Produkty

Sekvenovanie DNA/RNA -PacBio Sequencer

DNA/RNA sekvenovanie -PacBio Sequencer Featured Image

Sekvenčná platforma PacBio je platforma na dlhé čítanie, ktorá je známa aj ako jedna z technológií sekvenovania tretej generácie (TGS).Základná technológia, jedna molekula v reálnom čase (SMRT), umožňuje generovanie čítaní s dĺžkou desiatok kilogramov.Na základe „Sekvenovania podľa syntézy“ je rozlíšenie jedného nukleotidu dosiahnuté vlnovodom v nulovom režime (ZMW), kde je osvetlený iba obmedzený objem na dne (miesto syntézy molekúl).Okrem toho sekvenovanie SMRT do značnej miery zabraňuje sekvenčne špecifickému skresleniu v systéme NGS v tom, že väčšina krokov amplifikácie PCR sa v procese konštrukcie knižnice nevyžaduje.

Platforma: Sequel II, Revio

Kontaktuj nás

Podrobnosti o službe

Demo výsledky

Vlastnosti

Dva režimy sekvenovania na sekvenátore PacBio: Continuous Long Read (CLR) a Circular Consensus Read (CCS)

Režim sekvenovania

Veľkosť knižnice

Teoretické údajeVýnos (na bunku)

JednozákladnéPresnosť

Aplikácie

CLR

20 kB, 30 kb atď.

80 Gb až 130 Gb

Približne.85 %

De novo, SV volania atď.

CCS

15 – 20 kb

14 až 40 Gb/bunka (pokračovanie II)

70 až 110 Gb/bunka (Revio)

Závisí od vzoriek

Približne.99 %

De novo, volanie SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Porovnanie výkonu a funkcií Revio a Sequel II

Podmienky	Systém pokračovania II	Systém Revio	Zvýšiť
Vyššia hustota	8 miliónov ZMW	25 miliónov ZMW	3x
Nezávislé etapy	1	4	4x
Kratšie doby chodu	30 hodín	24 hodín	1,25x
30X HiFi ľudských genómov / rok	88	1 300	1celkovo 5x

Výhody služby

● Viac ako 8 rokov skúseností na platforme sekvenovania PacBio s tisíckami uzavretých projektov s rôznymi druhmi.

● Plne vybavené najnovšími platformami PacBio Sequencing, Revio, aby bola zaručená dostatočná priepustnosť sekvenovania.

● Rýchlejší čas obrátky, vyšší výnos údajov a presnejšie údaje.

● Príspevok v stovkách vysoko pôsobivých publikácií založených na PacBio.

Vzorové požiadavky

Typ vzorky

Suma

Koncentrácia （Qubit®）

Objem

Čistota

Iní

Genomická DNA

Závisí od požiadaviek na údaje

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280 = 1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5；
Jasný vrchol pri 260 nm,žiadne kontaminácie

Koncentráciu je potrebné merať pomocou Qubit a Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Celková RNA

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280 = 1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；žiadne kontaminácie

Hodnota RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Pracovný postup služby

príprava vzorky

Výstavba knižnice

Sekvenovanie

Analýza dát

Dodanie projektu

Predchádzajúce: OEM výrobca Mrna Sequencing Service - Dlhé nekódujúce sekvenovanie-Illumina – Biomarker

Ďalšie: Illumina a BGI

1. Výnos vlastných údajov

Údaje generované zo 63 buniek CCS (z 26 druhov)

ÚDAJE-PacBio-CCS-15 Kb	Priemerná	Max	Min	Medián
Výnos – čiastkové čítania (Gb)	421,12	544,27	221,38	426,58
Yiled – CCS(Gb)	25,93	38,59	10,86	25,43
Polymeráza N50	145 651	175 430	118 118	144,689
Podčíta N50	17 509	23,924	12 485	17,584
CCS N50	14 490	19 034	9,876	14,747
Priemerná dĺžka-Polymeráza	67,995	89,379	49,664	66,433
Priemerná dĺžka – čiastkové čítania	15 866	21 036	11,657	16 012
Priemerná dĺžka-CCS	14,489	19 074	8,575	14,655

Údaje generované zo 16 buniek CLR (zo 76 druhov)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Priemerná	Max	Min	Medián
Výnos – čiastkové čítania (Gb)	142,20	291,40	50,55	142,49
Polymeráza N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Podčíta N50	28 490	41 012	14 430	29,063
Priemerná dĺžka-Polymeráza	22 063	48,886	8,747	21 555
Priemerná dĺžka – čiastkové čítania	17 720	27,225	8,293	17,779

2. Kontrola kvality údajov – DemoŠtatistika výťažnosti údajov

Ukážka	ccs Číta Poč	Celkový počet základov ccs (bp)	ccs Číta N50 (bp)	ccs priemerná dĺžka (bp)	ccs najdlhšie čítanie (bp)	čiastkové čítania Základy (bp)	miera ccs (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36 110	863,326,330,465	6.27