Správy

Amplifikácia transponovateľných prvkov (TE) bola uznaná ako hnacia sila sprostredkujúca expanziu a evolúciu veľkosti genómu, ale dôsledky pre formovanie 3D genómovej architektúry zostávajú v rastlinách do značnej miery neznáme.Tu uvádzame zostavy genómu referenčného stupňa pre tri druhy bavlny s trojnásobnou veľkosťou genómu, a toGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) aG. raimondii(D5), s použitím Oxford Nanopore Technologies.Porovnávacie analýzy genómu dokumentujú podrobnosti amplifikácie TE špecifickej pre líniu, ktoré prispievajú k veľkým rozdielom vo veľkosti genómu (K2, 2, 44 Gb; A2, 1, 62 Gb; D5, 750, 19 Mb), a naznačujú relatívne konzervovaný obsah génov a vzťahy medzi genómami.Zistili sme, že približne 17 % syntenických génov vykazuje zmenu stavu chromatínu medzi aktívnymi („A“) a neaktívnymi („B“) kompartmentmi a amplifikácia TE bola spojená so zvýšením podielu kompartmentu A v génových oblastiach (~ 7 000 génov ) v K2 a A2 vzhľadom na D5.Medzi týmito tromi genómami bolo zachovaných iba 42 % hraníc topologicky asociujúcej domény (TAD).Naše údaje naznačujú nedávnu amplifikáciu TE po vytvorení hraníc TAD špecifických pre líniu.Táto štúdia vrhá svetlo na úlohu expanzie genómu sprostredkovanej transpozónmi pri vývoji štruktúry chromatínu vyššieho rádu v rastlinách.