-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinutá s dlhoročnými skúsenosťami v oblasti projektovej analýzy mikrobiálnej diverzity, ktorá obsahuje štandardizovanú základnú analýzu a personalizovanú analýzu: základná analýza pokrýva hlavný prúd analýzy súčasného mikrobiálneho výskumu, obsah analýzy je bohatý a komplexný, a výsledky analýz sú prezentované vo forme projektových správ;Obsah personalizovanej analýzy je rôznorodý.Vzorky je možné vybrať a parametre flexibilne nastaviť podľa správy o základnej analýze a účelu výskumu, aby sa realizovali personalizované požiadavky.Operačný systém Windows, jednoduchý a rýchly.
-
PacBio-Full-length Transscriptome (Nereferenčný)
Táto aplikácia, ktorá berie ako vstup údaje o sekvenovaní izoformy Pacific Biosciences (PacBio) ako vstup, dokáže identifikovať sekvencie transkriptov v plnej dĺžke (bez zostavovania).Mapovaním sekvencií plnej dĺžky oproti referenčnému genómu je možné optimalizovať transkripty pomocou známych génov, transkriptov, kódujúcich oblastí atď. V tomto prípade je možné dosiahnuť presnejšiu identifikáciu štruktúr mRNA, ako je napríklad alternatívne zostrihy atď.Spoločná analýza s údajmi o sekvenovaní transkriptómu NGS umožňuje komplexnejšiu anotáciu a presnejšiu kvantifikáciu v expresii na úrovni transkriptu, čo do značnej miery prospieva diferenciálnej expresii a funkčnej analýze.
-
Nástroje
BMKCloud je popredná bioinformatická platforma poskytujúca komplexné riešenie pre genomické programy, ktorej veria výskumníci v rôznych oblastiach vrátane medicíny, poľnohospodárstva, životného prostredia atď. BMKCloud sa zaväzuje poskytovať integrované, spoľahlivé a efektívne služby vrátane platforiem a nástrojov bioinformatickej analýzy. , výpočtové zdroje, verejná databáza, bioinformačné online kurzy atď. BMKCloud má rôzne často používané bioinformatické nástroje vrátane génovej anotácie, evolučných genetických nástrojov, ncRNA, kontroly kvality údajov, zostavovania, zarovnávania, extrakcie údajov, mutácií, štatistiky, generátora obrázkov, sekvencie analýzy atď.
-
malá RNA
Malé RNA sú typom krátkej nekódujúcej RNA s priemernou dĺžkou 18-30 nt, vrátane miRNA, siRNA a piRNA.Uvádza sa, že tieto malé RNA sa masívne podieľajú na rôznych biologických procesoch, ako je degradácia mRNA, inhibícia translácie, tvorba heterochromatínu atď. Analýza sekvenovania malých RNA sa široko používa v štúdiách vývoja zvierat/rastlín, chorôb, vírusov atď. Malá RNA platforma sekvenčnej analýzy pozostáva zo štandardnej analýzy a pokročilého dolovania údajov.Na základe údajov RNA-seq môže štandardná analýza dosiahnuť identifikáciu a predikciu miRNA, predikciu cieľového génu miRNA, anotáciu a analýzu expresie.Pokročilá analýza umožňuje prispôsobené vyhľadávanie a extrakciu miRNA, generovanie Vennovho diagramu, vytváranie miRNA a cieľových génových sietí.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma pre analýzu resekvencovania celého genómu, ktorá je vyvinutá na základe bohatých skúseností v oblasti Biomarker Technologies.Táto jednoducho použiteľná platforma umožňuje rýchle predloženie integrovaného analytického pracovného toku jednoduchým nastavením niekoľkých základných parametrov, ktoré sa hodia pre dáta sekvenovania DNA generované z platformy Illumina a platformy BGI sekvenovania.Táto platforma je nasadená na vysokovýkonnom výpočtovom serveri, ktorý umožňuje vysoko efektívnu analýzu dát vo veľmi obmedzenom čase.Personalizované dolovanie dát je dostupné na základe štandardnej analýzy, vrátane dotazu na mutovaný gén, návrhu PCR primeru atď.
-
mRNA (referenčná)
Transkriptóm je spojenie medzi genómovou genetickou informáciou a proteómom biologickej funkcie.Regulácia na úrovni transkripcie je najdôležitejším a najviac študovaným spôsobom regulácie organizmov.Sekvenovanie transkriptómu môže sekvenovať transkriptóm v akomkoľvek bode v čase alebo za akýchkoľvek podmienok s rozlíšením presným na jeden nukleotid. Dokáže dynamicky odrážať úroveň transkripcie génu, súčasne identifikovať a kvantifikovať zriedkavé a normálne transkripty a poskytnúť štrukturálne informácie ukážte špecifické prepisy.
V súčasnosti je technológia transkriptómového sekvenovania široko používaná v agronómii, medicíne a iných oblastiach výskumu vrátane regulácie vývoja zvierat a rastlín, adaptácie prostredia, imunitnej interakcie, lokalizácie génov, genetickej evolúcie druhov a detekcie nádorov a genetických chorôb.
