MIKROBIÁLNY
Bakteriálna kompatibilita a imobilizácia biouhlia zlepšila degradáciu tebukonazolu, zloženie a fungovanie pôdneho mikrobiómu
Sekvenovanie 16S amplikónu plnej dĺžky |PacBio HiFi |Alfa rozmanitosť |Beta rozmanitosť
V tejto štúdii poskytla spoločnosť Biomarker Technologies úplné sekvenovanie 16S amplikónu pomocou PacBio a bioinformatickú analýzu.
Zvýraznenie
Biocharom imobilizované tebukonazol-degradujúce baktérie Alcaligenes faecalis WZ-2 boli študované z hľadiska účinnosti biodegradácie a účinkov na pôdu kontaminovanú tebukonazolom v porovnaní s voľne degradujúcim kmeňom WZ-2.
1. Biouhoľom imobilizovaný WZ-2 ukázal efektívnejšiu degradáciu v tebukonazole v porovnaní s voľným WZ-2 znížením polčasu tebukonazolu v pôde z 18,7 dňa na 13,3 dňa.
2. WZ-2 imobilizované biouhlom boli schopné obnoviť natívne pôdne mikrobiálne enzýmové aktivity, vrátane ureázy, dehydrogenázy a invertázy atď.
3. Mikrobiálny profil v pôde ošetrenej biouhoľom WZ-2 určený sekvenovaním 16S plnej dĺžky silne podporil, že tento systém by mohol obnoviť zdravie pôdy zlepšením štruktúry bakteriálnej komunity pri kontaminácii tebukonazolom.
Experiment (súvisiaci so sekvenovaním)
Zoskupenie: CK: Prírodná pôda;T: Pôda obohatená tebukonazolom;S: Tebuconazol obsahoval pôdu s voľným kmeňom WZ-2;BC: Tebuconazol obsahoval pôdu s biouhoľom;BCS: Tebuconazol obsahoval pôdu s imobilizovaným biouhoľom WZ-2.
Odber vzoriek: Celková extrakcia DNA z pôdy amplifikovaná primérmi 16S rDNA
27F (5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′) a 1492R (5′-GGTTACCTTGTTACGA),predstavujúce 16S rDNA s plnou dĺžkou
Sekvenčná platforma: PacBio RS II
Stratégia sekvenovania: CCS HIFI číta
Analýza dát:BMKCloudBioinformatická platforma robí zo zlatých rybiek vynikajúci systém genetického modelu pre fyziológiu a evolúciu rýb.
Výsledok
Štruktúra pôdneho mikrobiálneho spoločenstva bola určená sekvenovaním 16S rDNA.Hodnotili sa indexy bohatosti OTU a alfa diverzity, vrátane indexov Chao1, Ace, Shannon a Simpson, aby sa odhalila druhová diverzita v každom systéme.Po 60 dňoch inkubácie všetky indexy vykazovali podobný trend, tj tebukonazol mohol vyvolať zníženie druhovej bohatosti a rozmanitosti v pôde.Pridaním kmeňa WZ-2 sa však komunita pôdnych baktérií čiastočne obnovila z hľadiska bohatosti aj diverzity.Medzi BC, BCS a CK bol pozorovaný obmedzený rozdiel, čo naznačuje, že biouhlie a biouhlie imobilizované WZ-2 by mohli účinne obnoviť biologické zdravie pôdy.
V tejto štúdii sa použila metóda nevážených párových skupín s aritmetickými priemermi (UPGMA), aby sa ukázala beta diverzita medzi skupinami.Ako je znázornené na nasledujúcom obrázku, BC, BSC a CK zdieľali podobnejší vzorec mikrobiálneho zloženia v porovnaní so skupinou T a S, čo ďalej naznačovalo, že zavedenie biouhlia do bioremediácie pôdy kontaminovanej tebukonazolom by mohlo do značnej miery uľahčiť obnovu mikrobiálnej komunity v pôde.
Obrázok.UPGMA zhlukovanie bakteriálnej komunity na úrovni kmeňa pri rôznej liečbe
Odkaz
Sun, Tong a kol."Bakteriálna kompatibilita a imobilizácia s biouhoľom zlepšila degradáciu tebukonazolu, zloženie a fungovanie pôdneho mikrobiómu."Journal of Hazardous Materials398 (2020): 122941.
Novinky a najvýznamnejšie udalosti sa zameriava na zdieľanie najnovších úspešných prípadov s Biomarker Technologies, zachytávanie nových vedeckých úspechov, ako aj významných techník použitých počas štúdie.
Čas odoslania: Jan-08-2022