2021 දී, BMKGENE විසින් 31 De novo genome පර්යේෂණයක් 320 ට වැඩි සම්පූර්ණ බලපෑම් සාධක සහිත අධි-බලපෑම් සඟරාවල සාර්ථකව ප්රකාශයට පත් කරන ලදී. ලිපි 15 ක් සම-කර්තෘ වූ ඒවායින් 4 ක් BMKGENE විසින් පළමු කතුවරුන් ලෙස සම-කර්තෘවරුන් ලෙස සම-කර්තෘ විය.
2022 වසර ආරම්භයෙන් පසුව, "ස්වාභාවික ජාන" සහ "අණුක ශාක" සඟරාවේ දැනටමත් පර්යේෂණ ලිපි දෙකක් ප්රකාශයට පත් කර ඇත.ඒවා නම්, “ඉතා විෂමජාතීය lychee ජෙනෝමයක ඇති අපසාරී හැප්ලෝටයිප් දෙකක් මුල් සහ ප්රමාද වූ කල් පිරෙන වගාවන් සඳහා ස්වාධීන ගෘහාශ්රිත සිද්ධීන් යෝජනා කරයි” (Lychee genome Research, College of Horticulture, South China Agricultural University සහ විද්යාත්මක සහයෝගිතාකරුවන් විසින් ස්වභාවික ජාන විද්යාව පිළිබඳ ප්රකාශනය කරන ලදී. ), සහ "Aegilops හි Sitopsis විශේෂ පහේ Genome අනුපිළිවෙල සහ polyploid wheat B-subgenome හි මූලාරම්භය" (Professor Bao Liu ගේ ඊසානදිග සාමාන්ය විශ්ව විද්යාලයේ පර්යේෂණ කණ්ඩායම විසින් මෙහෙයවන ලද Sitopsis විශේෂ 5 ජෙනෝමය.).අපි මෙම ලිපි දෙක සමාලෝචනය කර අපගේ පාඨකයන් සමඟ බෙදා ගන්නෙමු.
දැන්, BMK සහ අපගේ සහයෝගීතා පහසුකම් මගින් සම-කර්තෘ 2021 හි ප්රකාශයට පත් කරන ලද විශිෂ්ට පර්යේෂණ ලිපි දෙස බලමු.
ශාක ජෙනෝමය - බහු-විශේෂයන් මත ඉදිරි ගමන.
1. උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකලස් කිරීමක් රයි ජානමය ලක්ෂණ සහ කෘෂි විද්යාත්මකව වැදගත් ජාන ඉස්මතු කරයි
සහයෝගීතා පහසුකම: හෙනන් කෘෂිකාර්මික විශ්ව විද්යාලය
සඟරාව: ස්වභාවික ජාන විද්යාව
බලපෑම් සාධකය: 38.31
මෙම ව්යාපෘතියේ දී, ප්රභූ චීන රයි ප්රභේදයක් වන Weining rye හි ජෙනෝමය අනුපිළිවෙලට සකස් කරන ලදී.එකලස් කරන ලද කොන්ටිග්ස් (7.74 Gb) ඇස්තමේන්තුගත ජෙනෝම ප්රමාණයෙන් (7.86 Gb) 98.47% ක් වන අතර, කොන්ටිග්ස් (7.25 Gb) වලින් 93.67% ක් වර්ණදේහ හතකට පවරා ඇත.පුනරාවර්තන මූලද්රව්ය එකලස් කරන ලද ජෙනෝමයෙන් 90.31% ක් විය.Weining එකලස් කිරීමේ වැඩිදුර විශ්ලේෂණ මගින් genome-wide ජාන අනුපිටපත් සහ පිෂ්ඨය ජෛව සංස්ලේෂණ ජාන මත ඒවායේ බලපෑම, සංකීර්ණ prolamin loci හි භෞතික සංවිධානය, ජාන ප්රකාශන ලක්ෂණ යටින් පවතින මුල් ශීර්ෂ ලක්ෂණය සහ ගෘහස්ථකරණය ආශ්රිත වර්ණදේහ කලාප සහ රයි වල ස්ථාන කෙරෙහි නව ආලෝකයක් විහිදුවයි.මෙම ජාන අනුක්රමය රයි සහ ඒ ආශ්රිත ධාන්ය භෝග වල ප්රවේණික සහ අභිජනන අධ්යයනයන් වේගවත් කිරීමට පොරොන්දු වේ.
