-
Jednojadrové sekvenovanie RNA
Pokrok v zachytávaní jednotlivých buniek a technike konštrukcie jednotlivých knižníc v kombinácii s vysokovýkonným sekvenovaním umožňuje štúdie génovej expresie na báze bunky po bunke.Umožňuje hlbšiu a kompletnú systémovú analýzu komplexných bunkových populácií, v ktorej sa do značnej miery vyhýba maskovaniu ich heterogenity priemerovaním všetkých buniek.
Niektoré bunky však nie sú vhodné na výrobu jednobunkovej suspenzie, preto sú potrebné iné metódy prípravy vzoriek – extrakcia jadra z tkanív, to znamená, že jadro sa priamo extrahuje z tkanív alebo bunky a pripraví sa na suspenziu s jedným jadrom pre jednobunkové sekvenovanie buniek.
BMK poskytuje službu sekvenovania jednobunkovej RNA na báze 10× Genomics ChromiumTM.Táto služba bola široko používaná v štúdiách štúdií súvisiacich s chorobami, ako je diferenciácia imunitných buniek, heterogenita nádorov, vývoj tkaniva atď.
Priestorový transkriptómový čip: 10× Genomics
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie celého genómu rastlín/zvierat
Resekvenovanie celého genómu, tiež známe ako WGS, umožňuje odhaliť bežné aj zriedkavé mutácie na celom genóme vrátane jednonukleotidového polymorfizmu (SNP), inzerčnej delécie (InDel), variácie štruktúry (SV) a variácie počtu kópií (CNV). ).SV tvoria väčšiu časť variačnej bázy ako SNP a majú väčší vplyv na genóm, čo má významný vplyv na živé organizmy.Resekvenovanie s dlhým čítaním umožňuje presnejšiu identifikáciu veľkých fragmentov a komplikovaných variácií, pretože dlhé čítania značne uľahčujú kríženie chromozómov cez komplikované oblasti, ako sú tandemové opakovania, oblasti bohaté na GC/AT a hypervariabilné oblasti.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Priestorový prepis BMKMANU S1000
Priestorová transkriptomika stojí v popredí vedeckých inovácií a umožňuje výskumníkom ponoriť sa do zložitých vzorcov génovej expresie v tkanivách pri zachovaní ich priestorového kontextu.Uprostred rôznych platforiem spoločnosť BMKGene vyvinula čip BMKManu S1000 Spatial Transscriptome Chip, ktorý sa môže pochváliťvylepšené rozlíšenie5 uM, dosahujúci subcelulárny rozsah a umožňujúciviacúrovňové nastavenia rozlíšenia.Čip S1000 s približne 2 miliónmi škvŕn využíva mikrojamky navrstvené guľôčkami naplnenými priestorovými zachytávacími sondami s čiarovým kódom.Z čipu S1000 je pripravená knižnica cDNA obohatená o priestorové čiarové kódy a následne sekvenovaná na platforme Illumina NovaSeq.Kombinácia priestorovo kódovaných vzoriek a UMI zaisťuje presnosť a špecifickosť generovaných údajov.Jedinečná vlastnosť čipu BMKManu S1000 spočíva v jeho všestrannosti, ktorá ponúka viacúrovňové nastavenia rozlíšenia, ktoré možno jemne vyladiť pre rôzne tkanivá a úrovne detailov.Táto prispôsobivosť predstavuje čip ako vynikajúcu voľbu pre rôzne štúdie priestorovej transkriptomiky, čím sa zabezpečuje presné priestorové zoskupovanie s minimálnym šumom.
Pomocou čipu BMKManu S1000 a ďalších technológií priestorovej transkriptomiky môžu výskumníci lepšie porozumieť priestorovej organizácii buniek a zložitým molekulárnym interakciám, ktoré sa vyskytujú v tkanivách, a poskytnúť neoceniteľný pohľad na mechanizmy, ktoré sú základom biologických procesov v širokom spektre oblastí vrátane onkológia, neuroveda, vývojová biológia, imunológia a botanické štúdie.
