10x priestorový transkriptóm Genomics Visium
Vlastnosti
● Rozlíšenie: 100 uM
● Priemer bodu: 55 uM
● Počet spotov: 4992
● Oblasť snímania: 6,5 x 6,5 mm
● Každé miesto s čiarovým kódom je nabité základnými nátermi zloženými zo 4 častí:
- poly(dT) koniec na aktiváciu mRNA a syntézu cDNA
- Jedinečný molekulárny identifikátor (UMI) na opravu skreslenia zosilnenia
- Priestorový čiarový kód
- Väzbová sekvencia čiastočného čítania 1 sekvenačného priméru
● H&E farbenie rezov
Výhody
●Jednorazová služba: integruje všetky kroky založené na skúsenostiach a zručnostiach, vrátane kryorezov, farbenia, optimalizácie tkaniva, priestorového čiarového kódovania, prípravy knižnice, sekvenovania a bioinformatiky.
● Vysoko kvalifikovaný technický tím: so skúsenosťami s viac ako 250 typmi tkanív a 100+ druhmi vrátane ľudí, myší, cicavcov, rýb a rastlín.
●Aktualizácia celého projektu v reálnom čase: s plnou kontrolou priebehu experimentu.
●Komplexná štandardná bioinformatika:Balenie obsahuje 29 analýz a viac ako 100 kvalitných figúrok.
●Analýza a vizualizácia dát na mieru: k dispozícii pre rôzne žiadosti o výskum.
●Voliteľná spoločná analýza s jednobunkovým sekvenovaním mRNA
technické údaje
| Vzorové požiadavky | Knižnica | Stratégia sekvenovania | Odporúčané údaje | Kontrola kvality |
| OCT vložené kryo vzorky, FFPE vzorky (Optimálny priemer: cca 6x6x6 mm3) 3 bloky na vzorku | 10X Visium cDNA knižnica | Illumina PE150 | 50 000 prečítaní PE na spot (60 Gb) | RIN>7 |
Ak chcete získať viac podrobností o návode na prípravu vzoriek a pracovnom postupe služieb, neváhajte a porozprávajte sa s aExpert BMKGENE
Pracovný postup služby
Vo fáze prípravy vzorky sa vykoná počiatočná skúška hromadnej extrakcie RNA, aby sa zabezpečilo získanie vysokokvalitnej RNA.V štádiu optimalizácie tkaniva sú rezy zafarbené a vizualizované a podmienky permeabilizácie pre uvoľňovanie mRNA z tkaniva sú optimalizované.Optimalizovaný protokol sa potom aplikuje počas konštrukcie knižnice, po ktorej nasleduje sekvenovanie a analýza údajov.
Kompletný pracovný postup služieb zahŕňa aktualizácie v reálnom čase a potvrdenia klientov, aby sa zachovala spätná väzba s odozvou a zabezpečila sa hladká realizácia projektu.
Zahŕňa nasledujúcu analýzu:
Kontrola kvality údajov:
o Výstup údajov a rozdelenie skóre kvality
o Detekcia génov na mieste
o Pokrytie tkanivami
Analýza vnútornej vzorky:
o Génové bohatstvo
o Spot clustering, vrátane redukovanej dimenzionálnej analýzy
o Diferenciálna analýza expresie medzi klastrami: identifikácia markerových génov
o Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
Medziskupinová analýza
o Rekombinácia škvŕn z oboch vzoriek (napr. chorých a kontrolných) a opätovného zoskupenia
o Identifikácia markerových génov pre každý klaster
o Funkčná anotácia a obohatenie markerových génov
o Diferenciálne vyjadrenie rovnakého zhluku medzi skupinami
Analýza vnútornej vzorky
Zhlukovanie škvŕn
Identifikácia a priestorová distribúcia markerových génov
Medziskupinová analýza
Kombinácia údajov z oboch skupín a opätovného zoskupenia
Markerové gény nových klastrov
Preskúmajte pokroky, ktoré umožňuje služba priestorovej transkriptomiky BMKGene od 10X Visium V týchto odporúčaných publikáciách:
Chen, D. a kol.(2023) „mthl1, potenciálny homológ Drosophila adhéznych GPCR cicavcov, sa podieľa na protinádorových reakciách na injikované onkogénne bunky u múch“, Zborník Národnej akadémie vied Spojených štátov amerických, 120(30), s.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. a kol.(2023) „STEEL umožňuje vymedzenie časopriestorových transkriptomických údajov s vysokým rozlíšením“, Briefings in Bioinformatics, 24(2), s. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. a kol.(2022) „Priestorový atlas organogenézy vo vývoji kvetov orchideí“, Nucleic Acids Research, 50 (17), s. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. a kol.(2023) „Integrácia priestorovej transkriptomiky a jednojadrového sekvenovania RNA odhaľuje potenciálne terapeutické stratégie pre leiomyóm maternice“, International Journal of Biological Sciences, 19 (8), s.doi: 10.7150/IJBS.83510.
