ට්‍රාන්ස්ක්‍රිප්ටොමික්ස්
ස්වභාවය
සන්නිවේදන
නිදන්ගත ලිම්ෆොසයිටික් ලියුකේමියාවේ SF3B1 විකෘතියේ පූර්ණ-දිග පිටපත් කිරීමේ ගුනාංගීකරනය රඳවා තබා ඇති අභ්‍යන්තරයේ අඩු නියාමනය හෙළි කරයි
සම්පූර්ණ දිග පිටපත්|නැනෝපෝර් අනුපිළිවෙල |විකල්ප සමස්ථානික විශ්ලේෂණය
පසුබිම
SSF3B1 බෙදීමේ සාධකයේ ඕමැටික් විකෘති නිදන්ගත ලිම්ෆොසයිටික් ලියුකේමියාව (CLL), uveal melanoma, පියයුරු පිළිකා ඇතුළු විවිධ පිළිකා සමඟ සම්බන්ධ වී ඇති බවට පුළුල් ලෙස වාර්තා වී ඇත. ඊට අමතරව, කෙටි-කියවන පිටපත් කිරීමේ අධ්‍යයනයන් මගින් SF3B1 විකෘති මගින් ඇති කරන ලද විකෘති බෙදීම් රටා හෙළිදරව් කර ඇත.කෙසේ වෙතත්, කෙටි කියවීම් එකලස් කරන ලද පිටපත් සීමා කිරීම හේතුවෙන් මෙම විකල්ප බෙදීම් රටා පිළිබඳ අධ්‍යයනයන් සිදුවීම් මට්ටමට සහ සමස්ථානික මට්ටම පිළිබඳ දැනුම නොමැතිකමට දිගු කාලයක් සීමා වී ඇත.මෙහිදී, AS සමස්ථානික මත ප්‍රතිවර්තනය බලගන්වන පූර්ණ-දිග පිටපත් ජනනය කිරීම සඳහා නැනෝපෝර් අනුක්‍රමික වේදිකාව හඳුන්වා දෙන ලදී.
පර්යේෂණාත්මක නිර්මාණය
අත්හදා බැලීම්
සමූහගත කිරීම:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E විකෘති);3. සාමාන්ය B-සෛල
අනුපිළිවෙල උපාය:MinION 2D පුස්තකාල අනුපිළිවෙල, PromethION 1D පුස්තකාල අනුපිළිවෙල;එකම සාම්පල වලින් කෙටි කියවීමේ දත්ත
අනුක්‍රමික වේදිකාව:ONT MinION;ONT PromethION;
ජෛව තොරතුරු විශ්ලේෂණය
ප්රතිපල
ඒCLL සාම්පල 6කින් සහ B-සෛල 3කින් කියවීම් මිලියන 257ක් ජනනය කරන ලදී.සාමාන්‍යයෙන් මෙම කියවීම්වලින් 30.5%ක් සම්පූර්ණ දිග පිටපත් ලෙස හඳුනාගෙන ඇත.
Fඅධි-විශ්වාස සමස්ථානික කට්ටලයක් ජනනය කිරීම සඳහා RNA (FLAIR) හි සම්පූර්ණ දිග විකල්ප සමස්ථානික විශ්ලේෂණය සංවර්ධනය කරන ලදී.FLAIR සාරාංශගත කළ හැක්කේ:
Nඇනොපෝර් පෙළගැස්ම කියවයි: යොමු ජෙනෝමය මත පදනම්ව සාමාන්ය පිටපත් ව්යුහය හඳුනා ගන්න;
Sප්ලයිස් හන්දි නිවැරදි කිරීම: අනුක්‍රමික දෝෂ නිවැරදි කිරීම (රතු) ස්ප්ලයිස් අඩවිය සමඟ විවරණය කරන ලද ඉන්ට්‍රෝන වලින්, කෙටි කියවන දත්ත වලින් හෝ දෙකෙන්ම;
Collapse: ස්ප්ලයිස් හන්දි දාමයන් මත පදනම් වූ නියෝජිත සමස්ථානික සාරාංශ කරන්න (පළමු සමත් කට්ටලය).ආධාරක කියවීම් සංඛ්‍යාව මත පදනම්ව ඉහළ-විශ්වාස සමස්ථානිකයක් තෝරන්න (ඉන්පසුව: 3).
රූප සටහන 1. CLL හි SF3B1 විකෘතිය හා සම්බන්ධ පූර්ණ-කාල සමස්ථානික හඳුනාගැනීම සඳහා FLAIR විශ්ලේෂණය
FLAIR විසින් අධි-විශ්වාස සහිත සමස්ථානික 326,699ක් හඳුනාගෙන ඇති අතර ඉන් 90%ක්ම නව සමස්ථානික වේ.මෙම සටහන් නොකළ සමස්ථානික බොහෝමයක් දන්නා ස්ප්ලයිස් හන්දිවල (142,971) නව සංයෝජන බව සොයා ගන්නා ලද අතර, ඉතිරි නව සමස්ථානිකවල රඳවා ගත් ඉන්ට්‍රෝනය (21,700) හෝ නවල් එක්සෝන් (3594) අඩංගු විය.