2. කුරුලෑ රහිත රෝස: තෙතමනය අනුවර්තනයට සම්බන්ධ ජානමය තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය
සහයෝගීතා පහසුකම: කුන්මිං උද්භිද විද්යා ආයතනය, චීන විද්යා ඇකඩමිය
සඟරාව: ජාතික විද්යා සමාලෝචනය
බලපෑම් සාධකය: 17.273
මෙම ව්යාපෘතියේ දී, 'Basye's Thornless' (BT, රෝසා විචුරායානා වල කටු රහිත වගාවක්), 'Old Blush' (OB, රෝස ගෘහාශ්රිතකරණයේ ආරම්භක ප්රවේණි වර්ගය), ඒවායේ F1 දෙමුහුන් සහ BCF1 සාම්පල එකතු කරන ලදී.තවද කඳේ කටු වර්ධනයට අදාළ ජානමය මූලද්රව්ය හඳුනා ගැනීම සඳහා උසස් තත්ත්වයේ විමර්ශන ජෙනෝම එකලස් කිරීමක් ජනනය කරන ලදී.ජෙනෝම ප්රමාණය 530.6 Mb පමණ වේ.එකලස් කරන ලද ජෙනෝමයේ ගුණාත්මක භාවය තහවුරු කිරීම සඳහා, ජාන සිතියම් සංසන්දනය, BUSCO, NGS නැවත එකලස් කිරීම, OB හැප්ලෝටයිප් සමඟ සංසන්දනය කිරීම, අනුක්රමික පාදක දෝෂ අනුපාත පාලනය සහ ජෙනෝමය පුරා LTR එකලස් කිරීමේ දර්ශක අගය පරීක්ෂා කිරීම (LAI=20.03) වැනි විශ්ලේෂණයන් සිදු කරන ලදී.මෙම පර්යේෂණය මගින් කඳේ කටු වල සංකීර්ණ උරුම රටාව සහ නියාමන යාන්ත්රණය හෙළි කරන අතර රෝස ජීව විද්යාව සහ වැදගත් ලක්ෂණ හා සම්බන්ධ අණුක සලකුණු අධ්යයනය කිරීමට පදනමක් සහ නව සම්පත් අපට ලබා දුන්නේය.
3. Cucumis හි සංස්ලේෂණය කරන ලද ඇලෝපොලිප්ලොයිඩ් වල සම්පූර්ණ-ජීනෝම අනුපිළිවෙල ඇලෝපොලිප්ලොයිඩීකරණයේ ජෙනෝම පරිණාමය පිළිබඳ තීක්ෂ්ණ බුද්ධිය හෙළි කරයි
සහයෝගීතා පහසුකම: නැන්ජිං කෘෂිකාර්මික විශ්ව විද්යාලය
සඟරාව: උසස් විද්යාව
බලපෑම් සාධකය: 16.801
මෙම අධ්යයනයෙන් පිපිඤ්ඤා (C. sativus, 2n = 14) සහ එහි වල් සාපේක්ෂ විශේෂ (C. hystrix, 2n = 24) අතර අන්තර් විශේෂිත දෙමුහුන්කරණය භාවිතයෙන් ලබාගත් කෘතිම ඇලෝටෙට්රප්ලොයිඩ් වල උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝමය වාර්තා කරන ලද අතර එය පළමු වන වර්ණදේහ අනුපිටපත් වේ. සම්පුර්ණයෙන්ම අනුක්රමණය කරන ලද කෘතිම ඇලෝපොලිප්ලොයිඩ්.ජෙනෝමය එකලස් කිරීම “PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina” අනුපිළිවෙලෙහි කාර්ය ප්රවාහය යොදන ලද අතර, එහි ප්රතිඵලයක් ලෙස ජාන ප්රමාණය 530.8Mb සහ contig N50 = 6.5Mb.ව්යාජ වර්ණදේහ සහ උප ප්රජනක 19කට කියවීම් පවරා ඇත.න්යෂ්ටික සහ cp ප්රවේණික දෙකෙහිම ජානමය වෙනස්කම් බහුතරයකට ජෙනෝම අනුපිටපත් කිරීම වෙනුවට දෙමුහුන්කරණය හේතු වන බව ප්රතිඵල පෙන්වා දුන්නේය.ස්ථාවර විෂමතාවය වැඩි ආතතිය අනුවර්තනය සමග C.×hytivus සපයන බව යෝජනා කළේය.ප්රතිඵල මගින් ශාක බහුප්රවාහ පරිණාමය පිළිබඳ නව අවබෝධයක් ලබා දෙන අතර අනාගත භෝග සඳහා අනාගත අභිජනන උපාය මාර්ගයක් ඉදිරිපත් කරයි.
