Plošina | Veľkosť knižnice | Teoretický výťažok údajov (na bunku) | Jednozákladná presnosť | Aplikácie |
Nanopore | 8 kb, 10 kb, 20 kb, ultralong, cDNA-PCR | 70-90 Gb/bunka | 85 – 92 % | Volanie SV, De novo, Sekvenovanie v plnej dĺžke, Iso-Seq, Génová anotácia, Detekcia metylácie DNA |
● Viac ako 5 rokov skúseností na platforme sekvenovania PacBio s tisíckami uzavretých projektov s rôznymi druhmi.
● BMKGENE je oficiálnym partnerom Oxford Nanopore s dvojitou platformou RNA/DNA certifikácie.
● Existujú mainstreamové modely sekvencerov s kompletnou výbavou a dostatočnou priepustnosťou sekvenovania.
● Na základe platformy Nanopore bolo publikovaných viac ako 10 výskumov Denovo na zvieratách a rastlinách v medzinárodne uznávaných časopisoch.
Typ vzorky | Suma | Koncentrácia (Qubit ®) | Objem | Čistota | Iní |
Genomická DNA | Závisí od požiadavky na údaje | ≥20 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Jasný pík pri 260 nm, žiadne kontaminácie | Koncentráciu je potrebné merať pomocou Qubit a Qubit/Nanopore ≤ 2 |
Celková RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;žiadne kontaminácie | Hodnota RIN ≥7,5 |
Hodnotenie kvality údajov vzorky DNA
Tabuľka 1. Štatistika čistých údajov.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26,37 | 1,121,736 | 25,90 | 28 014 | 15,764 | 23 090 | 143 181 | 9 |
Hodnotenie kvality údajov vzorky RNA
Tabuľka 1. Štatistika čistých údajov.
Názov súboru | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | MeanLength | Maximálna dĺžka | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Obrázok 1. Rozloženie dĺžky čítania
Obrázok 2. Rozdelenie skóre kvality čistých údajov
Obrázok 3. Rozdelenie skóre dĺžky a kvality čistých údajov