MONTÁŽ GENOMU T2T, GENOM BEZ GAP
1stDva ryžové genómy1
Názov: Zostavenie a overenie dvoch referenčných genómov bez medzier pre ryžu Xian/indica odhaľuje pohľady do architektúry rastlinnej Centroméry
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas zverejnenia: 1. januára 2021.
Inštitút: Huazhong Agricultural University, Čína
Materiály
O. sativa xian/indicaodrody ryže „Zhenshan 97 (ZS97)“ a „Minghui 63 (MH63)
Stratégia sekvenovania
Čítanie NGS + čítanie HiFi + čítanie CLR + BioNano + Hi-C
údaje:
ZS97: 8,34 Gb（~23x）HiFi čítanie + 48,39 Gb (~131x) čítanie CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 BioNano Irys bunky
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi čítania + 48,97 Gb (~132x) CLR čítania + 28 Gb (~76x) NGS + 2 BioNano Irys bunky
Obrázok 1 Dva genómy ryže bez medzier (MH63 a ZS97)
2ndBanánový genóm2
Názov: Chromozómy banánu bez medzier z teloméry na teloméru pomocou sekvenovania nanopórov
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Čas zverejnenia: 17. apríla 2021.
Inštitút: Université Paris-Saclay, Francúzsko
Materiály
Dvojitý haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Stratégia sekvenovania a údaje:
Režim HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Optická mapa (DLE-1+BspQ1)
Tabuľka 1 Porovnanie genómových zostáv Musa acuminata (DH-Pahang).
Obrázok 2 Porovnanie architektúry genómov Musa
3rdGenóm Phaeodactylum tricornutum3
Názov: Zostavenie genómu medzi telomérou a telomérouP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Čas uverejnenia: 4. máj 2021
Inštitút: Western University, Kanada
Materiály
Phaeodactylum tricornutum(Zbierka kultúr rias a prvokov CCAP 1055/1)
Stratégia sekvenovania a údaje:
1 prietoková bunka Oxford Nanopore minION + 2×75 párový stredný výkon NextSeq 550 chod
Obrázok 3 Pracovný postup pre zostavenie genómu teloméry do teloméry
4thĽudský genóm CHM134
Názov: Kompletná sekvencia ľudského genómu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Čas uverejnenia: 27. mája 2021
Inštitút: National Institutes of Health (NIH), USA
Materiály: bunková línia CHM13
Stratégia sekvenovania a údaje:
30× PacBio kruhové konsenzuálne sekvenovanie (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-long read sekvenovanie, 100× Illumina PCR-Free sekvenovanie (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optické mapy, a Strand-seq
Tabuľka 2 Porovnanie zostáv ľudského genómu GRCh38 a T2T-CHM13
Odkaz
1.Sergey Nurk a kol.Kompletná sekvencia ľudského genómu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser a kol.Chromozómy banánu bez medzier medzi telomérou a telomérou pomocou sekvenovania nanopórov.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere a kol.Zostava genómu teloméry do teloméry Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song a kol.Zostavenie a overenie dvoch referenčných genómov bez medzier pre ryžu Xian/indica odhaľuje pohľady na architektúru rastlinnej Centroméry.bioRxiv 24.12.2020 424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Čas odoslania: Jan-06-2022