ජෙනෝම් පරිණාමය
Genome De novo
එකලස් කිරීම|ලිංගික නිර්ණය සම්පූර්ණ අනුක්‍රමික කාර්යයන් සහ අර්ධ ජෛව තොරතුරු සේවා සපයන ලද්දේ Biomarker Technologies විසිනි.
වියුක්ත
"සීඩ්රැගන් වල සංකේතාත්මක සංසිද්ධියට පත්‍ර වැනි උපග්‍රන්ථ, දත් රහිත නල මුඛයක් සහ සංසේචනය වූ බිත්තර විවෘත “බ්‍රෝඩ් පැච්” මත පුර්ව ලියාපදිංචි කිරීම සම්බන්ධ පිරිමි ගැබ් ගැනීම ඇතුළත් වේ.අපි සාමාන්‍ය සීඩ්රැගන් (Phyllopteryx taeniolatus) සහ එයට සමීපව සම්බන්ධ විශේෂ වන ඇලිගේටර් පයිප්ෆිෂ් (Syngnathoides biaculeatus) වල පිරිමි සහ ගැහැණු ජෙනෝම අනුක්‍රමණය කළෙමු.පරිණාමීය නව්‍යතාවයකින්, පත්‍ර වැනි උපග්‍රන්ථවල පිටපත් කිරීමේ පැතිකඩ පෙන්නුම් කරන්නේ, සාමාන්‍යයෙන් වරල් වර්ධනයට සම්බන්ධ ජාන කට්ටලයක් සහයෝගීව තෝරාගෙන ඇති අතර, විභව පටක අලුත්වැඩියාව සහ ප්‍රතිශක්තිකරණ ආරක්ෂක ජාන සඳහා ට්‍රාන්ස් ස්ක්‍රිප්ට් පොහොසත් කිරීමකි.සියලුම සින්ග්නාතිඩ් වල නැති වී යන scpp5 සඳහා වන සීබ්‍රාෆිෂ් විකෘති ෆරින්ජියල් දත් නොමැතිකම හෝ විකෘති වී ඇති බව සොයා ගන්නා ලදී, scpp5 නැතිවීම සින්ග්නාතිඩ් වල දත් නැතිවීමට දායක වී ඇති බවට උපකල්පනයට සහාය වේ.සාමාන්‍ය සීඩ්රැගන් සහ ඇලිගේටර් පයිප් ෆිෂ් විසින් බෙදා ගන්නා පිරිමි-විශේෂිත amhr2y ජානයක් කේතනය කරන ලිංගික-නිර්ණය කරන ස්ථානගත කිරීමක් හඳුනා ගන්නා ලදී. ”
ද්රව්ය සහ ක්රම:
ද්රව්ය
Fඅපගේ පොදු මුහුදු මල්ල (P. taeniolatus) සහ ඇලිගේටර් පයිප්ප මාළු දෙකක් (S. biaculaatus) නිදර්ශක.සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි අනුක්‍රමණය සඳහා සාමාන්‍ය මුහුදු මසුන් දෙදෙනෙකු (එක් පිරිමියෙකු සහ ගැහැණු ළමයෙකු) සහ අලිගේටර් පයිප් ෆිෂ් දෙදෙනෙකු (එක් පිරිමි සහ එක් ගැහැණු) පුද්ගලයින් දෙදෙනෙකු භාවිතා කරන ලද අතර, ප්‍රවේණි අනුපිළිවෙල සඳහා තවත් පිරිමි පොදු සීඩ්රැගන් පුද්ගලයින් දෙදෙනෙකු භාවිතා කරන ලදී.
Genome Sequencing උපාය
270/350 bp පුස්තකාලය (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) හෝ Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, සහ වෙනත් පිරිමි සාමාන්‍ය සීඩ්රැගන් පුද්ගලයන් දෙදෙනෙකු ජෙනෝම අනුක්‍රමණය සඳහා භාවිතා කරන ලදී.
පිටපත් කිරීමේ අනුපිළිවෙල
Fහෝ සාමාන්‍ය සීඩ්රැගන්, මොළය, ඇස, ගිල්, අක්මාව, හෘදය, වකුගඩු, මස්තිෂ්ක, අන්ත්‍රය, මාංශ පේශී, වරල්, සම, පත්‍ර වැනි උපග්‍රන්ථ, වෘෂණ සහ ඩිම්බකෝෂය එකතු කරන ලදී.
Genome de novo එකලස් කිරීමේ උපාය
Canu (නිවැරදි කිරීම) + WTDBG2 (එකලස් කිරීම) + Pilon(පෝලන්ත) + Lachesis (Hi-C).
ප්රධාන ප්රතිඵල
Fig. 1. පොදු සීඩ්රැගන් (P. taeniolatus) සහ ඇලිගේටර් පයිප්ෆිෂ් (S. biaculeatus) සහ ඒවායේ ෆයිලොජෙනටික් පිහිටීම්වල ප්රධාන ලක්ෂණ.
Fig. 2. පොදු සීඩ්රැගන් (P. taeniolatus) හි පත්‍ර වැනි උපග්‍රන්ථවල රූප විද්‍යාව සහ ජාන සැකැස්ම.
Fig. 3. පොදු සීඩ්රැගන් (P. taeniolatus) සහ ඇලිගේටර් පයිප්ෆිෂ් (S. biaculeatus) තුළ ලිංගික නිර්ණය කිරීමේ ජානය.
Fig. 4. zebrafish scpp5 සමලිංගික විකෘති වල ෆරින්ජියල් දත් ෆීනෝටයිප්.
පසු කාලය: ජනවාරි-08-2022