ශාක/සත්ව ද නොවෝ ජෙනෝම් අනුක්‍රමණය
සේවා වාසි
අනුක්‍රමික වේදිකා සහ ජෛව තොරතුරු තාක්ෂණ සංවර්ධනයද නවෝජෙනෝම එකලස් කිරීම
(අමරසිංහ SL et al.,ජාන ජීව විද්යාව, 2020)
● නව ප්‍රවේණි තැනීම සහ උනන්දුවක් දක්වන විශේෂ සඳහා පවතින යොමු ප්‍රවේණි වැඩිදියුණු කිරීම.
● එකලස් කිරීමේදී ඉහළ නිරවද්‍යතාව, අඛණ්ඩතාව සහ සම්පූර්ණත්වය
● අනුක්‍රමික බහුරූපතාව, QTL, ජාන සංස්කරණය, අභිජනනය යනාදී පර්යේෂණ සඳහා මූලික සම්පතක් ගොඩනැගීම.
● තුන්වන පරම්පරාවේ අනුක්‍රමික වේදිකාවල සම්පූර්ණ වර්ණාවලියකින් සමන්විතයි: එක්-නැවතුම් ජෙනෝම එකලස් කිරීමේ විසඳුම
● විවිධ ලක්ෂණ සහිත විවිධ ජෙනෝමයන් සපුරාලන නම්‍යශීලී අනුක්‍රමණය සහ එකලස් කිරීමේ උපාය මාර්ග
● පොලිප්ලොයිඩ්, යෝධ ජෙනෝම් යනාදිය ඇතුළුව, සංකීර්ණ ජෙනෝම එකලස්කිරීම්වල විශිෂ්ට පළපුරුද්දක් ඇති ඉහළ නිපුණතා සහිත ජෛව තොරතුරු විද්‍යාඥ කණ්ඩායමක්.
● 900 ට වැඩි සමුච්චිත ප්‍රකාශිත බලපෑම් සාධකයක් සහිත සාර්ථක අවස්ථා 100 කට වඩා
● වර්ණදේහ මට්ටමේ ප්‍රවේණික එකලස් කිරීම සඳහා මාස 3ක් තරම් වේගයෙන් කාලය හැරවීම.
● පර්යේෂණාත්මක පැත්තේ සහ ජෛව තොරතුරු යන දෙඅංශයෙන්ම පේටන්ට් බලපත්‍ර සහ මෘදුකාංග ප්‍රකාශන හිමිකම් මාලාවක් සහිත ඝන තාක්ෂණික සහාය.
සේවා පිරිවිතර
|
අන්තර්ගතය
|
වේදිකාව
|
දිග කියවන්න
|
ආවරණය
|
| ජාන සමීක්ෂණය
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| ජෙනෝම් අනුක්‍රමණය
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi කියවීම්
| ≥ 30X
|
| හයි-සී
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
වැඩ ප්රවාහය
නියැදි අවශ්‍යතා සහ භාරදීම
නියැදි අවශ්‍යතා:
| විශේෂ | පටක | PacBio සඳහා | නැනෝපෝර් සඳහා |
| සතුන් | අභ්යන්තර අවයව (අක්මාව, ප්ලීහාව, ආදිය) | ≥ 1.0 ග්රෑම් | ≥ 3.5 ග්රෑම් |
| මාංශ පේශී | ≥ 1.5 ග්රෑම් | ≥ 5.0 ග්රෑම් | |
| ක්ෂීරපායීන්ගේ රුධිරය | ≥ 1.5 මිලි | ≥ 5.0 මිලි | |
| මාළු හෝ කුරුල්ලන්ගේ රුධිරය | ≥ 0.2 මිලි | ≥ 0.5 මිලි | |
| පැල | නැවුම් කොළ | ≥ 1.5 ග්රෑම් | ≥ 5.0 ග්රෑම් |
| පෙති හෝ කඳ | ≥ 3.5 ග්රෑම් | ≥ 10.0 ග්රෑම් | |
| මුල් හෝ බීජ | ≥ 7.0 ග්රෑම් | ≥ 20.0 ග්රෑම් | |
| සෛල | සෛල සංස්කෘතිය | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
නිර්දේශිත සාම්පල භාරදීම
බහාලුම්: 2 ml කේන්ද්රාපසාරී නළය (ටින් තීරු නිර්දේශ නොකරයි)
බොහෝ සාම්පල සඳහා, එතනෝල් වල සංරක්ෂණය නොකිරීමට අපි නිර්දේශ කරමු.
නියැදි ලේබල් කිරීම: නියැදි පැහැදිලිව ලේබල් කළ යුතු අතර ඉදිරිපත් කළ නියැදි තොරතුරු පෝරමයට සමාන විය යුතුය.
නැව්ගත කිරීම: වියළි-අයිස්: සාම්පල මුලින්ම බෑග්වල ඇසුරුම් කර වියළි අයිස්වල තැන්පත් කළ යුතුය.