4. සංසන්දනාත්මක ජෙනෝමය විශ්ලේෂණ කරයි ට්රාන්ස්පෝසන් මධ්යගත ජෙනෝම ප්රසාරණය සහ කපු වල ත්රිමාණ ජානමය නැමීමේ පරිණාමීය ගෘහ නිර්මාණ ශිල්පය
සහයෝගිතා පහසුකම: Huazhong කෘෂිකාර්මික විශ්ව විද්යාලය
සඟරාව: අණුක ජීව විද්යාව සහ පරිණාමය
බලපෑම් සාධකය: 16.242
මෙම ව්යාපෘතිය මගින් කපු විශේෂ තුනක ජෙනෝමය එකලස් කිරීමට නැනෝපෝර් අනුක්රමය භාවිතා කරන ලදී: Gossypium rotundifolium (K2, genome size = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genome size = 1.62Gb, contigN50), සහ G. raimondii (D5, genome size = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).ජෙනෝම තුනෙන් 99%කට වැඩි ප්රමාණයක් Hi-C හරහා එකලස් කර ඇත.BUSCO විශ්ලේෂණයේ ප්රතිඵල පිළිවෙලින් 92.5%, 93.9% සහ 95.4% වේ.මෙම සියලු සංඛ්යාවලින් පෙන්නුම් කළේ එකලස් කිරීමේ ජෙනෝම තුන යොමු ශ්රේණියේ බවයි.සංසන්දනාත්මක ප්රවේණි විශ්ලේෂණ මගින් විශාල ප්රවේණි ප්රමාණයේ වෙනස්කම් වලට දායක වන පෙළපත්-විශේෂිත TE විස්තාරණය පිළිබඳ විස්තර ලේඛනගත කර ඇත.මෙම අධ්යයනය මගින් ශාකවල ඉහළ පෙළේ ක්රොමැටින් ව්යුහයේ පරිණාමය තුළ ට්රාන්ස්පෝසන්-මැදිහත් වූ ජෙනෝමය ප්රසාරණයේ කාර්යභාරය පිළිබඳව ආලෝකය විහිදුවයි.
