● Skúsení: Viac ako 200 000 vzoriek bolo spracovaných v BMK pokrývajúcich rôzne typy vzoriek, vrátane bunkovej kultúry, tkaniva, telesnej tekutiny atď.
● Prísny systém kontroly kvality: Základné body kontroly kvality vo všetkých krokoch vrátane prípravy vzorky, prípravy knižnice, sekvenovania a bioinformatiky sú dôkladne monitorované, aby sa dosiahli vysokokvalitné výsledky.
● Viacero databáz dostupných pre anotáciu funkcií a štúdie obohacovania na splnenie rôznych výskumných cieľov.
● Popredajné služby: Popredajné služby platné 3 mesiace po dokončení projektu, vrátane sledovania projektu, odstraňovania problémov, otázok a odpovedí na výsledky atď.
Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
Obohatené o Poly A | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30 ≥ 85 % |
Nukleotidy:
Konc. (ng/μl) | množstvo (μg) | Čistota | bezúhonnosť |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Obmedzená alebo žiadna kontaminácia proteínmi alebo DNA na géli. | Pre rastliny: RIN≥6,5; Pre zvieratá: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; obmedzená alebo žiadna základná elevácia |
Tkanivo: Hmotnosť (suché):≥1 g
*Pre tkanivo menšie ako 5 mg odporúčame zaslať bleskovo zmrazenú (v tekutom dusíku) vzorku tkaniva.
Bunková suspenzia:Počet buniek = 3 x 106- 1×107
*Odporúčame zaslať zmrazený bunkový lyzát.V prípade, že počet buniek je menší ako 5×105.
Vzorky krvi:Objem ≥ 1 ml
Mikroorganizmus:Hmotnosť ≥ 1 g
Nádoba: 2 ml centrifugačná skúmavka (neodporúča sa cínová fólia)
Označenie vzoriek: Skupina+replikácia napr. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
Bioinformatika
Eukaryotické Pracovný postup analýzy sekvenovania mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvality nespracovaných údajov
ØReferenčné zarovnanie genómu
ØAnalýza štruktúry prepisu
ØKvantifikácia expresie
ØDiferenčná expresná analýza
ØAnotácia a obohatenie funkcie
1.Krivka nasýtenia údajov mRNA
2.Analýza diferenciálnej expresie - graf sopky
3.Anotácia KEGG na stupňoch
4.GO klasifikácia v stupňoch