-
Metagenomika (NGS)
Táto analytická platforma je navrhnutá pre brokovnicovú metagenomickú analýzu dát na základe dlhoročných skúseností.Pozostáva z integrovaného pracovného toku, ktorý obsahuje rôzne bežne potrebné metagenomické analýzy vrátane spracovania údajov, štúdií na úrovni druhov, štúdií na úrovni génových funkcií, zosúlaďovania metagenómov atď. , nastavenie parametrov, generovanie personalizovaných čísel atď.
-
LncRNA
Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú typom transkriptov s dĺžkou dlhšou ako 200 nt, ktoré nie sú schopné kódovať proteíny.Kumulatívne dôkazy naznačujú, že väčšina lncRNA je veľmi pravdepodobne funkčná.Vysokovýkonné sekvenčné technológie a bioinformatické nástroje na analýzu nám umožňujú efektívnejšie odhaľovať sekvencie lncRNA a informácie o polohe a vedú nás k objavovaniu lncRNA s kľúčovými regulačnými funkciami.BMKCloud s hrdosťou poskytuje našim zákazníkom platformu sekvenčnej analýzy lncRNA na dosiahnutie rýchlej, spoľahlivej a flexibilnej analýzy lncRNA.
-
GWAS
Štúdia asociácie celého genómu (GWAS) sa zameriava na identifikáciu genetických variantov (genotyp), ktoré súvisia so špecifickými znakmi (fenotyp).Štúdie GWA skúmajú genetické markery krížiace celý genóm veľkého počtu jedincov a predpovedajú asociácie genotyp-fenotyp štatistickou analýzou na úrovni populácie.Resekvenovanie celého genómu môže potenciálne objaviť všetky genetické varianty.V spojení s fenotypovými údajmi môže byť GWAS spracovaný na identifikáciu SNP, QTL a kandidátskych génov súvisiacich s fenotypom, čo silne podporuje moderné šľachtenie zvierat / rastlín.SLAF je samovyvinutá stratégia zjednodušeného sekvenovania genómu, ktorá objavuje markery distribuované v celom genóme, SNP.Tieto SNP, ako molekulárne genetické markery, môžu byť spracované na asociačné štúdie s cielenými znakmi.Je to nákladovo efektívna stratégia pri identifikácii komplexných vlastností spojených s genetickými variáciami.
-
Nanopore Transkriptomika v plnej dĺžke
Komplexné a variabilné alternatívne izoformy v organizmoch sú dôležitými genetickými mechanizmami na reguláciu génovej expresie a proteínovej diverzity.Presná identifikácia transkriptových štruktúr je základom pre hĺbkové štúdium vzorcov regulácie génovej expresie.Platforma na sekvenovanie Nanopore úspešne priviedla transkriptomickú štúdiu na úroveň izoforiem.Táto analytická platforma je navrhnutá tak, aby analyzovala dáta RNA-Seq generované na platforme Nanopore na báze referenčného genómu, čím sa dosahujú kvalitatívne a kvantitatívne analýzy na úrovni génov aj na úrovni transkriptov.
-
circ-RNA
Kruhová RNA (circRNA) je typ nekódujúcej RNA, o ktorej sa nedávno zistilo, že hrá dôležitú úlohu v regulačných sieťach zapojených do vývoja, odolnosti voči prostrediu atď. Na rozdiel od lineárnych molekúl RNA, napr. konce circRNA sú spojené do kruhovej štruktúry, ktorá ich chráni pred štiepením exonukleázou a sú stabilnejšie ako väčšina lineárnej RNA.Zistilo sa, že CircRNA má rôzne funkcie pri regulácii génovej expresie.CircRNA môže fungovať ako ceRNA, ktorá kompetitívne viaže miRNA, známa ako miRNA huba.Platforma na analýzu sekvenovania CircRNA umožňuje analýzu štruktúry a expresie circRNA, predikciu cieľa a spoločnú analýzu s inými typmi molekúl RNA
-
BSA
Platforma hromadnej segregačnej analýzy pozostáva z jednostupňovej štandardnej analýzy a pokročilej analýzy s prispôsobeným nastavením parametrov.BSA je technika používaná na rýchlu identifikáciu genetických markerov spojených s fenotypom.Hlavný pracovný postup BSA obsahuje: 1. výber dvoch skupín jedincov s extrémne protichodnými fenotypmi;2. spojenie DNA, RNA alebo SLAF-seq (vyvinuté Biomarkerom) všetkých jedincov za vzniku dvoch objemov DNA;3. identifikácia diferenciálnych sekvencií oproti referenčnému genómu alebo medzi nimi, 4. predikcia kandidátskych spojených oblastí pomocou ED a SNP-indexového algoritmu;5. Funkčná analýza a obohatenie génov v kandidátskych oblastiach atď. K dispozícii je aj pokročilejšia ťažba údajov vrátane skríningu genetických markerov a návrhu primérov.
