Ponorte sa do potenciálu štúdia divokej rozmanitosti výskumných druhov, ktorého príkladom je kľúčový prípad od klientov BMKGENE.Článok s názvom „Genóm divej Hevea brasiliensis na úrovni chromozómov: Posilnenie šľachtenia s pomocou genómu a odhaľovanie vitálnych lokusov pre zvýšený výťažok kaučuku“, ktorý bol nedávno uverejnený v tohtoročnom vydaní Plant Biotechnology Journal, predstavuje cennú referenciu.
Brazílsky kaučukovník (Hevea brasiliensis) stojí vysoko ako kľúčový prírodný zdroj kaučuku.V priebehu minulého storočia spustili tradičné šľachtiteľské metódy pozoruhodný šesťnásobný nárast výroby gumy.Napriek tomu základný genetický základ zodpovedný za potenciálne zvýšenie výnosu kaučuku zostáva záhadný.
Táto štúdia sa pustila do konštrukcie genómu na úrovni chromozómov pre divoký kaučukovník s využitím synergie Nanopore long-read sekvenovania, Illumina NGS sekvenovania a Hi-C technológie.
Paralelne sa zhromaždilo 147 zdrojov zárodočnej plazmy, ktoré zahŕňali variácie s vysokým výnosom, divoké kmene a príbuzné druhy, na komplexné resekvenovanie celého genómu (WGS) pomocou platformy Illumina.Následné sekvenčné údaje prešli prísnou analýzou populačnej genetiky, ktorá umožnila rozbor populačnej štruktúry, diverzity a väzobnej nerovnováhy.Táto analýza vrhla svetlo na variácie domestikácie medzi populáciami.
Ďalšie výskumy zahŕňali analýzu zahŕňajúcu Fst, π, Tajimovu D a LD s cieľom odhaliť selekčné signály vyplývajúce zo zlepšeného výťažku latexu, najmä so zameraním na klony Wickham.
Vyvrcholením analýzy asociácie celého genómu (GWAS) sa presne určili markery spojené s výnosovými znakmi a následne gény súvisiace s výnosom.Počiatočná validácia odhalila výrazné transkripčné aktivity naprieč rôznymi mutantmi pre dva gény ERF, čo poskytlo predbežný pohľad na ich funkčný význam.Ďalšie potvrdenie je naplánované v rámci nadchádzajúceho výskumu.
BMKGENE je hrdý na to, že prispieva k rozsiahlemu sekvenovaniu celého genómu tejto značnej populácie, spolu s podstatnou úlohou v bioinformatickej analýze.Naše rozsiahle skúsenosti zahŕňajú sekvenovanie NGS / TGS a multiomickú bioinformatickú analýzu naprieč celým radom 1000+ druhov.Tešíme sa na perspektívu spolupráce s vami na vašich pripravovaných projektoch.
Kliknite semdozvedieť sa viac o tejto štúdii
Čas odoslania: 29. augusta 2023