Genome Assembly na báze Hi-C
Výhody služby
Prehľad Hi-C
(Lieberman-Aiden E a kol.,Veda, 2009)
● Nie je potrebné vytvárať genetickú populáciu na ukotvenie kontigov;
● Vyššia hustota markerov vedúca k vyššiemu pomeru ukotvenia kontigov nad 90 %;
● Umožňuje hodnotenie a opravy existujúcich genómových zostáv;
● Kratší čas obratu s vyššou presnosťou pri zostavovaní genómu;
● Bohaté skúsenosti s viac ako 1000 Hi-C knižnicami vytvorenými pre viac ako 500 druhov;
● Viac ako 100 úspešných prípadov s kumulatívnym publikovaným faktorom vplyvu nad 760;
● Zostavenie genómu na báze Hi-C pre polyploidný genóm, 100% miera ukotvenia bola dosiahnutá v predchádzajúcom projekte;
● Vlastné patenty a autorské práva na softvér pre Hi-C experimenty a analýzu údajov;
● Vlastnoručne vyvinutý softvér na ladenie vizualizovaných údajov, ktorý umožňuje manuálne presúvanie, obracanie, odvolávanie a prerábanie bloku.
Špecifikácie služby
|
Typ knižnice
|
Plošina | Prečítajte si Dĺžka | Odporučiť stratégiu |
| Ahoj-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nespracovaných údajov
● Kontrola kvality knižnice Hi-C
● Zostavenie genómu založené na Hi-C
● Hodnotenie po montáži
Vzorové požiadavky a doručenie
Vzorové požiadavky:
| Zviera | Huba | Rastliny
|
| Zmrazené tkanivo: 1-2 g na knižnicu Bunky: 1x 10^7 buniek na knižnicu | Zmrazené tkanivo: 1 g na knižnicu | Zmrazené tkanivo: 1-2 g na knižnicu
|
| *Dôrazne odporúčame poslať aspoň 2 alikvóty (každý 1 g) pre experiment Hi-C. | ||
Odporúčané doručenie vzorky
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Pri väčšine vzoriek odporúčame nekonzervovať v etanole.
Označenie vzoriek: Vzorky musia byť jasne označené a identické s odoslaným formulárom informácií o vzorke.
Zásielka: Suchý ľad: Vzorky je potrebné najskôr zabaliť do vriec a pochovať v suchom ľade.
Tok servisných prác
Dizajn experimentu
Doručenie vzorky
Extrakcia DNA
Výstavba knižnice
Sekvenovanie
Analýza dát
Popredajné služby
*Tu zobrazené demo výsledky sú všetky z genómov publikovaných spoločnosťou Biomarker Technologies
1.Hi-C interakčná tepelná mapaCamptotheca acuminatagenóm.Ako je znázornené na mape, intenzita interakcií negatívne koreluje s lineárnou vzdialenosťou, čo naznačuje vysoko presné zostavenie na úrovni chromozómov.(Pomer ukotvenia: 96,03 %)
Kang M a kol.,Prírodné komunikácie, 2021
2.Hi-C uľahčil validáciu inverzií medziGossypium hirsutumL. TM-1 A06 aG. arboreumChr06
Yang Z a kol.,Nature Communications, 2019
3. Zostavenie a bialelická diferenciácia genómu kasava SC205.Tepelná mapa Hi-C ukazuje jasné rozdelenie v homológnych chromozómoch.
Hu W a kol.,Molekulárna rastlina, 2021
4. Tepelná mapa Hi-C na zostave genómu dvoch druhov Ficus:F.microcarpa(pomer ukotvenia: 99,3 %) aF.hispida (pomer ukotvenia: 99,7 %)
Zhang X a kol.,Bunka, 2020
Prípad BMK
Genómy banyánového stromu a opeľovača poskytujú pohľad na koevolúciu figovníka a osy
Publikovaný: Bunka, 2020
Stratégia sekvenovania:
F. microcarpa genóm: pribl.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenóm: pribl.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenóm: pribl.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Kľúčové výsledky
1. Dva genómy banyánových stromov a jeden genóm opeľovacej osy boli skonštruované pomocou sekvenovania PacBio, Hi-C a mapy väzieb.
(1)F. microcarpagenóm: Bola vytvorená zostava 426 Mb (97,7 % odhadovanej veľkosti genómu) s kontigom N50 908 Kb, skóre BUSCO 95,6 %.Celkovo bolo pomocou Hi-C ukotvených 423 Mb sekvencií na 13 chromozómoch.Anotácia genómu poskytla 29 416 génov kódujúcich proteín.
(2)F. Hispidagenóm: Zostava 360 Mb (97,3 % odhadovanej veľkosti genómu) bola výťažok s kontigom N50 492 Kb a skóre BUSCO 97,4 %.Celkovo 359 Mb sekvencií bolo ukotvených na 14 chromozómoch pomocou Hi-C a vysoko identické s mapou väzieb s vysokou hustotou.
(3)Eupristina verticillatagenóm: Bola vytvorená zostava 387 Mb (odhadovaná veľkosť genómu: 382 Mb) s kontigom N50 3,1 Mb a skóre BUSCO 97,7 %.
2. Porovnávacia genomická analýza odhalila veľké množstvo štruktúrnych variácií medzi dvomaFicusgenómy, ktoré poskytli neoceniteľný genetický zdroj pre adaptívne evolučné štúdie.Táto štúdia po prvýkrát poskytla pohľad na koevolúciu figovo-osy na genómovej úrovni.
 Circos diagram o genomických znakoch dvochFicusgenómy vrátane chromozómov, segmentové duplikácie (SD), transpozóny (LTR, TE, DNA TE), génová expresia a syntéza |  Identifikácia chromozómu Y a kandidátsky gén na určenie pohlavia |
Zhang, X., a kol."Genómy Banyan Tree a Opeľovača osy poskytujú pohľad na koevolúciu figovo-osy."Bunka 183.4 (2020).
