-
Chromatínové imunoprecipitačné sekvenovanie (ChIP-seq)
ChIP-Seq poskytuje profilovanie DNA cieľov v celom genóme pre modifikáciu histónov, transkripčné faktory a ďalšie proteíny spojené s DNA.Kombinuje selektivitu chromatínovej imunoprecipitácie (ChIP) na získanie špecifických komplexov proteín-DNA so silou sekvenovania novej generácie (NGS) pre vysokovýkonné sekvenovanie získanej DNA.Okrem toho, pretože komplexy proteín-DNA sa získavajú zo živých buniek, väzbové miesta možno porovnávať v rôznych typoch buniek a tkanív alebo za rôznych podmienok.Aplikácie siahajú od regulácie transkripcie cez vývojové dráhy až po mechanizmy ochorenia a ďalej.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomické sekvenovanie -NGS
Metagenóm označuje súbor celkového genetického materiálu zmiešaného spoločenstva organizmov, ako je environmentálny metagenóm, ľudský metagenóm atď. Obsahuje genómy kultivovateľných aj nekultivovateľných mikroorganizmov.Metagenomické sekvenovanie je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi.
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomické sekvenovanie – nanopór
Metagenomika je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi atď. na metagenomické štúdie.Jeho vynikajúci výkon v dĺžke čítania do značnej miery zlepšil následnú metagenomickú analýzu, najmä zostavenie metagenómu.Využitím výhod dĺžky čítania je metagenomická štúdia založená na Nanopore schopná dosiahnuť kontinuálnejšie zostavovanie v porovnaní s metagenomikou brokovnicou.Bolo publikované, že metagenomika založená na Nanopore úspešne generovala kompletné a uzavreté bakteriálne genómy z mikrobiómov (Moss, EL, et. al,Príroda Biotech, 2020)
Plošina:Nanopore PromethION P48
-
Bisulfitové sekvenovanie celého genómu
Metylácia DNA na piatej pozícii v cytozíne (5-mC) má zásadný vplyv na génovú expresiu a bunkovú aktivitu.Abnormálne metylačné vzorce boli spojené s niekoľkými stavmi a chorobami, ako je rakovina.WGBS sa stal zlatým štandardom pre štúdium metylácie v celom genóme pri rozlíšení jednej bázy.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Test na chromatín prístupný transpozázou s vysokovýkonným sekvenovaním (ATAC-seq)
ATAC-seq je vysokovýkonná sekvenčná metóda na analýzu dostupnosti chromatínu v celom genóme, ktorá je dôležitá pre globálnu epigenetickú kontrolu génovej expresie.Sekvenčné adaptéry sú vložené do otvorených chromatínových oblastí hyperaktívnou Tn5 transpozázou.Po PCR amplifikácii sa vytvorí sekvenačná knižnica.Všetky otvorené chromatínové oblasti možno získať za špecifických časopriestorových podmienok, nielen obmedzených na väzbové miesta transkripčného faktora alebo určitú histónom modifikovanú oblasť.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjednotka na 16S a 18S rRNA obsahujúca vysoko konzervované aj hypervariabilné oblasti je dokonalým molekulárnym odtlačkom na identifikáciu prokaryotických a eukaryotických organizmov.Využitím výhody sekvenovania možno tieto amplikóny zacieliť na základe konzervovaných častí a hypervariabilné oblasti možno plne charakterizovať pre mikrobiálnu identifikáciu, čo prispieva k štúdiám zahŕňajúcim analýzu mikrobiálnej diverzity, taxonómiu, fylogenézu atď. Jedna molekula v reálnom čase (SMRT ) sekvenovanie platformy PacBio umožňuje získať vysoko presné dlhé čítania, ktoré by mohli pokryť amplikóny plnej dĺžky (cca 1,5 Kb).Rozšírený pohľad na genetické pole výrazne zvýšil rozlíšenie v anotácii druhov v komunite baktérií alebo húb.
