-
Metagenomické sekvenovanie (NGS)
Metagenóm označuje súbor celkového genetického materiálu zmiešaného spoločenstva organizmov, ako je environmentálny metagenóm, ľudský metagenóm atď. Obsahuje genómy kultivovateľných aj nekultivovateľných mikroorganizmov.Metagenomické sekvenovanie je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi.
Plošina:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomické sekvenovanie – nanopór
Metagenomika je molekulárny nástroj používaný na analýzu zmiešaných genómových materiálov extrahovaných zo vzoriek životného prostredia, ktorý poskytuje podrobné informácie o druhovej diverzite a početnosti, štruktúre populácie, fylogenetickom vzťahu, funkčných génoch a korelačnej sieti s environmentálnymi faktormi atď. na metagenomické štúdie.Jeho vynikajúci výkon v dĺžke čítania do značnej miery zlepšil následnú metagenomickú analýzu, najmä zostavenie metagenómu.Využitím výhod dĺžky čítania je metagenomická štúdia založená na Nanopore schopná dosiahnuť kontinuálnejšie zostavovanie v porovnaní s metagenomikou brokovnicou.Bolo publikované, že metagenomika založená na Nanopore úspešne generovala kompletné a uzavreté bakteriálne genómy z mikrobiómov (Moss, EL, et. al,Príroda Biotech, 2020)
Plošina:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjednotka na 16S a 18S rRNA obsahujúca vysoko konzervované aj hypervariabilné oblasti je dokonalým molekulárnym odtlačkom na identifikáciu prokaryotických a eukaryotických organizmov.Využitím sekvenovania môžu byť tieto amplikóny zacielené na základe konzervovaných častí a hypervariabilné oblasti môžu byť plne charakterizované pre mikrobiálnu identifikáciu, čo prispieva k štúdiám zahŕňajúcim analýzu mikrobiálnej diverzity, taxonómiu, fylogenézu atď. Single-molecle real-time (SMRT ) sekvenovanie platformy PacBio umožňuje získať vysoko presné dlhé čítania, ktoré by mohli pokryť amplikóny plnej dĺžky (cca 1,5 Kb).Rozšírený pohľad na genetické pole výrazne zvýšil rozlíšenie v anotácii druhov v komunite baktérií alebo húb.
Plošina:Pokračovanie PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplikónové sekvenovanie-NGS
Sekvenovanie amplikónov 16S/18S/ITS sa zameriava na odhalenie fylogenézy, taxonómie a množstva druhov v mikrobiálnej komunite skúmaním produktov PCR domácich genetických markerov, ktoré obsahujú vysoko konverzné aj hypervariabilné časti.Zavedenie týchto dokonalých molekulárnych odtlačkov Woesesom a kol., (1977) umožňuje profilovanie mikrobiómov bez izolácie.Sekvenovanie 16S (baktérie), 18S (huby) a interného transkribovaného spaceru (ITS, huby) umožňuje identifikáciu tak hojných druhov, ako aj vzácnych a neidentifikovaných druhov.Táto technológia sa stala široko používaným a hlavným nástrojom pri identifikácii rozdielneho mikrobiálneho zloženia v rôznych prostrediach, ako sú ľudské ústa, črevá, výkaly atď.
Plošina:Illumina NovaSeq6000
-
Opätovné sekvenovanie celého genómu baktérií a húb
Resekvenovanie celého genómu baktérií a húb je kritickým nástrojom na dokončenie genómov známych baktérií a húb, ako aj na porovnanie viacerých genómov alebo na mapovanie genómov nových organizmov.Je veľmi dôležité sekvenovať celé genómy baktérií a húb, aby sa vytvorili presné referenčné genómy, aby sa vykonala mikrobiálna identifikácia a iné porovnávacie štúdie genómu.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Plesňový genóm
Biomarker Technologies poskytuje prieskum genómu, jemný genóm a úplný genóm húb v závislosti od konkrétneho cieľa výskumu.Sekvenovanie genómu, zostavenie a funkčnú anotáciu možno dosiahnuť kombináciou sekvenovania ďalšej generácie + sekvenovania tretej generácie, aby sa dosiahlo zostavenie genómu na vysokej úrovni.Technológia Hi-C sa môže použiť aj na uľahčenie zostavovania genómu na úrovni chromozómov.
Plošina:Pokračovanie PacBio II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Kompletný genóm baktérií
Biomarker Technologies poskytuje sekvenčnú službu pri konštrukcii kompletného genómu baktérií s nulovou medzerou.Hlavný pracovný postup kompletnej konštrukcie genómu baktérií zahŕňa sekvenovanie tretej generácie, zostavenie, funkčnú anotáciu a pokročilú bioinformatickú analýzu plniacu špecifické výskumné ciele.Komplexnejšie profilovanie genómu baktérií umožňuje odhaliť základné mechanizmy, ktoré sú základom ich biologických procesov, čo by tiež mohlo poskytnúť cennú referenciu pre genómový výskum vyšších eukaryotických druhov.
Plošina:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
Pokračovanie PacBio II
