-
Metagenomické sekvenovanie -NGS
Metagenóm označuje súbor celkového genetického materiálu zmiešaného spoločenstva organizmov, ako je environmentálny metagenóm, ľudský metagenóm atď. Obsahuje genómy kultivovateľných aj nekultivovateľných mikroorganizmov.Metagenomické sekvenovanie je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi.
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Metagenomické sekvenovanie – nanopór
Metagenomika je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi atď. na metagenomické štúdie.Jeho vynikajúci výkon v dĺžke čítania do značnej miery zlepšil následnú metagenomickú analýzu, najmä zostavenie metagenómu.Využitím výhod dĺžky čítania je metagenomická štúdia založená na Nanopore schopná dosiahnuť kontinuálnejšie zostavovanie v porovnaní s metagenomikou brokovnicou.Bolo publikované, že metagenomika založená na Nanopore úspešne generovala kompletné a uzavreté bakteriálne genómy z mikrobiómov (Moss, EL, et. al,Príroda Biotech, 2020)
Plošina:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjednotka na 16S a 18S rRNA obsahujúca vysoko konzervované aj hypervariabilné oblasti je dokonalým molekulárnym odtlačkom na identifikáciu prokaryotických a eukaryotických organizmov.Využitím výhody sekvenovania možno tieto amplikóny zacieliť na základe konzervovaných častí a hypervariabilné oblasti možno plne charakterizovať pre mikrobiálnu identifikáciu, čo prispieva k štúdiám zahŕňajúcim analýzu mikrobiálnej diverzity, taxonómiu, fylogenézu atď. Jedna molekula v reálnom čase (SMRT ) sekvenovanie platformy PacBio umožňuje získať vysoko presné dlhé čítania, ktoré by mohli pokryť amplikóny plnej dĺžky (cca 1,5 Kb).Rozšírený pohľad na genetické pole výrazne zvýšil rozlíšenie v anotácii druhov v komunite baktérií alebo húb.
Plošina:Pokračovanie PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie-NGS
Sekvenovanie amplikónov 16S/18S/ITS sa zameriava na odhalenie fylogenézy, taxonómie a množstva druhov v mikrobiálnej komunite skúmaním produktov PCR domácich genetických markerov, ktoré obsahujú vysoko konverzné aj hypervariabilné časti.Zavedenie týchto dokonalých molekulárnych odtlačkov Woesesom a kol., (1977) umožňuje profilovanie mikrobiómov bez izolácie.Sekvenovanie 16S (baktérie), 18S (huby) a interného transkribovaného spaceru (ITS, huby) umožňuje identifikáciu tak hojných druhov, ako aj vzácnych a neidentifikovaných druhov.Táto technológia sa stala široko používaným a hlavným nástrojom pri identifikácii rozdielneho mikrobiálneho zloženia v rôznych prostrediach, ako sú ľudské ústa, črevá, výkaly atď.
Plošina:Platforma Illumina NovaSeq
-
Resekvenovanie celého genómu baktérií a húb
Resekvenovanie celého genómu baktérií a húb je kritickým nástrojom na dokončenie genómov známych baktérií a húb, ako aj na porovnanie viacerých genómov alebo na mapovanie genómov nových organizmov.Je veľmi dôležité sekvenovať celé genómy baktérií a húb, aby sa vytvorili presné referenčné genómy, aby sa vykonala mikrobiálna identifikácia a iné porovnávacie štúdie genómu.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenovanie metatranskriptómov
Metatranskriptómové sekvenovanie identifikuje génovú expresiu mikróbov (eukaryotov aj prokaryotov) v prirodzenom prostredí (tj pôda, voda, more, výkaly a črevá). Konkrétne vám táto služba umožňuje získať profilovanie celej génovej expresie komplexných mikrobiálnych spoločenstiev, taxonomickú analýzu druhov, analýza funkčného obohatenia rôzne exprimovaných génov a ďalšie.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Plesňový genóm
Biomarker Technologies poskytuje prieskum genómu, jemný genóm a úplný genóm húb v závislosti od konkrétneho cieľa výskumu.Sekvenovanie genómu, zostavenie a funkčná anotácia možno dosiahnuť kombináciou sekvenovania ďalšej generácie + sekvenovania tretej generácie, aby sa dosiahlo zostavenie genómu na vysokej úrovni.Technológia Hi-C sa môže použiť aj na uľahčenie zostavovania genómu na úrovni chromozómov.
Plošina:Pokračovanie PacBio II
Nanopore PromethION P48
Platforma Illumina NovaSeq
-
Kompletný genóm baktérií
Biomarker Technologies poskytuje sekvenčnú službu pri konštrukcii kompletného genómu baktérií s nulovou medzerou.Hlavný pracovný tok kompletnej konštrukcie genómu baktérií zahŕňa sekvenovanie tretej generácie, zostavenie, funkčnú anotáciu a pokročilú bioinformatickú analýzu plniacu špecifické výskumné ciele.Komplexnejšie profilovanie genómu baktérií umožňuje odhaliť základné mechanizmy, ktoré sú základom ich biologických procesov, čo by tiež mohlo poskytnúť cennú referenciu pre genómový výskum vyšších eukaryotických druhov.
Plošina:Nanopore PromethION P48 + platforma Illumina NovaSeq
Pokračovanie PacBio II
