Vysokovýkonné genotypovanie, najmä na veľkej populácii, je základným krokom v genetických asociačných štúdiách, ktoré poskytujú genetický základ pre objavenie funkčných génov, evolučnú analýzu atď. ) sa zavádza s cieľom minimalizovať náklady na sekvenovanie na vzorku pri zachovaní primeranej účinnosti pri objavovaní genetických markerov.To sa bežne dosahuje extrakciou reštrikčného fragmentu v rámci daného rozsahu veľkostí, ktorý sa nazýva knižnica redukovanej reprezentácie (RRL).Sekvenovanie fragmentov so špecifickým lokusom (SLAF-Seq) je samostatne vyvinutá stratégia pre de novo objavenie SNP a genotypovanie SNP veľkých populácií.
Technický pracovný postup
SLAF vs existujúce metódy RRL
Výhody SLAF
Vyššia účinnosť objavovania genetických markerov- V kombinácii s vysoko výkonnou sekvenčnou technológiou by SLAF-Seq mohol dosiahnuť stovky tisíc značiek objavených v celom genóme, aby splnili požiadavky rôznych výskumných projektov, či už s referenčným genómom alebo bez neho.
Prispôsobený a flexibilný experimentálny dizajn– Pre rôzne výskumné ciele alebo druhy sú dostupné rôzne stratégie enzymatického trávenia vrátane jednoenzýmového, dvojenzýmového a multienzýmového trávenia.Stratégia trávenia bude vopred vyhodnotená in silico, aby sa zabezpečil optimálny dizajn enzýmu.
Vysoká účinnosť pri enzymatickom trávení– Vopred navrhnuté enzymatické štiepenie poskytuje rovnomernejšie distribuované SLAF na chromozóme.Účinnosť zberu fragmentov môže dosiahnuť viac ako 95%.
Vyhnite sa opakovanej sekvencii– Percento opakujúcej sa sekvencie v údajoch SLAF-Seq je znížené na menej ako 5 %, najmä pri druhoch s vysokou úrovňou opakujúcich sa prvkov, ako je pšenica, kukurica atď.
Samostatne vyvinutý bioinformatický pracovný postup– BMK vyvinula integrovaný bioinformatický pracovný postup použiteľný pre technológiu SLAF-Seq na zabezpečenie spoľahlivosti a presnosti konečného výstupu.
Aplikácia SLAF
Mapa genetických väzieb
Konštrukcia genetickej mapy s vysokou hustotou a identifikácia lokusov kontrolujúcich črty kvetinového typu v chryzantéme (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Časopis: Horticulture Research Publikované: 2020.7
GWAS
Identifikácia kandidátskeho génu spojeného s obsahom izofavónov v semenách sóje pomocou celogenómového mapovania asociácií a väzieb
Časopis: The Plant Journal Publikované: 2020.08
Evolučná genetika
Populačná genomická analýza a de novo zostavenie odhaľujú pôvod burinovej ryže ako evolučnej hry
Časopis: Molecular Plant Publikované: 2019.5
Hromadná segregačná analýza (BSA)
GmST1, ktorý kóduje sulfotransferázu, prepožičiava odolnosť voči kmeňom vírusu sójovej mozaiky G2 a G3
Časopis: Plant, Cell&Environment Publikované: 2021.04
Odkaz
Sun X, Liu D, Zhang X a kol.SLAF-Seq: účinná metóda rozsiahleho de novo objavovania SNP a genotypovania pomocou vysoko výkonného sekvenovania[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K a spol.Konštrukcia genetickej mapy s vysokou hustotou a identifikácia lokusov kontrolujúcich znaky kvetinového typu v chryzantéme (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, a kol.Identifikácia kandidátskeho génu spojeného s obsahom izoflavónu v semenách sóje pomocou celogenómového asociácie a mapovania väzieb.Závod J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L a kol.Populačná genomická analýza a De Novo Assembly odhaľujú pôvod burinovej ryže ako evolučnej hry.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z a kol.GmST1, ktorý kóduje sulfotransferázu, dodáva rezistenciu voči kmeňom vírusu sójovej mozaiky G2 a G3.Prostredie rastlinných buniek.2021;10.1111/ks 14066
Čas odoslania: Jan-04-2022