GWAS
මාතෘකාව: සම්පූර්ණ ප්‍රවේණි අනුපිළිවෙලින් බ්‍රැසිකා නැපස් සම්භවය සහ එහි වැඩිදියුණු කිරීමට සම්බන්ධ ජානමය ස්ථාන හෙළි කරයි
සඟරාව: ස්වභාවික සන්නිවේදනය
NGS |WGS |අනුපිළිවෙල |GWAS |පිටපත |RNAseq |Brassica napus |පරිණාමය |ගෘහාශ්රිතය
මෙම අධ්‍යයනයේ දී, Biomarker Technologies විසින් NGS අනුක්‍රමණය පිළිබඳ සේවාවන් මෙන්ම දත්ත අනුක්‍රමික දත්ත පිළිබඳ ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය සඳහා තාක්ෂණික සහාය ද සපයන ලදී.
පසුබිම
Brassica napus(රැප්සීඩ්) යනු වැදගත් තෙල් බීජ බෝගයක් වන අතර පොලිප්ලොයිඩ් විශේෂණය, පරිණාමය සහ තෝරා ගැනීමේ ක්‍රියාවලීන් විමර්ශනය කිරීම සඳහා විශිෂ්ට ආදර්ශයකි.කෙසේ වෙතත්, වල් විශේෂ හෝ ගෘහාශ්‍රිත පරිත්‍යාගශීලීන් දෙමාපිය මුතුන් මිත්තන්ද යන්න සහ රැප්සීඩ් හීලෑ කිරීම සහ වැඩිදියුණු කිරීමට දායක වූ ජාන තවමත් නොදනී.
ද්රව්ය සහ ක්රම
ද්රව්ය:588B. නැපුස්ආසියාවෙන් 466 ක්, යුරෝපයෙන් 102 ක්, උතුරු ඇමරිකාවෙන් 13 ක් සහ ඕස්ට්‍රේලියාවෙන් 7 ක් ඇතුළුව මෙම අධ්‍යයනයට ප්‍රවේශවීම් සම්බන්ධ විය.වර්ධන පුරුදු වාර්තා මත පදනම්ව, මෙම ද්රව්ය පරිසර වර්ග තුනකට බෙදා ඇත;වසන්ත (86 ප්රවේශ), ශීත (74 ප්රවේශ) සහ අර්ධ ශීත (428 ප්රවේශ).
අනුපිළිවෙල:සාමාන්‍ය දළ වශයෙන්.5× (3.37× සිට 7.71× දක්වා)
අනුක්‍රමික වේදිකාව:Illumina Hiseq 4000
දත්ත නිෂ්පාදනය:4.03 Tb පිරිසිදු දත්ත
SNP ඇමතීම:BWA + GATK.5,294,158 SNPs සහ 1,307,151 InDels ලබා ගන්නා ලදී.
ප්රතිපල
B. napus හි මූලාරම්භය
B. නැපුස්යුරෝපීය ටර්නිප්ගේ මුතුන් මිත්තෙකුගෙන් උප ප්‍රජනක පරිණාමය විය.යුරෝපීය ටර්නිප් සිට ජාන ප්රවාහ සිදුවීමක්බී. නාපුවසර ~106-1170 කට පෙර උප ප්‍රජනකයක් ඇති විය.B. නැපුස්මෙම පෙළපත්වල පොදු මුතුන් මිත්තන්ගෙන් C උපප්‍රජනක පරිණාමය වන්නට ඇත.මුතුන් මිත්තන්B. නැපුස්B. oleracea උප විශේෂ හතරක පොදු මුතුන් මිත්තන්ගෙන් වෙන් වූ අතර, මෑත කාලීන ජාන ප්‍රවාහයටB. නැපුස්වසර 108-898 කට පෙර.B. නැපුස්C subgenome A Subgenome ට වඩා සංකීර්ණ සම්භවයක් ඇත.උප ප්‍රජනක දෙකෙහිම ප්‍රබල බාධකයක් වර්ධනය වියB. නැපුස්විකාශය.ශීත සහ අර්ධ ශීතB. නැපුස්පරිසර වර්ග වසර 60 කට පෙර අපසරනය වූ අතර ශීත සහ වසන්තයB. නැපුස්වසර 416 කට පෙර අපසරනය වූ අතර තෙල් බීජ සහ තෙල් නොවන බීජB. නැපුස්වසර 277 කට පෙර අපසරනය විය.