Long-read sequences මගින් isoform-මට්ටමේ විකෘති SF3B1-K700E -වෙනස් කරන ලද ස්ප්ලයිස් අඩවි හඳුනාගැනීම බල ගන්වයි.විකල්ප 3'SSs 35ක් සහ විකල්ප 5'SSs 10ක් SF3B1-K700E සහ SF3B1-WT අතර සැලකිය යුතු ලෙස අවකලනය වී ඇති බව සොයා ගන්නා ලදී.වෙනස් කිරීම් 35 න් 33 ක් දිගු-කියවන අනුපිළිවෙලින් අලුතින් සොයා ගන්නා ලදී.නැනෝපෝර් දත්තවල, SF3B1-K700E-වෙනස් කළ 3'SS අතර කැනොනිකල් අඩවි මුදුන් දක්වා දුර බෙදා හැරීම -20 bp පමණ වේ, එය CLL කෙටි-කියවන අනුපිළිවෙලෙහි වාර්තා කර ඇති ආකාරයට සමාන පාලන ව්‍යාප්තියකින් සැලකිය යුතු ලෙස වෙනස් වේ.ERGIC3 ජානයේ සමස්ථානික විශ්ලේෂණය කරන ලද අතර එහිදී SF3B1-K700E හි ප්‍රොක්සිමල් ස්ප්ලයිස් අඩවිය අඩංගු නව සමස්ථානිකයක් බහුලව දක්නට ලැබුණි.සමීප සහ දුරස්ථ 3'SS යන දෙකම බහු සමස්ථානික ජනනය කරන වෙනස් වූ AS රටා සමඟ සම්බන්ධ විය.
රූප සටහන 2. නැනෝපෝර අනුක්‍රමික දත්ත සමඟ හදුනාගත් විකල්ප 3′ බෙදීමේ රටා
IR හඳුනාගැනීම් සහ ප්‍රමාණකරණය පිළිබඳ විශ්වාසය හේතුවෙන් IR සිද්ධි භාවිත විශ්ලේෂණය කෙටි කියවීම් පදනම් කරගත් විශ්ලේෂණයන් තුළ දීර්ඝ කාලයක් සීමා වී ඇත.SF3B1-K700E සහ SF3B1-WT හි IR සමස්ථානික ප්‍රකාශනය නැනෝපෝර අනුපිළිවෙල මත පදනම්ව ප්‍රමාණනය කරන ලද අතර, SF3B1-K700E හි IR සමස්ථානිකවල ගෝලීය පහත්-නියාමනයක් හෙළිදරව් කරන ලදී.
රූපය 4. කෘෂිකාර්මික තීව්‍රතාවය සහ ගොවිතැන් පද්ධති තුනක් (A සහ B) හරහා ජාල සම්බන්ධතාවය;අහඹු වනාන්තර විශ්ලේෂණය (C) සහ කෘෂිකාර්මික තීව්‍රතාවය සහ AMF ජනපදකරණය (D) අතර සම්බන්ධතාවය
Figure 3. CLL SF3B1-K700E හි අභ්‍යන්තර කුලියට ගැනීමේ සිදුවීම් වඩාත් දැඩි ලෙස නියාමනය කර ඇත
තාක්ෂණ
නැනෝපෝර් දිගු-කියවන අනුපිළිවෙල
Nanopore sequencing යනු තනි අණු තත්‍ය කාලීන විද්‍යුත් සංඥා අනුක්‍රමික තාක්ෂණයකි.
Dද්විත්ව නූල් සහිත DNA හෝ RNA ජෛව පටලයේ තැන්පත් කර ඇති නැනෝපෝරස් ප්‍රෝටීන් සමඟ බන්ධනය වන අතර මෝටර් ප්‍රෝටීන් ඊයම් යටතේ ලිහිල් වේ.
DNA/RNA කෙඳි නැනෝපෝර් නාලිකා ප්‍රෝටීන හරහා වෝල්ටීයතා වෙනස ක්‍රියාව යටතේ නිශ්චිත වේගයකින් ගමන් කරයි.
MOolecules රසායනික ව්යුහය අනුව විවිධ විද්‍යුත් සංඥා ජනනය කරයි.
Rඅනුක්‍රමික හඳුනාගැනීම මූලික ඇමතුම් මගින් සාක්ෂාත් කරගනු ලැබේ.
සම්පූර්ණ දිග පිටපත් කිරීමේ අනුපිළිවෙලෙහි කාර්ය සාධනය
√ දත්ත සන්තෘප්තිය
සැසඳිය හැකි දත්ත සන්තෘප්තියට ළඟා වීමට 7 ගුණයකින් අඩු කියවීම් අවශ්‍ය වේ.
√ පිටපත් ව්යුහය හඳුනාගැනීම
එක් එක් පිටපතෙහි සම්මුති පූර්ණ-දිග කියවීම සමඟ විවිධ ව්‍යුහාත්මක ප්‍රභේද හඳුනා ගැනීම
√ පිටපත් මට්ටමේ අවකල විශ්ලේෂණය - කෙටි කියවීම් මගින් සඟවා ඇති වෙනස්කම් හෙළි කරන්න
යොමුව
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.නිදන්ගත ලිම්ෆොසයිටික් ලියුකේමියාවේ SF3B1 විකෘතියේ පූර්ණ-දිග පිටපත් කිරීමේ ගුනාංගීකරනය රඳවා තබා ඇති අභ්‍යන්තරයේ අඩු කිරීම හෙළිදරව් කරයි[J].ස්වභාවික සන්නිවේදනය.
තාක්ෂණය සහ විශේෂ අවස්ථා විවිධ පර්යේෂණ ක්ෂේත්‍රවල විවිධ අධි-ක්‍රියාකාරී අනුක්‍රමික තාක්ෂණයන් මෙන්ම පර්යේෂණාත්මක සැලසුම් සහ දත්ත කැණීම්වල දීප්තිමත් අදහස් බෙදාහදා ගැනීම අරමුණු කරයි.
පසු කාලය: ජනවාරි-08-2022