Platforma: čip BMKManu S1000 a Illumina NovaSeq
-
10x priestorový transkriptóm Genomics Visium
Priestorová transkriptomika je špičková technológia, ktorá umožňuje výskumníkom skúmať vzory génovej expresie v tkanivách pri zachovaní ich priestorového kontextu.Jedna výkonná platforma v tejto doméne je 10x Genomics Visium spojená so sekvenovaním Illumina.Princíp 10X Visium spočíva na špecializovanom čipe s určenou záchytnou oblasťou, kde sa umiestňujú tkanivové rezy.Táto oblasť zachytávania obsahuje body s čiarovým kódom, z ktorých každý zodpovedá jedinečnému priestorovému umiestneniu v tkanive.Zachytené molekuly RNA z tkaniva sú potom počas procesu reverznej transkripcie označené jedinečnými molekulárnymi identifikátormi (UMI).Tieto čiarové kódy a UMI umožňujú presné priestorové mapovanie a kvantifikáciu génovej expresie v jednobunkovom rozlíšení.Kombinácia priestorovo kódovaných vzoriek a UMI zaisťuje presnosť a špecifickosť generovaných údajov.Pomocou tejto technológie priestorovej transkriptomiky môžu výskumníci získať hlbšie pochopenie priestorovej organizácie buniek a zložitých molekulárnych interakcií vyskytujúcich sa v tkanivách, čo ponúka neoceniteľný pohľad na mechanizmy, ktoré sú základom biologických procesov vo viacerých oblastiach, vrátane onkológie, neurovedy, vývojovej biológie, imunológie. a botanické štúdie.
Platforma: 10X Genomics Visium a Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie mRNA s plnou dĺžkou - nanopór
Zatiaľ čo sekvenovanie mRNA na báze NGS slúži ako všestranný nástroj na kvantifikáciu génovej expresie, jeho spoliehanie sa na krátke čítania obmedzuje jeho účinnosť v komplexných transkriptomických analýzach.Nanopore sekvenovanie na druhej strane využíva technológiu dlhého čítania, ktorá umožňuje sekvenovanie mRNA transkriptov s plnou dĺžkou.Tento prístup uľahčuje komplexný prieskum alternatívneho zostrihu, génových fúzií, polyadenylácie a kvantifikácie izoforiem mRNA.
Sekvenovanie nanopórov sa spolieha na elektrické signály s jednou molekulou nanopórov v reálnom čase.Dvojvláknová DNA, vedená motorickými proteínmi, sa viaže na nanopórové proteíny vložené do biofilmu a odvíja sa, keď prechádza cez nanopórový kanál pod rozdielom napätia.Charakteristické elektrické signály generované rôznymi bázami na reťazci DNA sa detegujú a klasifikujú v reálnom čase, čo uľahčuje presné a nepretržité sekvenovanie nukleotidov.Tento inovatívny prístup prekonáva obmedzenia krátkeho čítania a poskytuje dynamickú platformu pre zložitú genómovú analýzu, vrátane komplexných transkriptomických štúdií.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekvenovanie mRNA plnej dĺžky - PacBio
Zatiaľ čo sekvenovanie mRNA na báze NGS je všestranným nástrojom na kvantifikáciu génovej expresie, jeho spoliehanie sa na krátke čítania obmedzuje jeho použitie v komplexných transkriptomických analýzach.Na druhej strane sekvenovanie PacBio (Iso-Seq) využíva technológiu dlhého čítania, ktorá umožňuje sekvenovanie transkriptov mRNA s plnou dĺžkou.Tento prístup uľahčuje komplexné skúmanie alternatívneho zostrihu, génových fúzií a polyadenylácie, hoci to nie je primárna voľba na kvantifikáciu génovej expresie kvôli vysokému množstvu požadovaných údajov.