5. වර්ණදේහ පරිමාණයේ එකලස් කිරීම සහ ජෛව ස්කන්ධ භෝගය පිළිබඳ විශ්ලේෂණය Miscanthus lutarioripararius ජෙනෝමය
සහයෝගිතා පහසුකම: අණුක ශාක විද්යාවේ විශිෂ්ටත්වය සඳහා CAS මධ්යස්ථානය
සඟරාව: Nature Communications
බලපෑම් සාධකය: 14.912
මෙම ව්යාපෘතිය Oxford Nanopore අනුක්රමණය සහ Hi-C තාක්ෂණයන් ඒකාබද්ධ කිරීම මගින් Miscanthus lutarioriparius ජෙනෝමයේ වර්ණදේහ පරිමාණ එකලස් කිරීමක් වාර්තා කරන ලදී.2.07Gb එකලස් කිරීම ජෙනෝමයෙන් 96.64%ක් ආවරණය කරයි, contig N50 1.71 Mb.සම්පූර්ණ අනුපිළිවෙලින් 94.30%ක් පමණ ව්යාජ වර්ණදේහ 19කට නැංගුරම් ලා ඇත.BAC අනුපිළිවෙල සමඟ සංසන්දනය කිරීම, LAI ඇගයීම, BUSCO ඇගයීම, NGS දත්ත සමඟ නැවත එකලස් කිරීම, පිටපත් කිරීමේ දත්ත නැවත එකලස් කිරීම, ජෙනෝමය උසස් තත්ත්වයේ සහ අඛණ්ඩතාව ලෙස ඇගයීමට ලක් කරන ලදී.M. lutarioriparius හි Allotetraploid සම්භවය කේන්ද්රගත චන්ද්රිකා පුනරාවර්තන භාවිතයෙන් තහවුරු වේ.M. lutarioriparius හි ටැන්ඩම් ඩුප්ලිකේට් ජාන ක්රියාකාරී වන්නේ ආතති ප්රතිචාරයට අදාළව පමණක් නොව සෛල බිත්ති ජෛව සංස්ලේෂණයට අදාළව පමණි.ජාන අනුපිටපත් බොහෝ විට C4 ප්රභාසංස්ලේෂණයේ කාර්යභාරයක් ඉටු කරන අතර අඩු උෂ්ණත්වයකදී Miscanthus C4 ප්රභාසංශ්ලේෂණයට දායක වේ.මෙම පර්යේෂණය බහු වාර්ෂික ශාක අධ්යයනය සඳහා වැදගත් සඳහනක් සපයන ලදී.
6.Camptotheca acuminata genome එකලස් කිරීමේ වර්ණදේහ මට්ටමේ Camptothecin ජෛව සංස්ලේෂණයේ පරිණාමීය සම්භවය පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දේ.
සහයෝගීතා පහසුකම: සිචුවාන් විශ්ව විද්යාලය
සඟරාව: Nature Communications
බලපෑම් සාධකය: 14.912
මෙම ව්යාපෘතිය උසස් තත්ත්වයේ, වර්ණදේහ මට්ටමේ C. acuminata ජෙනෝම එකලස් කිරීමක් වාර්තා කර ඇති අතර, ජෙනෝම ප්රමාණය 414.95Mb සහ contingN50 1.47Mb.C. acuminata ස්වාධීන සම්පූර්ණ-ප්රවේණි අනුපිටපතක් අත්විඳින බව අපට පෙනී ගියේය.LAMT ජානයේ ක්රියාකාරී අපසරනය සහ SLAS ජාන දෙකක ධනාත්මක පරිණාමය, එබැවින්, C. acuminata හි camptothecin ජෛව සංස්ලේෂණයට මේ දෙකම බෙහෙවින් දායක විය.ද්විතියික පරිවෘත්තියක පරිණාමීය සම්භවයේ ජානමය වෙනස්කම් හඳුනාගැනීමේදී උසස් තත්ත්වයේ ජෙනෝම එකලස් කිරීමේ වැදගත්කම ප්රතිඵල මගින් අවධාරණය කෙරිණි.
7.ඇලිලේ-නිර්වචනය කරන ලද ජෙනෝමය මඤ්ඤොක්කා පරිණාමයේ දී ද්විමය අවකලනය හෙළි කරයි
සහයෝගීතා පහසුකම: චීන නිවර්තන කෘෂිකාර්මික විද්යා ඇකඩමිය
සඟරාව: අණුක බලාගාරය
බලපෑම් සාධකය: 13.162
මෙම ව්යාපෘතිය පැසිෆික් ජෛව විද්යා (PacBio) අනුක්රමික වේදිකාව භාවිතයෙන් contigN50 1.1Mb සමඟ මඤ්ඤොක්කා සඳහා යොමු ජෙනෝමයක් එකලස් කරන ලදී.BUSCO, LAI දර්ශකය සහ අධි-ඝනත්ව ප්රවේණි සිතියම මගින් ඇගයීමෙන් පසුව, එකලස් කරන ලද ජෙනෝමය විමර්ශන ශ්රේණිය ලෙස තහවුරු වේ.අතිරික්ත ප්රදේශ හඳුනාගෙන ඇති අතර හයි-සී සබැඳි භාවිතයෙන් ව්යාජ වර්ණදේහ 18ක් මත කොන්ටිග්ස් නැංගුරම් ලා ඇත.මඤ්ඤොක්කා සඳහා මෙම උසස් තත්ත්වයේ සහ ඇලිලේ-නිර්වචනය කරන ලද යොමු ජෙනෝමය සමජාතීය වර්ණදේහවල විචලනය වන ද්වි-ඇලීල හඳුනාගැනීමේදී වටිනා වන අතර, ද්වි-ඇලිලවල අවකලනය සහ ප්රකාශන ආධිපත්යය සහ ඒවායේ යටින් පවතින පරිණාමීය ගාමක බලවේග ගවේෂණය කිරීමට ඉඩ සලසයි.එය මඤ්ඤොක්කා සහ අනෙකුත් ඉහළ විෂම භෝගවල අභිජනන උපාය මාර්ග නවීකරණය කිරීමට පහසුකම් සැලසීය.