Plošina:Pokračovanie PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie-NGS
Sekvenovanie amplikónov 16S/18S/ITS sa zameriava na odhalenie fylogenézy, taxonómie a množstva druhov v mikrobiálnej komunite skúmaním produktov PCR domácich genetických markerov, ktoré obsahujú vysoko konverzné aj hypervariabilné časti.Zavedenie týchto dokonalých molekulárnych odtlačkov Woesesom a kol., (1977) umožňuje profilovanie mikrobiómov bez izolácie.Sekvenovanie 16S (baktérie), 18S (huby) a interného transkribovaného spaceru (ITS, huby) umožňuje identifikáciu tak hojných druhov, ako aj vzácnych a neidentifikovaných druhov.Táto technológia sa stala široko používaným a hlavným nástrojom pri identifikácii rozdielneho mikrobiálneho zloženia v rôznych prostrediach, ako sú ľudské ústa, črevá, výkaly atď.
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Resekvenovanie celého genómu baktérií a húb
Resekvenovanie celého genómu baktérií a húb je kritickým nástrojom na dokončenie genómov známych baktérií a húb, ako aj na porovnanie viacerých genómov alebo na mapovanie genómov nových organizmov.Je veľmi dôležité sekvenovať celé genómy baktérií a húb, aby sa vytvorili presné referenčné genómy, aby sa vykonala mikrobiálna identifikácia a iné porovnávacie štúdie genómu.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinutá s dlhoročnými skúsenosťami v oblasti projektovej analýzy mikrobiálnej diverzity, ktorá obsahuje štandardizovanú základnú analýzu a personalizovanú analýzu: základná analýza pokrýva hlavný prúd analýzy súčasného mikrobiálneho výskumu, obsah analýzy je bohatý a komplexný, a výsledky analýz sú prezentované vo forme projektových správ;Obsah personalizovanej analýzy je rôznorodý.Vzorky je možné vybrať a parametre flexibilne nastaviť podľa správy o základnej analýze a účelu výskumu, aby sa realizovali personalizované požiadavky.Operačný systém Windows, jednoduchý a rýchly.
-
PacBio-Full-length Transscriptome (Nereferenčný)
Táto aplikácia, ktorá berie ako vstup údaje o sekvenovaní izoformy Pacific Biosciences (PacBio) ako vstup, dokáže identifikovať sekvencie transkriptov v plnej dĺžke (bez zostavovania).Mapovaním sekvencií plnej dĺžky oproti referenčnému genómu je možné optimalizovať transkripty pomocou známych génov, transkriptov, kódujúcich oblastí atď. V tomto prípade je možné dosiahnuť presnejšiu identifikáciu štruktúr mRNA, ako je napríklad alternatívne zostrihy atď.Spoločná analýza s údajmi o sekvenovaní transkriptómu NGS umožňuje komplexnejšiu anotáciu a presnejšiu kvantifikáciu v expresii na úrovni transkriptu, čo do značnej miery prospieva diferenciálnej expresii a funkčnej analýze.
-
Redukované zastúpenie bisulfitového sekvenovania (RRBS)
Výskum metylácie DNA bol vždy horúcou témou vo výskume chorôb a úzko súvisí s génovou expresiou a fenotypickými znakmi.RRBS je presná, efektívna a ekonomická metóda pre výskum metylácie DNA.Obohatenie oblastí promótora a CpG ostrovčekov enzymatickým štiepením (Msp I), v kombinácii s bisulfitovým sekvenovaním, poskytuje detekciu metylácie DNA s vysokým rozlíšením.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie prokaryotických mRNA
Sekvenovanie mRNA umožňuje komplexné profilovanie všetkých transkriptov mRNA v bunkách za špecifických podmienok.Táto špičková technológia slúži ako účinný nástroj, ktorý odhaľuje zložité profily génovej expresie, génové štruktúry a molekulárne mechanizmy spojené s rôznymi biologickými procesmi.Sekvenovanie mRNA, ktoré je široko prijaté v základnom výskume, klinickej diagnostike a vývoji liekov, ponúka pohľad na zložitosť bunkovej dynamiky a genetickej regulácie.Naše spracovanie vzoriek prokaryotickej mRNA je prispôsobené pre prokaryotické transkriptómy, vrátane deplécie rRNA a prípravy smerovej knižnice.
Platforma: Illumina NovaSeq X