රූපය 2 ජනගහන ව්‍යුහය 588 B. napus ප්‍රවේශයන් සහ 199 B. rapa ප්‍රවේශයන්.
Fig. 3 ජනගහන ව්‍යුහය 588 B. napus accessions සහ 119 B. oleracea accessions
තේරීම් සංඥා සහ Genome-wide සංගම් අධ්‍යයනය.
වැඩිදියුණු කිරීමේ පළමු අදියරේදී (FSI), A උප ප්‍රවේණියට වඩා B. napus C උප ප්‍රවේණිකයේ වැඩි ප්‍රවේණි විවිධත්වයක් නැති විය.වැඩිදියුණු කිරීමේ දෙවන අදියරේදී (SSI) වඩා අඩු ජානමය වෙනස්කම් FSI තුළ සිදු විය.SSI-තෝරාගැනීමේ සංඥා කලාපවල ජාන ආතතිය ඉවසීම, සංවර්ධනය සහ පරිවෘත්තීය මාර්ග වලින් පොහොසත් විය.බීජ අස්වැන්න සම්බන්ධ 5ක්, සිලික් දිග 3ක්, තෙල් අන්තර්ගතය 4ක් සහ බීජයේ ගුණාත්මක භාවයට 48ක් ඇතුළුව ඉලක්කගත ලක්ෂණ 10ක් සමඟ සැලකිය යුතු ලෙස සම්බන්ධ වන ස්ථාන 60ක් හඳුනා ගන්නා ලදී.
Fig. 4 B. napus හි SSI කාලය තුළ Genome-wide ස්කෑන් කිරීම සහ තෝරාගත් කලාපවල විවරණ
පිටපත් විශ්ලේෂණය
ඉහළ තෙල් අන්තර්ගතය සහ ද්විත්ව අඩු වගාවකින් පටක 11 ක RNAseq දත්ත සහ ග්ලූකෝසිනොලේට් ජෛව සංස්ලේෂක ක්‍රියාවලියට සම්බන්ධ ජාන හඳුනාගෙන ඇති අඩු තෙල් අන්තර්ගතය සහ ද්විත්ව ඉහළ වගාවකින් සැලකිය යුතු ලෙස වැඩි වශයෙන් නිරූපණය කර ඇත.
Fig. 5 B. napus හි පරිසර වර්ග වැඩිදියුණු කිරීම තෝරා ගැනීම යටතේ මල් පිපෙන කාල නියාමනය පිළිබඳ දළ විශ්ලේෂණය
සාකච්ඡා
මෙම අධ්‍යයනයේ ආරම්භය සහ වැඩිදියුණු කිරීමේ ඉතිහාසය අවබෝධ කර ගැනීම සඳහා වටිනා සම්පතක් සපයන ලදීB. නැපුස්සහ වැදගත් කෘෂි විද්‍යාත්මක සංකීර්ණ ගතිලක්ෂණ වල ජානමය පදනම් විච්ඡේදනය කිරීමට පහසුකම් සපයනු ඇත.හිතකර ප්‍රභේද, තේරීම් සංඥා සහ අපේක්ෂක ජාන හා සම්බන්ධ සැලකිය යුතු SNPs අනාගතයේදී බොහෝ දුරට දායක වනු ඇත, විශේෂයෙන් මෙම මෑත ඇලෝපොලිප්ලොයිඩ් බෝගයේ සහ එහි ඥාතීන්ගේ අස්වැන්න, බීජ ගුණාත්මකභාවය, තෙල් අන්තර්ගතය සහ අනුවර්තනය වීමේ හැකියාව වැඩි දියුණු කිරීම සඳහා.
යොමුව
සම්පූර්ණ-ප්‍රවේණි අනුපිළිවෙලින් බ්‍රැසිකා නැපස් සම්භවය සහ එහි වැඩිදියුණු කිරීමට සම්බන්ධ ජානමය ස්ථාන හෙළි කරයි[J].ස්වභාවික සන්නිවේදනය, 2019, 10(1).
පුවත් සහ විශේෂ අවස්ථා Biomarker Technologies සමඟ නවතම සාර්ථක සිද්ධීන් බෙදාගැනීම, නව විද්‍යාත්මක ජයග්‍රහණ මෙන්ම අධ්‍යයනයේදී යොදාගත් ප්‍රමුඛ තාක්ෂණික ක්රම ග්‍රහණය කර ගැනීම අරමුණු කරයි.
පසු කාලය: ජනවාරි-05-2022