Štúdia asociácie celého genómu (GWAS) sa zameriava na identifikáciu genetických variantov (genotyp), ktoré súvisia so špecifickými znakmi (fenotyp).Štúdie GWA skúmajú genetické markery krížiace celý genóm veľkého počtu jedincov a predpovedajú asociácie genotyp-fenotyp štatistickou analýzou na úrovni populácie.Resekvenovanie celého genómu môže potenciálne objaviť všetky genetické varianty.V spojení s fenotypovými údajmi môže byť GWAS spracovaný na identifikáciu SNP, QTL a kandidátskych génov súvisiacich s fenotypom, čo silne podporuje moderné šľachtenie zvierat / rastlín.SLAF je samovyvinutá stratégia zjednodušeného sekvenovania genómu, ktorá objavuje markery distribuované v celom genóme, SNP.Tieto SNP, ako molekulárne genetické markery, môžu byť spracované na asociačné štúdie s cielenými znakmi.Je to nákladovo efektívna stratégia pri identifikácii komplexných vlastností spojených s genetickými variáciami.