8. Paulownias වේගයෙන් වර්ධනය වීම සහ Paulownia මායාකාරියන්ගේ කොසු සෑදීම පිළිබඳ ජානමය අවබෝධය
සහයෝගිතා පහසුකම: හෙනන් කෘෂිකාර්මික විශ්ව විද්යාලය
සඟරාව: අණුක බලාගාරය
බලපෑම් සාධකය: 13.162
මෙම ව්යාපෘතිය මගින් Paulownia fortunei හි උසස් තත්ත්වයේ න්යෂ්ටික ජෙනෝමයක් එකලස් කරන ලදී, 511.6 Mb විශාලත්වය, අනුපිළිවෙලින් 93.2%ක් ව්යාජ වර්ණදේහ 20කට නැංගුරම් ලා ඇත.C3 ප්රභාසංස්ලේෂණය සහ ක්රැසුලේෂන් අම්ල පරිවෘත්තීය මාර්ගය ඒකාබද්ධ කිරීම තුළින් ඉහළ ප්රභාසංස්ලේෂණ කාර්යක්ෂමතාවයක් ලබා ගත හැකි අතර, එය paulownia ගස්වල අතිශය වේගවත් වර්ධන පුරුද්දට දායක වන්නට ඇත.PaWB phytoplasma හි අතිරේක ප්රවේණි අනුක්රමය, ක්රියාකාරී විශ්ලේෂණයන් සමඟ ඒකාබද්ධව, PaWB-SAP54 ප්රයෝගකාරකය Paulownia PfSPLa සමඟ සෘජුව අන්තර්ක්රියා කරන බව පෙන්නුම් කරයි, එමඟින් ubiquitin-මැදිහත් වූ මාර්ගය මගින් PfSPLa පිරිහීමට හේතු වන අතර මායාකාරියන්ගේ කොසු සෑදීමට මග පාදයි.දත්ත මගින් paulownias හි ජීව විද්යාව සහ PaWB සෑදීම සඳහා වන නියාමන යාන්ත්රණය පිළිබඳ සැලකිය යුතු අවබෝධයක් ලබා දී ඇත.