Technológia sekvenovania PacBio sa spolieha na sekvenovanie jednej molekuly v reálnom čase (SMRT), čo poskytuje výraznú výhodu pri zachytávaní transkriptov mRNA v plnej dĺžke.Tento inovatívny prístup zahŕňa použitie vlnovodov s nulovým režimom (ZMW), mikrovyrobených jamiek, ktoré umožňujú pozorovanie aktivity DNA polymerázy počas sekvenovania v reálnom čase.V rámci týchto ZMW syntetizuje DNA polymeráza PacBio komplementárny reťazec DNA, čím generuje dlhé čítania, ktoré pokrývajú celé mRNA transkripty.Prevádzka PacBio v režime sekvenovania Circular Consensus (CCS) zvyšuje presnosť opakovaným sekvenovaním rovnakej molekuly.Vygenerované hodnoty HiFi majú presnosť porovnateľnú s NGS, čo ďalej prispieva ku komplexnej a spoľahlivej analýze komplexných transkriptomických funkcií.Platforma: PacBio Sequel II
-
Sekvenovanie eukaryotickej mRNA - Illumina
Sekvenovanie mRNA umožňuje komplexné profilovanie všetkých transkriptov mRNA v bunkách za špecifických podmienok.Táto špičková technológia slúži ako účinný nástroj, ktorý odhaľuje zložité profily génovej expresie, génové štruktúry a molekulárne mechanizmy spojené s rôznymi biologickými procesmi.Sekvenovanie mRNA, ktoré je široko prijaté v základnom výskume, klinickej diagnostike a vývoji liekov, ponúka pohľad na zložitosť bunkovej dynamiky a genetickej regulácie.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Nereferenčné sekvenovanie mRNA-Illumina
Sekvenovanie mRNA umožňuje komplexné profilovanie všetkých transkriptov mRNA v bunkách za špecifických podmienok.Táto špičková technológia slúži ako účinný nástroj, ktorý odhaľuje zložité profily génovej expresie, génové štruktúry a molekulárne mechanizmy spojené s rôznymi biologickými procesmi.Sekvenovanie mRNA, ktoré je široko prijaté v základnom výskume, klinickej diagnostike a vývoji liekov, ponúka pohľad na zložitosť bunkovej dynamiky a genetickej regulácie.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Dlhé nekódujúce sekvenovanie - Illumina
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú RNA dlhšie ako 200 nukleotidov, ktoré majú minimálny kódovací potenciál a sú kľúčovými prvkami v nekódujúcej RNA.Tieto RNA, ktoré sa nachádzajú v jadre a cytoplazme, hrajú rozhodujúcu úlohu v epigenetickej, transkripčnej a post-transkripčnej regulácii, čo podčiarkuje ich význam pri formovaní bunkových a molekulárnych procesov.Sekvenovanie LncRNA je výkonný nástroj v diferenciácii buniek, ontogenéze a ľudských chorobách.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Malé sekvenovanie RNA-Illumina
Malé molekuly RNA (sRNA), zvyčajne s dĺžkou menej ako 200 nukleotidov, zahŕňajú mikroRNA (miRNA), malé interferujúce RNA (siRNA) a RNA interagujúce s piwi (piRNA).Spomedzi nich sú miRNA, dlhé približne 20-24 nukleotidov, obzvlášť pozoruhodné pre ich kľúčové regulačné úlohy v rôznych bunkových procesoch.S tkanivovo špecifickými a fázovo špecifickými expresnými vzormi vykazujú miRNA vysokú ochranu naprieč rôznymi druhmi.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
sekvenovanie circRNA-Illumina
Sekvenovanie cirkulárnej RNA (circRNA-seq) je profilovať a analyzovať kruhové RNA, triedu molekúl RNA, ktoré tvoria uzavreté slučky v dôsledku nekanonických zostrihových udalostí, čo týmto RNA poskytuje zvýšenú stabilitu.Zatiaľ čo sa ukázalo, že niektoré circRNA pôsobia ako mikroRNA huby, sekvestrujú mikroRNA a bránia im v regulácii ich cieľových mRNA, iné circRNA môžu interagovať s proteínmi, modulovať génovú expresiu alebo zohrávať úlohu v bunkových procesoch.Analýza expresie circRNA poskytuje pohľad na regulačné úlohy týchto molekúl a ich význam v rôznych bunkových procesoch, vývojových štádiách a chorobných stavoch, čo prispieva k hlbšiemu pochopeniu zložitosti regulácie RNA v kontexte génovej expresie.
-
Sekvenovanie celého transkriptómu – Illumina
Sekvenovanie celého transkriptómu ponúka komplexný prístup k profilovaniu rôznych molekúl RNA, ktorý zahŕňa kódujúce (mRNA) aj nekódujúce RNA (lncRNA, circRNA a miRNA).Táto technika zachytáva úplný transkriptóm špecifických buniek v danom momente, čo umožňuje holistické pochopenie bunkových procesov.Tiež známy ako „celkové sekvenovanie RNA“ je zameraný na odhalenie zložitých regulačných sietí na úrovni transkriptómu, čo umožňuje hĺbkovú analýzu, ako je napríklad konkurenčná endogénna RNA (ceRNA) a spoločná analýza RNA.Toto predstavuje počiatočný krok smerom k funkčnej charakterizácii, najmä pri odhaľovaní regulačných sietí zahŕňajúcich interakcie ceRNA na báze circRNA-miRNA-mRNA.