සේවා වැඩ ප්රවාහය
අත්හදා බැලීම් නිර්මාණය
සාම්පල භාරදීම
DNA නිස්සාරණය
පුස්තකාල ඉදිකිරීම
අනුපිළිවෙල
දත්ත විශ්ලේෂණය
අලෙවියෙන් පසු සේවා
*මෙහි දැක්වෙන ආදර්ශන ප්රතිඵල සියල්ල Biomarker Technologies සමඟ ප්‍රකාශිත ජෙනෝම වලින් වේ
1. වර්ණදේහ මට්ටමේ ජෙනෝම එකලස් කිරීම පිළිබඳ සර්කෝස්G. rotundifoliumනැනෝපෝර් අනුක්‍රමික වේදිකාව මගිනි
වැන්ග් එම් සහ අල්.අණුක ජීව විද්යාව සහ පරිණාමය, 2021
2. Weining rye genome එකලස් කිරීම සහ විවරණ පිළිබඳ සංඛ්‍යාලේඛන
Li G et al.,ස්වභාවික ජාන විද්යාව, 2021
3. ජාන අනාවැකියසෙකියම් එඩියුලයජෙනෝමය, අනාවැකි ක්‍රම තුනකින් ව්‍යුත්පන්න කර ඇත:ද නවෝඅනාවැකිය, සමවිද්‍යාව මත පදනම් වූ පුරෝකථනය සහ RNA-Seq දත්ත පදනම් වූ අනාවැකිය
Fu A et al.,ගෙවතු වගා පර්යේෂණ, 2021
4. කපු ජෙනෝම තුනක නොවෙනස්ව දිගු පර්යන්ත පුනරාවර්තන හඳුනා ගැනීම
වැන්ග් එම් සහ අල්.අණුක ජීව විද්යාව සහ පරිණාමය, 2021
5.Hi-C තාප සිතියමC. acuminataජෙනෝමය ප්‍රවේණි-පුළුල් සියල්ලෙන්-සියල්ල අන්තර්ක්‍රියා පෙන්වයි.Hi-C අන්තර්ක්‍රියා වල තීව්‍රතාවය කොන්ටිග්ස් අතර රේඛීය දුරට සමානුපාතික වේ.මෙම තාප සිතියමේ පිරිසිදු සරල රේඛාවක් මඟින් වර්ණදේහවල කොන්ටිග්ස් ඉතා නිවැරදිව නැංගුරම් ලෑමක් පෙන්නුම් කරයි.(කොන්ටිග් නැංගුරම් අනුපාතය: 96.03%)
kang M et al.,ස්වභාවික සන්නිවේදනය,2021
BMK නඩුව
උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකලස් කිරීමක් රයි ජානමය ලක්ෂණ සහ කෘෂි විද්‍යාත්මකව වැදගත් ජාන ඉස්මතු කරයි
ප්‍රකාශිත: ස්වභාවික ජාන විද්යාව, 2021
අනුපිළිවෙල උපාය:
Genome එකලස් කිරීම: 20 kb පුස්තකාලයක් සහිත PacBio CLR මාදිලිය (497 Gb, දළ වශයෙන් 63×)
අනුපිළිවෙල නිවැරදි කිරීම: ඉලුමිනා වේදිකාවේ 270 bp DNA පුස්තකාලය (430 Gb, ආසන්න වශයෙන් 54×) සහිත NGS
කොන්ටිග්ස් නැංගුරම් දැමීම: ඉලුමිනා වේදිකාවේ Hi-C පුස්තකාලය (560 Gb, දළ වශයෙන් 71×)
දෘශ්‍ය සිතියම: (779.55 Gb, දළ වශයෙන් 99×) Bionano Irys මත
ප්රධාන ප්රතිඵල
1.වීනිං රයි ජෙනෝමයේ එකලස් කිරීමක් 7.74 Gb (ප්‍රවාහ සයිටෝමෙට්‍රි මගින් ඇස්තමේන්තුගත ජෙනෝම ප්‍රමාණයෙන් 98.74%) සම්පූර්ණ ජෙනෝම ප්‍රමාණයෙන් ප්‍රකාශයට පත් කරන ලදී.මෙම එකලස් කිරීමේ Scaffold N50 1.04 Gb ලබා ගත්තේය.කොන්ටිග්ස් වලින් 93.67%ක් ව්‍යාජ වර්ණදේහ 7ක් මත සාර්ථකව නැංගුරම් ලා ඇත.මෙම එකලස් කිරීම සම්බන්ධක සිතියම, LAI සහ BUSCO මගින් ඇගයීමට ලක් කරන ලද අතර, එහි ප්‍රතිඵලයක් ලෙස සියලුම ඇගයීම් වලදී ඉහළ ලකුණු ලබා ගැනීමට හැකි විය.
2.මෙම ජෙනෝමය පදනම් කරගෙන සංසන්දනාත්මක ප්‍රවේණි විද්යාව, ප්‍රවේණි සම්බන්ධක සිතියම, පිටපත් විද්යාව පිළිබඳ වැඩිදුර අධ්‍යයනයන් සිදු කරන ලදී.ජාන-පුළුල් ජාන අනුපිටපත් සහ පිෂ්ඨය ජෛව සංස්ලේෂණය ජාන මත ඒවායේ බලපෑම ඇතුළුව ප්‍රවේණික ලක්ෂණ සම්බන්ධ ගතිලක්ෂණ මාලාවක් අනාවරණය විය;සංකීර්ණ prolamin loci වල භෞතික සංවිධානය, ජාන ප්‍රකාශන ලක්ෂණ යටින් පවතින මුල් ශීර්ෂ ලක්ෂණය සහ ගෘහස්ථකරණය ආශ්‍රිත වර්ණදේහ කලාප සහ රයි වල ස්ථාන.
 වයිනිං රයි ජෙනෝමයේ ප්‍රවේණික ලක්ෂණ පිළිබඳ සර්කෝස් රූප සටහන |  රයි ජෙනෝමයේ පරිණාමීය සහ වර්ණදේහ සංශ්ලේෂණ විශ්ලේෂණය |
ලී, ජී., වැන්ග්, එල්., යැං, ජේ.et al.උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකලස් කිරීමක් රයි ජානමය ලක්ෂණ සහ කෘෂි විද්‍යාත්මකව වැදගත් ජාන ඉස්මතු කරයි.නැට් ජෙනට් 53,574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
