analýzy mikrobiálnej diverzity, ktorá obsahuje štandardizovanú základnú analýzu a personalizovanú analýzu: základná analýza pokrýva hlavný prúd analýzy súčasného mikrobiálneho výskumu, obsah analýzy je bohatý a komplexný, a výsledky analýz sú prezentované vo forme projektových správ;Obsah personalizovanej analýzy je rôznorodý.Vzorky je možné vybrať a parametre flexibilne nastaviť podľa správy o základnej analýze a účelu výskumu, aby sa realizovali personalizované požiadavky.Operačný systém Windows, jednoduchý a rýchly.
-
Evolučná genetika
Evolučná genetika je komplexná sekvenčná služba určená na poskytovanie komplexnej interpretácie evolučných informácií daných materiálov na základe genetických variácií, vrátane SNP, InDels, SV a CNV.Poskytuje všetky základné analýzy potrebné na popis evolučných zmien a genetických vlastností populácií, ako je štruktúra populácie, genetická diverzita, fylogenézne vzťahy atď. Obsahuje tiež štúdie o toku génov, čo umožňuje odhad efektívnej veľkosti populácie, čas divergencie.
-
Porovnávacia genomika
Porovnávacia genomika doslova znamená porovnávanie kompletných genómových sekvencií a štruktúr rôznych druhov.Táto disciplína sa zameriava na odhalenie evolúcie druhov, génovej funkcie, génového regulačného mechanizmu na úrovni genómu identifikáciou sekvenčných štruktúr a prvkov, ktoré sa zachovali alebo diferencovali naprieč rôznymi druhmi.Typická komparatívna genomická štúdia zahŕňa analýzy v génovej rodine, evolučnom vývoji, duplikácii celého genómu, selektívnom tlaku atď.
-
Evolučná genetika
Platforma populačnej a evolučnej genetickej analýzy je založená na rozsiahlych skúsenostiach nazbieraných v rámci R&D tímu BMK už roky.Je to užívateľsky prívetivý nástroj najmä pre výskumníkov, ktorí sa nevenujú bioinformatike.Táto platforma umožňuje základnú analýzu súvisiacu s evolučnou genetikou vrátane konštrukcie fylogenetického stromu, analýzy nerovnováhy väzieb, hodnotenia genetickej diverzity, selektívnej analýzy, analýzy príbuzenstva, PCA, analýzy štruktúry populácie atď.
-
Genome Assembly na báze Hi-C
Hi-C je metóda navrhnutá na zachytenie konfigurácie chromozómov kombináciou sondovania interakcií založených na blízkosti a vysoko výkonného sekvenovania.Predpokladá sa, že intenzita týchto interakcií negatívne koreluje s fyzickou vzdialenosťou na chromozómoch.Údaje Hi-C by preto mohli viesť zhlukovanie, usporiadanie a orientáciu zostavených sekvencií v návrhu genómu a ich ukotvenie na určitý počet chromozómov.Táto technológia umožňuje zostavenie genómu na úrovni chromozómov pri absencii genetickej mapy založenej na populácii.Každý jeden genóm potrebuje Hi-C.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq / DNBSEQ
-
Rastlinné/zvieracie De Novo genómové sekvenovanie
De Novosekvenovanie sa týka konštrukcie celého genómu druhu pomocou sekvenčných technológií, napr. PacBio, Nanopore, NGS, atď., v neprítomnosti referenčného genómu.Pozoruhodné zlepšenie dĺžky čítania sekvenčných technológií tretej generácie prinieslo nové príležitosti v zostavovaní komplexných genómov, ako sú genómy s vysokou heterozygotnosťou, vysokým pomerom repetitívnych oblastí, polyploidov atď. rozlíšenie opakujúcich sa prvkov, oblastí s abnormálnym obsahom GC a iných vysoko komplexných oblastí.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie celého ľudského exómu
Celé sekvenovanie exómu (WES) sa považuje za nákladovo efektívnu sekvenčnú stratégiu na identifikáciu mutácií spôsobujúcich ochorenie.Hoci exóny zaberajú iba približne 1,7 % celého genómu, predstavuje to priamo profil celkových proteínových funkcií.V ľudskom genóme sa uvádza, že viac ako 85 % mutácií súvisiacich s ochorením sa vyskytuje v oblasti kódujúcej proteín.
BMKGENE ponúka komplexné a flexibilné služby sekvenovania celého ľudského exómu s rôznymi dostupnými stratégiami zachytávania exónu na splnenie rôznych výskumných cieľov.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie zosilneného fragmentu špecifického lokusu (SLAF-Seq)
Vysokovýkonné genotypovanie, najmä na veľkej populácii, je základným krokom v genetických asociačných štúdiách, ktoré poskytujú genetický základ pre objavenie funkčných génov, evolučnú analýzu atď. ) sa zavádza s cieľom minimalizovať náklady na sekvenovanie na vzorku pri zachovaní primeranej účinnosti pri objavovaní genetických markerov.To sa bežne dosahuje extrakciou reštrikčného fragmentu v rámci daného rozsahu veľkostí, ktorý sa nazýva knižnica redukovanej reprezentácie (RRL).Sekvenovanie fragmentov so špecifickým lokusom (SLAF-Seq) je samostatne vyvinutá stratégia pre genotypizáciu SNP s alebo bez referenčného genómu.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq -
Illumina a BGI
Sekvenčná technológia Illumina, založená na Sequencing by Synthesis (SBS), je celosvetovo prijatou inováciou NGS, ktorá je zodpovedná za generovanie viac ako 90 % celosvetových sekvenčných údajov.Princíp SBS zahŕňa zobrazovanie fluorescenčne značených reverzibilných terminátorov, keď sa každý dNTP pridáva a následne štiepi, aby sa umožnila inkorporácia ďalšej bázy.So všetkými štyrmi reverzibilnými terminátormi viazanými dNTP prítomnými v každom sekvenčnom cykle prirodzená konkurencia minimalizuje skreslenie inkorporácie.Táto všestranná technológia podporuje knižnice s jedným čítaním aj s párovanými koncami, čím sa stará o celý rad genomických aplikácií.Vysoko výkonné schopnosti a presnosť sekvenovania Illumina ho stavajú ako základný kameň vo výskume genomiky, čo vedcom umožňuje odhaliť zložitosť genómov s bezkonkurenčnými detailmi a účinnosťou.
DNBSEQ, vyvinutý spoločnosťou BGI, je ďalšou inovatívnou technológiou NGS, ktorej sa podarilo ďalej znížiť náklady na sekvenovanie a zvýšiť priepustnosť.Príprava knižníc DNBSEQ zahŕňa fragmentáciu DNA, prípravu ssDNA a amplifikáciu pomocou rotujúceho kruhu na získanie nanoguľôčok DNA (DNB).Tie sa potom nanesú na pevný povrch a následne sa sekvenujú kombinatorickou syntézou sondy a kotvy (cPAS).
Naša vopred pripravená služba sekvenovania knižníc uľahčuje zákazníkom prípravu ich sekvenčných knižníc z rôznych zdrojov (okrem iného mRNA, celý genóm, amplikón).Následne môžu byť tieto knižnice odoslané do našich sekvenčných centier na kontrolu kvality a sekvenovanie na platformách Illumina alebo BGI.
