Sekvenovanie celého genómu rastlín/zvierat
1. Výhody služby
Rozsiahle skúsenosti so sekvenovaním genómu pre viac ako 1000 druhov.
Viac ako 800 publikovaných prípadov s kumulatívnym faktorom vplyvu nad 4 000.
Komplexná bioinformatická analýza volania variácií a funkčná analýza.
2. Špecifikácie služby
| Plošina | Knižnica | Odporúčaná hĺbka sekv | |
| Illumina | PE 150 | Pre SNP, volanie InDel ≥ 10x Pre SV, CNY volanie ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Pre SV, CNY volanie ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Pre SNP, InDel, SV, CNY volania ≥ 10x |
3. Vzorové požiadavky
| Plošina | Konc.(ng/μL)
| Suma (ng)
| Čistota
| Agarózový gél
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Jasné hlavné pásmo so žiadnym alebo obmedzenýmdegradácia pozorovaná na géli. 2. Žiadna alebo obmedzená kontaminácia RNA alebo proteínom
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Závisí od výnosu dát 10 μg/bunka | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformačná analýza
5. Tok servisných prác
Doručenie vzorky
Extrakcia DNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Doručovanie údajov
1) Štatistika mapovania genómu
Tabuľka 1 Štatistika výsledku mapovania
Obrázok 1 Rozloženie veľkosti vložky a pokrytia čítania.
2) Variate Detection
Obrázok 2 Štatistika a anotácia SNP/INDEL/SV medzi vzorkami
Obrázok 3 Distribúcia vatiácií v rámci celého genómu
3) Funkčná anotácia variácií
| 2019 | Prírodné komunikácie | Resekvenovanie celého genómu odhaľuje pôvod Brassica napus a genetické lokusy zapojené do jeho zlepšenia |
| 2020 | PNAS | Evolučný pôvod a história domestikácie zlatej rybky (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Referenčné genómy dvoch kultivovaných druhov juty |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Genomické podpisy rastlinného a olejnatého allopolyploidu Brassicajuncea a genetické lokusy kontrolujúce akumuláciu glukozinolátov |
| 2019 | Molekulárna rastlina | Resekvenovanie celého genómu celosvetovej zbierky prírastkov repky odhaľuje genetický základ ich ekotypovej divergencie |
| 2022 | Záhradnícky výskum | Asociačná analýza celého genómu poskytuje molekulárny pohľad na prirodzenú variáciu veľkosti semien vodného melónu |
| 2021 | Časopis experimentálnej botaniky | Štúdia asociácie v celom genóme identifikuje varianty GhSAD1, ktoré bavlne poskytujú toleranciu voči chladu |
| 2021 | Časopis experimentálnej botaniky | Štúdia asociácie v celom genóme a porovnanie transkriptómov odhaľujú nové QTL a kandidátske gény, ktoré kontrolujú veľkosť okvetných lístkov v repke |
