EVOLÚCIA GÉNU
Genóm De novo
Montáž|Určenie pohlavia Celé sekvenčné práce a čiastočné bioinformatické služby poskytla spoločnosť Biomarker Technologies.
Abstraktné
“Ikonický fenotyp morských drakov zahŕňa prírastky podobné listom, bezzubé tubulárne ústa a mužské tehotenstvo zahŕňajúce inkubáciu oplodnených vajíčok na otvorenom „plochu“.De novo sme sekvenovali samčie a samičie genómy dračíka obyčajného (Phyllopteryx taeniolatus) a jeho blízko príbuzných druhov, aligátorov (Syngnathoides biaculeatus).Transkripčné profily z evolučnej novinky, listovitých príloh, ukazujú, že bol kooptovaný súbor génov typicky zapojených do vývoja plutiev, ako aj obohatenie transkriptov pre potenciálne gény na opravu tkaniva a imunitnú obranu.Zistilo sa, že mutanty zebrafish pre scpp5, ktorý sa stráca u všetkých syngnathidov, nemajú alebo majú deformované faryngálne zuby, čo podporuje hypotézu, že strata scpp5 prispela k strate zubov u syngnathidov.Bol identifikovaný domnelý lokus určujúci pohlavie kódujúci gén amhr2y špecifický pre mužov, ktorý zdieľajú obyčajní seadragon a aligátori. “
Materiály a metódy:
Materiály
Fnáš obyčajný morský drak (P. taeniolatus) a dve ryby aligátorové (S. biaculeatus) exempláre.Na sekvenovanie celého genómu sa použili dvaja jedinci seadragona obyčajného (jeden samec a jedna samica) a dvaja jedinci aligátora (jeden samec a jedna samica) a na opätovné sekvenovanie genómu sa použili dvaja ďalší jedinci samca dračieho druhu.
Stratégia sekvenovania genómu
2Na opätovné sekvenovanie genómu sa použili knižnica 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) alebo Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).
Sekvenovanie transkriptómu
Falebo boli odobraté seadry, mozog, oko, žiabre, pečeň, srdce, obličky, mezentérium, črevo, sval, plutva, koža, listom podobné prívesky, semenníky a vaječníky.
Stratégia zostavovania genómu de novo
Canu (Oprava) + WTDBG2 (Montáž) + Pilon (Poľština) + Lachesis (Hi-C).
Hlavné výsledky
Obr. 1. Kľúčové znaky dračíka obyčajného (P. taeniolatus) a aligátora (S. biaculeatus) a ich fylogenetické polohy.
Obr. 2. Morfológia a genetická výbava listovitých príveskov u rakytníka obyčajného (P. taeniolatus).
Obr. 3. Predpokladaný gén určenia pohlavia u dračíka obyčajného (P. taeniolatus) a aligátora (S. biaculeatus).
Obr. 4. Fenotypy faryngálnych zubov u homozygotných mutantov scpp5 zebričiek.
Čas odoslania: Jan-08-2022