සත්ව ජෙනෝමය - විශේෂ පරිණාමය පිළිබඳ ගැඹුරු අවබෝධයක්
1. Nautilus pompilius ගේ ජෙනෝමය අක්ෂි පරිණාමය සහ ජෛව ඛනිජකරණය ආලෝකමත් කරයි
සහයෝගිතා පහසුකම: දකුණු චීන මුහුදේ සාගර විද්යා ආයතනය, CAS
සඟරාව: ස්වභාවික පරිසර විද්යාව සහ පරිණාමය
බලපෑම් සාධකය: 15.462
මෙම ව්යාපෘතිය Nautilus pompilius සඳහා සම්පූර්ණ ජෙනෝමයක් ඉදිරිපත් කළේය.එය අනුක්රමික cephalopods අතර අවම ජෙනෝමය ඇත, එය contigN50 = 1.1Mb සමඟ 730.58Mb වේ.BUSCO ඇගයීමේ ප්රතිඵලය 91.31% කි.ට්රාන්ස්ක්රිප්ටෝම්, ප්රෝටියෝම්, ජාන පවුල සහ ෆයිලොජෙනටික් විශ්ලේෂණය සමඟ ඒකාබද්ධව, මෙම ජෙනෝමය pinhole eye සහ biomineralization වැනි cephalopod නවෝත්පාදනයන් පිළිබඳ මූලික සඳහනක් සපයන ලදී.හොක්ස් ජාන පොකුරේ සම්පූර්ණත්වයට හානි වීම මොලුස්කාවන්ගේ කවචය අතුරුදහන් වීම හා සම්බන්ධ විය හැකි බව පර්යේෂණයෙන් පෙන්වා දී ඇත.වැදගත් ලෙස, ජාන අහිමිවීම්, ස්වාධීන හැකිලීම සහ විශේෂිත ජාන පවුල්වල ප්රසාරණය සහ ඒවාට සම්බන්ධ නියාමන ජාලයන් ඇතුළු බහු ජානමය නවෝත්පාදනයන් nautilus pinhole ඇසේ පරිණාමය හැඩගස්වා ඇත.nautilus ජෙනෝමය දැනට පවතින cephalopods හැඩගස්වන පරිණාමීය අවස්ථා සහ ජානමය නවෝත්පාදනයන් ප්රතිනිර්මාණය කිරීම සඳහා වටිනා සම්පතක් විය.
2.Seadragon genome විශ්ලේෂණය මගින් එහි සංසිද්ධිය සහ ලිංගික නිර්ණය ස්ථානය පිළිබඳ අවබෝධයක් ලබා දේ
සහයෝගිතා පහසුකම: දකුණු චීන මුහුදේ සාගර විද්යා ආයතනය, CAS
සඟරාව: විද්යා දියුණුව
බලපෑම් සාධකය: 14.132
මෙම ව්යාපෘතිය නවෝ-අනුක්රමණය කරන ලද සාමාන්ය සීඩ්රැගන් (Phyllopteryx taeniolatus) සහ එයට සමීපව සම්බන්ධ විශේෂ වන ඇලිගේටර් පයිප්ෆිෂ් (Syngnathoides biaculeatus) හි පිරිමි සහ ගැහැණු ජෙනෝමයන් අනුක්රමණය කරන ලදී.Phyllopteryx taeniolatus සඳහා වන ජාන ප්රමාණය ~659 Mb(♂) සහ ~663 Mb(♀)), contigN50 of 10.0Mb සහ 12.1mb වේ.Phyllopteryx taeniolatus සඳහා වන ජෙනෝම ප්රමාණය 637 Mb(♂)සහ ~648 Mb(♀), contigN50 of 18.0Mb සහ 21.0Mb වේ.ෆයිලොජෙනටික් විශ්ලේෂණය හරහා, සාමාන්ය සීඩ්රැගන් සහ ඇලිගේටර් පයිප් ෆිෂ් සිංගනාතිනේගේ සහෝදර ටැක්සන් වන අතර, මීට වසර 27.3 කට පමණ පෙර අපසරනය විය.පරිණාමීය නව්යතාවයකින්, පත්ර වැනි උපග්රන්ථවල පිටපත් කිරීමේ පැතිකඩ පෙන්නුම් කරන්නේ, සාමාන්යයෙන් වරල් වර්ධනයට සම්බන්ධ ජාන සමූහයක් සහයෝගීව තෝරාගෙන ඇති අතර, විභව පටක අලුත්වැඩියාව සහ ප්රතිශක්තිකරණ ආරක්ෂක ජාන සඳහා පිටපත් පොහොසත් කිරීමකි.සාමාන්ය සීඩ්රැගන් සහ ඇලිගේටර් පයිප් ෆිෂ් විසින් බෙදා ගන්නා පිරිමි-විශේෂිත amhr2y ජානයක් කේතනය කරන ලිංගික-නිර්ණය කරන ස්ථානගත කිරීමක් හඳුනා ගන්නා ලදී.මෙම ව්යාපෘතිය අනුවර්තී පරිණාමය පිළිබඳ අධ්යයනයන් සඳහා තීරණාත්මක සාක්ෂි සපයන ලදී.
පසු කාලය: සැප්-19-2022